常磐ソウゴは、ごく普通の高校三年生。少し変わっているのは、夢が「王様になる！」であること。 そんなある日、いきなり現れた不思議な青年が予言のようにこう告げた。 「おめでとう。今日は君にとって特別な一日」 そして、青年の言葉どおり、ソウゴは巨大な赤いロボットに襲われる。 そのロボットはなんとタイムマシーンで、ソウゴは様々な時代に飛ばされて――。 ２０００年、平成ライダーと同じ年生まれの 運命の少年、ソウゴの戦いが今、始まる―――！
ソウゴに襲いかかる未来人ゲイツ。 同じく未来から来たという少女ツクヨミが、また助けてくれる。ソウゴにとっては、一体何が何だか。 ウォズと名乗るあやしい予言者も、ソウゴにつきまとう。 怪人、アナザービルド。倒すキーワードは「仮面ライダービルド」 戦兎たちに会おうと、Nasitaに向かったソウゴが見たものは・・・？
未来から来たというゲイツ、ツクヨミとの不思議な同居生活が始まった。 彼らはしっかり学校にまで付いてくる。 学校では「誰もクリアできないゲーム」が流行っていた。 謎を追ううちに、出てきた「天才ゲーマー『M』」のうわさ。 ソウゴたちが出会うのは……？ 新タイムジャッカー、オーラも登場！
天才ゲーマー『M』=宝生永夢が仮面ライダーエグゼイドに変身した！ だが倒したアナザーライダーがよみがえると、永夢はエグゼイドであった記憶がなくなってしまうのだった。 協力を頼むソウゴたち。だが、永夢の態度は冷たい。 彼は独自で「やるべきこと」を抱えているようだったが……？
ゲイツとツクヨミが女子生徒連続失踪事件を追って、天の川学園高校へ向かった。ソウゴも一緒について行く。 アナザーライダーが事件に関わっているのではないかとの疑いだった。 学校内で、やはり現れたアナザーライダー。 変身して戦うソウゴたちに、歓声を上げる生徒。 なんと、この高校には「仮面ライダー部」があるという……！
アナザーフォーゼの身体の中から、別の姿、アナザーファイズが現れた……？ 草加雅人を止めに来た男、乾巧はソウゴ達の家にまで現れる。 ソウゴ＆巧の奇妙なコンビが事件を追うが・・・。 ターゲットの少女、山吹カリンの謎、そして、キーワードとなる『流れ星』とは？
マジックショーが近所の芝居小屋で大人気と聞き、出かけてみるソウゴ達。 それは手品というより、まるで魔法のようだった。 かつて魔法を使う仮面ライダー、ウィザードがいたことを思い出すゲイツ。 問答無用で、マジシャンに向かっていくゲイツに、ソウゴは‥‥。
早瀬の変身した“アナザーウィザード”の攻撃によってツクヨミが、昏睡状態に陥ってしまった。 当初から早瀬を警戒していたゲイツは、ソウゴの甘さが招いた事態だとソウゴを責め、独力でツクヨミを救おうと動き出す。そんなゲイツの前に、仁藤攻介の姿が…。 一方、ソウゴはウォズの知恵を借りて、事態を打開しようとする。
大ニュース！ 大企業である檀ファウンデーションが日本からの独立宣言をしたという。 王を宣言した社長の檀黎斗を見たソウゴは興味を抱く。 その王様は、国を独立しただけにとどまらず、アナザーオーズに変身した。 ゲイツは、オーズの年代を特定し、倒すべく向かうが、ソウゴは別行動を取り……。
檀黎斗王に捕らえられていた国会議員は、火野映司と名乗った。 比奈と協力して、脱出を試みるが、阻むのはソウゴ！ ソウゴの真意は？映司の語る未来とは？ 一方ゲイツは、やはりソウゴは魔王の道を歩むという確信を深め‥‥。
戦うジオウ 鎧武アーマー……！？ ウォズも高らかに祝うが、いつソウゴは鎧武ライドウォッチを手に入れたのか。 時は静かに遡る……。 人気ダンスチームのメンバーが相次いで行方不明になる事件が起こっていた。 アナザーライダーによるものでは、と推理するソウゴ。 そのソウゴは何だかいつもと違って……。
クジゴジ堂に戻ってきたゲイツ。 それはいつでもソウゴを倒せるように、という決意を固めてのことだった。 街で人を襲うアナザーライダーがいた。そのライダーは人の魂を取り込んでしまう。 不可思議現象研究所の、天空寺タケルとナリタは、ライダーを捕まえようとするが、そこに現れたのは、仮面ライダーアギトで‥‥？！
