卒業まで残り10日。担任教師は生徒を人質に取り、『最後の授業』を行った。彼はなぜこんな大事件を起こしたのか…。謎と秘密に囲まれた教室。衝撃的ミステリーが開幕!
一颯が魁皇高校3年A組の生徒たちを人質にとって立てこもってから一夜が明けた。瀬ヶ山署の郡司は、一颯の身辺を調べ始める。一颯が以前勤めていた学校を訪ねた郡司は、彼の意外な「正体」を聞かされることになり…
一颯は、ついに警視庁理事官である五十嵐と対面。 が、五十嵐が盗聴器を付けていることを察し、拳銃を突き付けて――。 本日の授業は澪奈を陥れたフェイク動画を「撮影した」3年A組の生徒は誰なのかというもの。しかしいつもとは違い、その犯人の特定を生徒たちではなく郡司に命じ…
澪奈の死の鍵を握る疑惑のフェイク動画撮影者は、里見だった。しかし、その動画の撮影を指示した人間は別にいる……。一颯は、その正体が誰なのかと生徒たちに尋ねるが勿論、誰も名乗り出るはずもない……と思った矢先、挙がる一人の手。その手の主は甲斐だった――。
一颯が倒れた―――。隙を見て生徒たちは手分けして脱出方法を探り、没収された携帯電話やカバンを回収し、外部との連絡手段を獲得する。そして殺されたはずの生徒たちが見つかりまさかの事態に喜ぶが、彼らは「自分たちは学校から出るつもりはない」と告げ、さらには「先生と一緒にこのまま学校に立てこもってほしい」と他の生徒に訴える……。
澪奈を死に追いやった動画の作成を半グレ集団・ベルムズに依頼した悪の根源は、なんと魁皇高校の教師であるという疑惑が沸き立つ。 一方、死の恐怖から解放されたと思っていた生徒たち。だが一颯は教師陣に向かってフェイク動画の作成を依頼した人物に名乗り出るよう要求し、夜8時までに名乗りでなければ教室を爆破すると宣言する。
澪奈を陥れるフェイク動画の作成を依頼したのは武智だと一颯が告発したことにより、世間の声は一斉に武智に向き始める。しかし、完全潔白を主張する武智。一颯は、夜の８時までにすべての罪を自白することを勧告し、さもなければ武智にとって“一番大事なもの”を奪うと言い渡す。
世間ではSNSの人間によって解析された武智の殺人疑惑の証拠となる動画が拡散され、武智の悪事を暴いたものたちの勝利宣言で溢れかえっていた。真相にたどり着いたと思う３年A組の生徒たちは未だ解放されない理由を一颯に問う。すると一颯は澪奈の死の原因はこれがすべてではないと告げ、むしろこれからが「本番」であると突きつける。
物語は一度時を変え、数年後の3月9日へ。3年A組の生徒たちがそれぞれの人生を歩み、再びこの教室へと集まってきた。懐かしむ一同の前には一枚、一颯の「遺影」が飾られていた。彼らが集まった理由。それは、亡き一颯の三回忌であった――。
一颯が、一颯を取り巻く人物たちが、立ち向かおうとした相手は誰か――。彼が「変わってくれ」と願ったその意味とは何か――。 これまでの謎がすべて解き明かされ、そして一つの「目的」に集約されていく…
柊一颯 (菅田将暉) が警察に連行され、3年A組の生徒たちは日常へ戻っていた。“10日間の授業”で一颯の思いを受け継いだ生徒たちはふと、その日が本来は卒業式だったことを思い出す。その矢先に一颯のパソコンから発見される「卒業式」と銘打たれたファイル…。それは、かけがえのない恩師･一颯の音声だった。「これから、俺の卒業式を始める。俺に向かって、おまえたちが目指す未来を語れ」―3年A組29人で行う涙の卒業式が始まる…。
卒業式第2部の幕開けを告げる担任教師･柊一颯 (菅田将暉)。29人の生徒たちが美術室へ移動すると、そこには“卒業”にふさわしい手作り感あふれる装飾が施されていた。生徒たちに卒業式の気分を少しでも味わってもらいたいという一颯の思いを、茅野さくら (永野芽郁) が実現したのだった。前編に続き、一颯に向かって“目指す未来”を熱く語る生徒たち。涙、涙の卒業式がついに完結する。
