地方の大学を卒業した雨野隆治（白濱亜嵐）は、1日も早く一人前の医師になるという夢を持ち、研修医としてやる気に満ちていた。が、研修医の現実は、「兵隊」「伝書鳩」「さすまた」と言われ、医師たちが機嫌良く仕事ができるようにするため、サポートという名の雑用をこなす毎日。その上、患者を前にしてもまともに動けず、救急患者が運ばれてきた時には、隆治はうろたえるばかりで、何もできないどころか器材をばらまいてしまう始末。理想と現実は程遠い。結局、その救急患者は指導医の佐藤（木南晴夏）が全て行うことに。それでも、同期研修医の川村（野村周平）、滝谷（柄本時生）、くるみ（恒松祐里）には、見栄を張ってまるで自分がやったかのように語り出す。 そんなある日、14歳の女の子が母親に付き添われながら、腹痛で救急外来にやってくる。妊娠も疑われたが、結果アッペ（＝虫垂炎）だと診断され、手術は後日行われることに。医局のカンファレンスで誰が執刀するかという話になるが、どの医師も「忙しい」と互いに手術を押し付け合って誰もやりたがらず、隆治に振られる。初めてのオペに喜ぶ隆治の一方で、先を越された同期は複雑な心境に。それからというもの、隆治はかき集めたアッペの資料を読みこんだり、手術の確認、縫合の練習など準備に没頭する。そんな最中、病院内でトラブルが発生。なんと、川村と滝谷が取っ組み合いのケンカを起こし…。
牛ノ町総合病院に救急要請が入る。親子３人が乗っていた車が高速道路で事故に遭い、10歳の男の子、山下拓磨（潤浩）が腹壁破裂の重症で運ばれてくることに。呼ばれた隆治（白濱亜嵐）は、緊張しながらも気合いが入るが、いざ苦しむ拓磨を前にすると、周りの先輩医師や看護師がきびきび動くなか何もできず、いいのは返事だけ。さらに手術室でも余計な動きばかりして、佐藤先生（木南晴夏）と岩井先生（高橋和也）に無視され、挙句の果てには手術直後には傷跡を見て気絶してしまう。それでも同期には、いつものように見栄をはって、いかに自分が活躍したかを語り、滝谷（柄本時生）が感心する一方で、川村（野村周平）とくるみ（恒松祐里）は聞き流す。が、実際は自分の現状をわかっている隆治は、悩みながらも母親に心配をかけないため、元気で頑張っているとメールをする。 そんな中、拓磨の父親・武（木村昴）が病院内でオロオロしている姿を見つける。自分は腕の骨折ですんだ武は、息子のことが心配で隆治を質問攻めにし、焦った隆治は「ここ数日が山場」と伝えてしまい、武をどんどん不安にさせてしまい……。
隆治（白濱亜嵐）は、胃がんで入院している87歳の患者・森山から聞き取りを行い、病状を含めた情報収集する業務（＝アナムネ）を任される。でも、認知症でもある森山さんに何を聞いても隆治は会話にならず、結局看護師の吉川（西尾まり）が事前にヘルパーさんに聞いていた情報をもらうことに。その情報をもとに、今後の治療方針を決めるカンファレンスで隆治は治療方針を提案するが、先輩医師たちは森山の年齢や認知症などの状況を考え、手術を行わず、BSCでいく方針を決める。納得のいかない隆治は、森山に申し訳ない気持ちに。そんな中、森山が夜、ベッドに立ち上がって転倒してしまう。認知症の森山は、その後ベッドに拘束されてしまうが、隆治はなぜ森山が立ち上がろうとしたのかが気になり…。 一方、くるみ（恒松祐里）は、担当する膵頭部にガンが見つかったシングルマザーの患者が、治療をすれば根治も目指せるのに、娘の中学受験まで待って欲しいと言われてしまう。先延ばしにすればリスクが高まってしまうため、なんとか説得して治療を行いたいが…。
大腸がんで抗がん剤治療中の石井（須賀健太）が、肝臓や肺、リンパ節などに複数に転移し、これ以上抗がん剤治療は継続できないと判断、これからは積極的治療は終了して、痛みや苦痛などをとっていく治療に切り替えることに。まだ25歳という若さの石井の治療をやめてしまうことに、隆治（白濱亜嵐）は頭では理解しつつも、心が追い付いていかない…。佐藤（木南晴夏）が石井と石井の父にそのことを説明するが、顔色ひとつ変えずに真実を伝える姿に、さらに隆治は複雑な気持ちになる。もう少しオブラートに包んで話した方が良かったのでは、と佐藤に伝えるも、佐藤からは嘘で期待させるのは患者のためじゃなく、自分が背負いたくないだけだと言われてしまう。 隆治と石井が中庭で談笑していると、石井の具合が悪くなり嘔吐してしまう。佐藤に相談して、がんの影響による腸閉塞が原因で、胃管を入れることに。石井から、いつまでこの胃管を入れるのか聞かれた隆治は、思わず数日で抜けると思うと嘘を伝えてしまい、それを聞いた石井は安心して頑張ると前向きになるが…。 そんな中、拓磨（潤浩）がぐったりしているとの連絡が入る。拓磨の父・武（木村昴）がさつまいもを食べさせてしまったという。息子の容態を心配して質問してくる武に、隆治は、今は腸の動きが悪い状態で、おならさえでれば…と伝えてしまっていたのだ。