ユーレイになってしまったソウゴ。そんなソウゴの姿はツクヨミとゲイツには見えない。 ゲイツは、ソウゴをもとに戻すため、クジゴジ堂をあとにし2015年へ向かう。 2015年でアナザーゴーストを追い込むゲイツであったが、その前に、仮面ライダーディケイドが現れて…。
そもそもなぜソウゴは王様を目指したのか？ 繰り返し見た夢の話をツクヨミたちに話すソウゴ。 そして、その夢の通りの出来事が起こる・・！空を覆う巨大メカ。 未来から現れるオーマジオウの僕、カッシーン。 ディケイドの介入により、ソウゴは未来に飛ばされてーー。
そのベルトを捨てれば魔王にならずに済む……。 未来を変えることができる……。 オーマジオウとなった自分自身と対面したソウゴは、激しく動揺していた。 世界を滅ぼしたというダイマジーンは、不気味にまだ存在していた。 ゲイツの危機にソウゴは決意する。ソウゴの選択は？
ジオウとして戦いつづける道を選んだソウゴだったが、 この決断がターニングポイントとなり、時の流れは未知の局面へ。 ソウゴたちのまえには、歴史に存在しないはずの“仮面ライダーシノビ”から生み出された“アナザーシノビ”が現れる。 さらに、ウォズとうり２つの謎の“ウォズ”も現われて……。
もう一人のウォズが仮面ライダーに変身した！ 違う未来、オーマジオウの消えた未来から来たという彼の真意は？ アナザーシノビを倒すには、シノビウォッチが必要。 だが、仮面ライダーシノビは、「違う未来」に存在するので会うことができない。 ソウゴは、蓮太郎が仮面ライダーだったことに注目し……。
新たに未知のアナザーライダーが出現。 黒ウォズはソウゴに、白ウォズはゲイツに、このアナザーライダーの力を奪わ せ、それぞれが望む未来に導こうと画策する。 更に未来の戦士、仮面ライダークイズも現れる。
２０４０年から現れた仮面ライダークイズ・堂安主水。 ゲイツを救世主に仕立てるため、仮面ライダークイズの力を奪おうと画策する白ウォズによって、ジオウとゲイツの戦いが始まる。 方や、父・堂安保を追って２０１９年に来た主水は、戦いの中で父親に出会う。 そして、ひとつの問題を出す。
アナザーライダーが人々を襲う事件が発生。 ソウゴとゲイツは二人がかりがで立ち向かうが、どんな攻撃も同じ威力で跳ね返され、逃げられてしまう。 事件の鍵が”OREジャーナル”であると知ったソウゴは、釣り堀へ向かう。 そこには、大久保大介の姿が。そして、大久保の口から、”城戸真司”の名前が告げられる。
ミラーワールドに迷い込んでしまったソウゴ。そこには反転したジオウがいた。 反転のソウゴは、語りかける。 「お前は偽善者。最低最悪の魔王になる男だ」 鏡の中のソウゴ、真司は、「本当の自分自身」なのか？ そして、アナザーリュウガを倒すため、ゲイツが選ぶ禁断の必殺技は――？
追試をパスしないと卒業の危機！ ということで、ソウゴは猛勉強を始めたが、どうにも眠い‥‥ そして夢を見た。 キカイと人間が対立する遥かな未来・・・現れたのは、仮面ライダーキカイ！
スウォルツは、仮面ライダーキカイの力を獲得するため、ウールを触媒にしてしまった。 アナザーキカイとなってしまったウール。 白ウォズは、その力を奪って、ゲイツをさらにパワーアップさせようと目論む。 そんな中、タイムジャッカーのオーラもまた、思うことがあるようで、ある提案をもって、クジゴジ堂へ訪れる。 一方、2121年の世界では、レントが暴走。 ソウゴは、暴走を止めるため、少年たちと協力するのだが・・・
倒したはずのアナザーライダーが次々と現れた。 そして、かつてタイムジャッカーと契約した者たちが襲われていた。 複数のアナザーライダーの力を持つということは、彼らから力を奪っている？ 事件を追うソウゴたちは、全てのアナザーライダーの力を統べる裏の王、アナザージオウに到達する！ アナザージオウに変身する若者は何処かで会った気もする‥‥‥。
すべてのアナザーライダーの力を統べし裏のライダーの王ーー アナザージオウ、加古川飛龍は何者なのか？ 彼はあきらかな敵意を持ってソウゴの前に立ちふさがる。 ツクヨミはタイムマジーンで２００９年へと遡る。 少年時代のソウゴと飛龍に降りかかった運命とは？ そして、ゲイツ覚醒の時が来るーー！
自身の不甲斐なさがもとで、ツクヨミに事故を起こさせてしまったと思ったゲイツは、“仮面ライダーゲイツリバイブ”へと変身。 本気でジオウを倒すことを決意する。 一方、ソウゴとゲイツの激突を危惧した黒ウォズはそれを防ぐため、ウールに接近。 一計を案じる。
