講談社「週刊モーニング」連載かわぐちかいじ原作コミックをアニメ化。 日米共謀により極秘裏に建造された日本初の原子力潜水艦『シーバット』。しかし、『シーバット』は試験航海中に海江田四郎艦長指揮の下、突如反乱逃亡。米軍はシーバット撃沈を決定する。追撃してきた米海軍の前に出現した『シーバット』は、全世界に向けて独立国『やまと』を宣言、米艦隊の包囲網を突破し、同盟締結のため日本へ向かった。 苦悩する日本政府は『やまと』を護衛するために海上自衛隊護衛艦隊の出動を決定。日米が一触即発の状態に入った。 事態を収拾するため開かれた緊急首脳会談は紛糾、結論の出ないまま護衛艦隊は米艦隊の攻撃にさらされる。専守防衛の国是の前になすすべのない護衛艦隊。だが、これを同盟国への攻撃とみなした『やまと』は米艦隊に壊滅的な打撃を与える。通常魚雷を撃ち尽くし、もはや武装は核兵器のみとなった『やまと』は東京湾に浮上した……。
日米共謀により極秘裏に建造された日本初の原子力潜水艦「シーバット」。しかし、シーバットは試験航海中に海江田四郎艦長指揮の下、突如反乱逃亡。米軍はシーバット撃沈を決定する。追撃してきた米海軍の前に出現したシーバットは、全世界に向けて独立国「やまと」を宣言、米艦隊の包囲網を突破し、同盟締結のため日本へ向かった。苦悩する日本政府は、「やまと」を護衛するために海上自衛隊護衛艦隊の出動を決定。日米が一触即発の状態に入った。事態を収拾するため開かれた緊急首脳会談は紛糾、結論の出ないまま護衛艦隊は米艦隊の攻撃にさらされる。専守防衛の国是の前になすすべのない護衛艦隊。だが、これを同盟国への攻撃とみなした「やまと」は、米艦隊に壊滅的な打撃を与える。通常魚雷を撃ち尽くし、もはや武装は核兵器のみとなった「やまと」は、ついに東京湾に姿をあらわす。
北極海に向かった「やまと」に対し、米国はジョン・Ａ・ベイツ大佐を艦長とする最新原潜「シーウルフ」を投入。「シーウルフ」による「やまと」撃沈作戦、オペレーションＡを展開する。 それは、米ソの世界核戦略の重要地点である北極海から、政治的駆け引きによって、「シーウルフ」以外全ての戦略原潜を引き上げてバトルフィールドを作るという作戦であった。 「やまと」と同レベル以上の性能を持つ「シーウルフ」は、予測を超える速度で「やまと」の前に姿を表した。その驚異的な移動速度に翻弄されるものの、迫り来る魚雷群をツイン・ホーンズで振り切ったときに、「シーウルフ」が２艦存在することに気がつく。もう１艦の「シーウルフ」の艦長は将来米国大統領の椅子を約束された男、名門ベイツ家の長男、つまりジョンの兄・ノーマンであった。