一時容態が悪化した石井（須賀健太）だったが、再び安定したため、隆治（白濱亜嵐）は石井を屋上に連れ出す。そこで隆治は石井からある箱を託される。見られたくない個人情報だといい、自分に何かあったときに、隆治にもらってもらうか、もしくは処分して欲しいという。隆治が受け取ると、石井は手に持ったメモにチェックを入れる。そのメモには死ぬまでにやりたいことが書かれており、そのどれもが当たり前の普通のことばかりが並んでいた。 後日、隆治は再び石井からある頼み事をされる。半日だけでいいから外出させてほしいというのだ。時間がないから夢を叶えてくださいと頼んでくる石井のため、隆治は佐藤（木南晴夏）に相談し許可をもらうことができたが、それはこの機会を逃すと次はないという理由だった。佐藤から「最高の外出にしてあげな」と託された隆治だったが、まだ腹部が張って腸が動いていない拓磨（潤浩）が再び嘔吐してしまい、緊急の治療のために石井の外出には同行できなくなってしまう。そこで、くるみ（恒松祐里）が代わりに一緒に外出することになるが、石井はどこか嬉しそう。念願の外出をした石井は、やりたいことリストを１つ１つくるみとやっていくことに。 そんな中、自身も入院中の患者の身でありながら、健康オタクでさまざまなサプリや健康法などを調べては他の入院患者に勧めたり、何かと甲斐甲斐しく面倒を見ている徳田（清水ミチコ）が、コソコソとある外国人にあるDVDを渡しているところを川村（野村周平）が目撃する。そんな徳田を、研修医たちは怪しむが…。
連日病院に泊まり、疲れがたまっている様子の隆治（白濱亜嵐）。末期がん患者の石井（須賀健太）からも心配されてしまう。その石井は、やりたいことリストを着々と実行してエンディングの準備を進めているようで、隆治は石井から佐藤先生（木南晴夏）と徳田（清水ミチコ）への手紙を託される。が、そこに自分への手紙がないことに少し引っかかる。そんな中、佐藤が病院へ出勤する姿を見かける。佐藤は最近、週1くらいのペースで病院の前にどこかへ寄っているようで、隆治は気になっていた。 一方、川村（野村周平）と滝谷（柄本時生）は、疲れている隆治に息抜きさせようとある企画を立てる。間もなく七夕ということもあり、「織姫様に会いに行くぞ！」と無理やり隆治を連れ出した先は合コン。川村や滝谷は女の子たちと盛り上がるが、隆治はひとり席を外して外へ。そんな隆治のもとへ、合コン相手の1人のはるか（芋生悠）がやってくる。２人で話していると、亡くなったはるかの母の話になり、その母が入院していた時、当時研修医だった佐藤が担当していたことがわかる。さらに、現在の姿からは全く想像できない、意外な佐藤の姿が語られる。 その夜、何度も病院から連絡が入っていたことに気がつかなかった隆治は、合コン終わりに急いで連絡すると、拓磨（潤浩）がまた吐いてしまったと聞き、病院に駆けつけるが…。
佐藤（木南晴夏）から病院に泊まることを頼まれ、何かあればすぐに連絡してと言われた隆治（白濱亜嵐）は、石井（須賀健太）がいよいよ危ないことを認識する。病室を訪れた隆治は、酸素マスクをして力なく横たわる石井から指し示されて引き出しを開けると、そこには白い紙袋が。石井はそれを持っていくよう目で合図しながら、弱々しい文字の筆談で「なくなよ」という言葉を隆治にかける。 その夜、研修医室で仮眠をとっていると、隆治は石井のある夢を見て目を覚ます。気になった隆治は石井に渡された紙袋を開けると、中には隆治宛ての手紙が入っていて…。それを読み終えた頃、石井の容態が悪化したと連絡が入る。急いで病室に駆けつけた隆治だったが、石井が弱々しい声で「僕、そろそろいきますね」という言葉を残した後、やがてモニターの波形がフラットに。呆然と立ちすくむ隆治だったが、佐藤から促され最後の確認をして石井が亡くなったことを告げる。石井の父から思いがけず、「ありがとう、先生」という言葉をかけられ、涙があふれそうになった隆治は病室を出て、廊下で肩を震わせていると、岩井（高橋和也）からあることを諭される。翌日、石井のベッドを点検していたくるみ（恒松祐里）は、石井のメモ帳を発見する。