白ウォズから、仮面ライダーウォズの力を奪った黒ウォズは、 決着をつける約束をソウゴと交わし、決戦の地へと向かうゲイツの前に現れ、行く手を阻む。 方や、ソウゴもゲイツとの約束の地に向かっていたが、 その前には、自らの手でソウゴを倒すことにこだわる加古川飛流が立ちふさがる。 それでも、ふたりは、約束の地へと歩を進める。
ソウゴとゲイツの決戦は、ソウゴが思い描いていた結末を迎えた。 クジゴジ堂に新たに黒ウォズを迎え、ソウゴ、ゲイツ、黒ウォズ、ツクヨミで仲良く、食卓を囲む。 そんな食卓に現れたのは、海東大樹。彼の狙いは、ジオウ世界のお宝、ライドウォッチのようで・・・。 その裏では、黒ウォズに仮面ライダーウォズの力を奪われた白ウォズが暗躍する姿が！ その横にいるのは、スウォルツ・・・。
ジオウの前に現れた、仮面ライダーカリス。 そして、剣崎も現れ、仮面ライダーブレイドへ変身。ブレイドとカリス。運命の戦いの幕が上がってしまう。 その裏では、仮面ライダーウォズの力を奪われた白ウォズが暗躍。 再度、ゲイツのもとへ向かうのだが・・・。その手には、ジオウⅡウォッチとゲイツリバイブウォッチ。
これまでに集めたライドウォッチは14個。 ソウゴが魔王としての力を手に入れるためには、残り6個を手にしなくてはならない････。 警察の特殊部隊、G３ユニットがアナザーアギトと戦闘中。 ソウゴ達は加勢し、アナザーアギトと戦う。だが、アナザーアギトは次々と増殖する！ 埒があかないと判断したソウゴたちは、「仮面ライダーアギト」を探そうとする。 調べたところ、レストランAGITOという店があって ････
戦闘用特殊強化服“Ｇ３”の演習中に起きた、アナザーアギト襲撃事件。 ソウゴたちは、アナザーアギトである”仮面ライダーアギト”との接触を計画した末、ついに津上翔一と出会う。 しかし、そこに現れたのは、タイムジャッカー。 彼らは、仮面ライダーアギトの力を利用し、”アギトライドウォッチ”を作り出すと、アナザーアギトに埋め込む。 強化されたアナザーアギトに苦戦するソウゴたち。 方や、戦いの中で自身の秘められた力が露見し、ひとり悩むツクヨミだったが、翔一が現れて…。
クジゴジ堂で一人悩む男・・・ウォズ。 4月28日のソウゴの誕生日を前に、盛大な祝福をせねばなるまい、と悩むのであった。 そんな折、ソウゴの卒業アルバムを見返していると、将来「鬼になりたい」という同級生に思い当たる。 時を同じくして、アナザーライダーが現れて…
初恋の甘酸っぱい思い出･･ こどもっぽく見えるソウゴにそんなことが、と、ゲイツ、ツクヨミは半信半疑。 そんなおり、一人の紳士がクジゴジ堂を訪れる。 彼は弁護士だったが、その帰り道にアナザーライダーに襲われた！ アナザーキバの正体は「女王」を名乗る美しい女性。 ソウゴの思い出とリンクする彼女のとある仕種は……？
宇宙から来た仮面ライダーギンガ！ 全てのものを滅ぼしてしまうその力に、スウォルツ達、タイムジャッカーも脅威 を感じる。 そして、アナザーキバ・北島祐子とも力を合わせ、ギンガに対抗しようという作 戦を立てるのだが……。 初恋の相手は祐子に違いない、という確信を持つソウゴ。 なんとか復讐はやめさせたいとアナザーキバに向かっていく。 祐子の冤罪事件が気になるゲイツは、事件のあった201５年へと飛び……。
ここ最近、頻繁に街に隕石が落ちてくる――。 しかも、その隕石によって、地球外生命体ワームが運ばれてくるのだった。 地球の危機！駆けつけたソウゴたちは、仮面ライダーガタックに出会う。 ガタックだけでなく、別のライダーも現れて……。
フォーゼアーマーで巨大隕石を大爆発させ、地球を救ったかに見えたが、その隕石の裏では、超巨大な隕石が隠れていた。 ジオウは作戦を立て直すために、一度、地球へと帰還する。 ソウゴは、ウォズが新たに手にしたギンガの力と、フォーゼの力を組み合わせて、超巨大隕石の激突阻止を企てるが、その前に、影山が現れて。 方や、ツクヨミは、門矢士とともに、ある洋館に降り立つ。 そこで、ツクヨミは衝撃の事実を知ることになる。
時を超える列車、デンライナーが不時着。中からぞろぞろ出てきたのはイマジン たち。 彼らはクジゴジ堂にやってきて、順一郎に、電車の修理を依頼した。「いや、家 電なら直したことあるけどね…」 そんな頃、オーラは次のターゲットを決めてアナザー電王を誕生させていた。 彼は姉の恋人に恨みを持っており……。
電王ウォッチを手に入れたことにより、ソウゴの手にグランドジオウウォッチが誕生した。 全ての平成ライダーの力を集めた、最強の力を秘めたウォッチ。 だが、ソウゴを魔王と警戒する桜井侑斗とデネブの介入により、グランドジオウウォッチは消えてしまった。 クジゴジ堂に戻ったソウゴたちは、アナザー電王、タクヤが何かを強く願っていたことを知る。 その願いが叶う時、イマジンとの契約が完了するというのだがーー。
グランドジオウ 対 オーマジオウ！！ 全ての平成ライダーの力をかけて駆使した激しい戦い。だがソウゴの力は、オーマジオウに及ばない。その理由は全てのウォッチを集めたわけでは ないからだとういう……。 時の流れが乱れているーー？ソウゴが戻ったのは2019年だったが、何もかもが変わっていた。 クジゴジ堂では、叔父さんがソウゴを知らないという。ゲイツもツクヨミもソウゴを敵とみなしていた。 そして、銅像の中心には、加古川飛龍が君臨しており・・・。
加古川飛流が新たな王としてく君臨するリセットされた世界。 ゲイツは、世界を救うため、これまで散っていった友のために、ジオウに襲いかかる。 ゲイツと戦いたくないジオウは変身を解いてしまうのだが・・・ 一方、この世界のお宝を求めて、海東大樹が現れる。 海東はスウォルツと飛流のもとへ、海東の狙うお宝とはいったいなんなのか。
とらわれてしまったツクヨミ。 スウォルツは彼ら一族の秘密を語る。なぜツクヨミが記憶を失い、ゲイツ達に合 流していたのか。 ツクヨミを探すソウゴ達は、逃げるウールとオーラに出会う。 スウォルツの野望の魔の手はウールとオーラにも伸びており……。
マラソン中の選手が、まるで神隠しのように消えた。 彼はソウゴの高校の同級生だった。 気がかりなソウゴの前にタイムマジーンが現れる。 2050年型の初期型のマジーンから下りてきたのはーー湊ミハル。 未来の仮面ライダーアクアだった。 彼は、ツクヨミとゲイツを迎えに来たと告げるーー！
アナザードライブはオーラが変身していた！？ 混乱するウールを前に、タイムジャッカーを信じるか否かで、ソウゴとゲイツの意見が対立する。 ゲイツは、自分がこの時代に留まることが正しいのかどうかも考え始めていた。 スウォルツの企みは続いていた。 ソウゴの同級生、小和田にまでもその手は伸び、異世界に取り込まれてしまう。 そしてスウォルツが呼び出した最恐のライダーはーー仮面ライダーエターナル！
ゲイツがアナザーワールドに捕らわれてしまい、代わりに白ウォズが現れた！ 驚くソウゴ達。白ウォズは独自の作戦を展開しようとするのだが・・・ スウォルツは「ありえなかった世界」アナザーワールを作り、その代償に、ダークライダーをよみがえらせる。 その先にある企みが、完成しようとしていた。 かつて「オーズ」に教えてもらった勇気を振り絞り――、未来から来た湊ミハルも覚悟を決める。
世界に異変が起きていた。 日本を分断する、巨大な壁が現れたのだ。 クジゴジ堂のジオウのウォッチにも、異常が起きる。 スウォルツの真の目的に、ソウゴは気づき始めていた。 ソウゴとツクヨミは、門矢士の力で過去～ツクヨミ達の世界へと向かう。ツクヨ ミの秘めた決意とはーー。 街にはドライブの敵、ロイミュード達が現れ始めてーー
士～ディケイドの宣言「この世界を破壊する」！ それぞれのライダーの世界が融合し始めていた。 「ビルド」のスカイウォールが現れ、「W」の風都タワーが現れ、敵モンスターが街にあふれ始めるーー。 この現象を引き起こした中心に自分がいることを、ソウゴも自覚していた。 最後のタイムトラベルーーソウゴは、タイムマジーンで、2068年に向かうーー。オーマジオウと対決するために。
仮面ライダーツクヨミの誕生！だがその力は思わぬ方向へと使われる。 士とソウゴの作戦は、失敗してしまうのか？ 近づく世界の終わりーーその光景と裏腹に、ソウゴの心はひどく落ち着いていた。 彼の胸だけに秘めた覚悟があったから………。 いよいよ物語は最後の1ページ。