コピーライターの北村あすか（トリンドル玲奈）が腹痛で診察にやってくる。担当したくるみ（恒松祐里）は婦人科に移した方がいいのではと佐藤（木南晴夏）に提案するが、患者の希望ならと外科で受け入れることに。くるみは、次回の北村のエコー検査の前に練習をしたいと、隆治（白濱亜嵐）ら研修医たちに協力をお願いする。そこで４人はお互いにエコー検査をして練習することに。くるみの番になり、エコーのモニターをチェックしていた隆治は気になる点を見つけるが、くるみには「異常なし」と伝えてしまう。 後日、北村をエコー検査したくるみは、腹水の溜まりを見つけ、検査入院を勧める。忙しくするくるみだったが、ひとり心配する隆治から、無理をしないようにとメッセージが送られてきて嬉しくなる。が、その直後、隆治が合コンで出合ったはるか（芋生悠）から手作り弁当を渡される場面を目撃してしまい、複雑な気持ちに。忙しさも相まってイライラするくるみは、その後も心配して声をかけてくる隆治に邪魔しないでと言い放つ。それでも、いてもたってもいられない隆治は、密かに放射線科の藤堂（山口智充）に患者のだと言ってくるみのエコー画像を見てもらうことに。すると藤堂は、子宮頸がんの可能性があると言い…。その矢先、研修室に戻ってきたくるみが、激しいお腹の痛みで倒れてしまう。 一方、隆治たち研修医は進路を決める時期が迫っており、翌週までに希望専攻を提出するように言われる。
いよいよ進路希望を出す時期が迫ってきて、隆治（白濱亜嵐）ら研修医たちは真剣に将来を考え始める。そんな中、第二外科の超過勤務が問題になっているため、強制的に土曜日にリフレッシュ休暇を取るように言われる。さらに、その休暇を利用して第二外科主宰のバーベキュー＆キャンプ大会が開催され、入院中のくるみ（恒松祐里）以外の研修医たちや佐藤（木南晴夏）、看護師たちは参加することに。 いざキャンプ場に向かった第二外科一同は、バーベキューにフリスビー、ギターと、思い思いに楽しむ。隆治は、長い間入院生活をしていて毎年家族で訪れていたキャンプに行けない拓磨（潤浩）ために、カメラでキャンプの様子を撮影していると、さっきまでいた川村（野村周平）の姿が見えないことに気づく。次の瞬間、川に浮かぶ川村の姿を見つけ…！ 心配停止状態の川村を、佐藤の指示のもと心臓マッサージや人工呼吸などの処置をして、なんとか心拍は戻るが、呼吸がまだ弱く、気胸と診断する。医療器具もない中、その場にある物を利用して応急処置をすることに。全員がテキパキ動く中、滝谷（柄本時生）は呆然として何もできず…。 一方、入院中のくるみは、病気をしたことでこの先仕事をすることに不安を抱き始め、一度は美容整形の道を進むことに決めたが、迷い始める。そんなくるみの悩みを聞きながらその様子を見ていた北村（トリンドル玲奈）は突然くるみに「恋してる？」と聞き、くるみは否定しながらも動揺を見せる。
進路希望提出を前に、研修医たちはその話題で持ち切りに。隆治（白濱亜嵐）は医師になると決めた時から心は決まっており、変わらず外科を希望する。くるみ（恒松祐里）は一時は美容外科へ進むことを決めていたが、病気療養から復帰早々、外科医になることを宣言し、オンライン診察に興味があった川村（野村周平）は、新部署に誘われてそこに希望することを決める。また、滝谷（柄本時生）は内科に誘われるが…。 そんな中、岩井（高橋和也）の研修医時代の同期で、現在は医療途上国を飛び回っている医師の仲川一貴（谷中敦）が牛ノ町総合病院に入院。両脚の感覚障害と右脚の運動障害があり、信頼する岩井のもとへ受診しにきたのだ。仲川は治療後、すぐにでも赴任地に戻ることを希望しているが、検査の結果、直腸がんの多発転移が脊椎に確認される。サポートとして仲川の担当をすることになった隆治は、岩井から自分が執刀医だった場合どう治療するかを考えて、答えをもってくるよう言われる。それから隆治は資料を読み漁り、治療法を考えるが、なぜ岩井が研修医の自分にそんなことを聞くのかが理解できず、藤堂（山口智充）に相談する。すると、藤堂から言われたある言葉でハッとし、隆治は何かが吹っ切れたように目を輝かせる。 それでもまだ、仲川の治療法の答えが見つからない隆治は、研修医仲間に意見を聞く。４人で協力して調べたり、意見を出し合う中、川村は仲川のインタビューが掲載された雑誌を目にし…。やがて、隆治なりに応えを見つけ、岩井と仲川に治療法を提案することに。その中で岩井からその治療法のリスクについて聞かれ、言葉に詰まっていると、そこへ川村が現れる。