天ノ川学園に通う高校生・歌星賢吾は登校中に女子高生からラブレターを受け取るが、読まずに捨てる。そこに通りがかったリーゼント＆短ランのバッドボーイ、それをすごい剣幕で叱りつける。バッドボーイの名は如月弦太朗。２年Ｂ組の転校生だった。弦太朗は、学校の生徒全員と友達になると宣言。まず、気にいらない賢吾と友達になると言うが、「俺と君が友人になる確率はゼロだ」と言い放つ賢吾。この二人の出会いが、宇宙の力で戦う仮面ライダー「フォーゼ」を生む。運命のスイッチは押された！
フォーゼになって強敵オリオン・ゾディアーツを倒した弦太朗。だが、賢吾はそれを「無様な失敗」と責める。 ゾディアーツはスイッチで人間が変身した怪物。倒すにはその人間が持つスイッチをオフするしかない。弦太朗は本体の人間（スイッチャー）を取り逃した、というのだ。 その本体を見つけ出して賢吾に自分を認めさせてやる、そしたらダチだ、と息巻く弦太朗。だが賢吾は言う。「君には無理だ」 スイッチャーは天ノ川学園の生徒の中にいるのか？弦太朗は、賢吾とダチになれるのか？
生徒の投票によって天ノ川学園高校で一番の女子生徒を決める「クイーンフェス」。今年もその季節がやってきた。現クイーンで今年も連覇確実とされているのが、３年の風城美羽だ。お高くとまった美羽の態度にカチンときた弦太朗は、“女王蜂”美羽と賭けをする。 クイーンになれなかったら弦太朗と友達になるが、そうでなければ弦太朗に転校しろと命令する美羽。 弦太朗は対立候補を擁立しようと、美少女をスカウトしようとするが、学園には奇妙な噂が…… 有力候補の女生徒たちが襲われているというのだ。「見えない怪物」に！
美羽がファンからのプレゼントを捨てる映像が流され、騒然とするクイーンフェス会場。生徒たちのブーイングが響く。現クイーンの突然の急落に、弦太朗もさすがに心配するが、美羽は同情されるのが一番嫌いだ。「そんな目で見ないでよ」 一方、その思惑と本音を剥きだしにしていくカメレオン・ゾディアーツの正体。カメレオンの狙いが美羽だと確信した賢吾は手を打つ。そして、クイーンフェス最終選考・スピーチの日が近づく。ボーリング場でやけくそに投球しまくる美羽の前に、弦太朗が現れた。“学園の生徒全員と友達になる男”がとる行動は！？
月面基地ラビットハッチでは賢吾が、早くも部長気どりの美羽に軽くウンザリしつつ、アストロスイッチを調整していた。１０番、エレキスイッチ。賢吾は、その普通じゃないポテンシャルに期待する。 学園では、弦太朗がチャラーい１年生・ＪＫ（ジェイク）に自分主催のパーティーに来ないかと、誘われる。だが、学校の全員と友達になる男をもってしても、ＪＫは「お前と友達になるのは一番最後でいいや」という存在。うさんくささ全開なのだ。それでもなんとかして、弦太朗をパーティーに参加させようと焦るＪＫ。何か裏があるのか。 その頃、フェンシング部の練習場では一人の男子生徒がスコーピオンにスイッチを渡されていた。「あのお調子者、絶対に許さない……」スイッチを押してゾディアーツになる少年。彼の復讐のターゲットは！？
期待の１０番・エレキスイッチを一向に使わないフォーゼを不審に思う賢吾。だが弦太朗は、賢吾の父の形見でもあるアストロスイッチをなくしてしまったとは言えず、ＪＫに一緒に探してもらうことにする。弦太朗からエレキスイッチを盗んだのが、そのＪＫ自身だということも知らずに…… 一方、ＪＫを狙う新田ことユニコーン・ゾディアーツは、一角獣形態からフェンシング風の剣士形態に進化した。それを観察するスコーピオン。そして赤い目の男……
弦太朗、賢吾、ユウキが出ることになった日曜特別補習。それは別名・地獄補習と呼ばれ、超問題児しか呼ばれないというものだった。他の参加者は、謎のゴス娘・野座間友子。まあそれは何となくわかるとして、あともう一人がまさかのアメフト部キャプテン・大文字隼！なぜ優等生の隼が問題児補習に？ 「そうかそうか、お前もこっち側の人間か」隼とダチになろうとする弦太朗。だが、「不良」が大嫌いだという教師・佐竹による地獄補習は甘いものではなく… その上、ゾディアーツが学校の外で現れた！！
隼によるライダー部活動の妨害。困惑する弦太朗たち。 弦太朗「なんであんなに俺たちを目の敵にしてやがんだ！」 その隼は父親に電話する。 隼「いつも父さんの望む自分になれるよう考えています」 補習を抜け出した弦太朗や隼には、グラウンド整備のペナルティ。 佐竹先生「大文字、もうおまえも灰色だ。白くない以上黒と同じだ」 そしてゾディアーツは、 ハウンド「おい、俺をもっと強くしろ！」 スコーピオン「人間を捨てる覚悟があるか？」 ラビットハッチでは、ＪＫと美羽が、 美羽「パワーダイザーがちゃんと使えれば……」
朝から青春全開な弦太朗とユウキ。そのキラキラぶりを冷笑する変な少女・野座間友子。友子には、奇妙な仲間たちがいた。律子、ゆり、雅美。友子同様、「ゴス」な少女たちだ。 ゴス。 賢吾曰く、それは、他人を拒絶するオカルト趣味のはぐれ者…地獄とか悪魔が大好きな黒い女たち… 友子に「同じ変わり者の匂いがする」と言われたユウキは、魔女の密会に誘われる。それについていった弦太朗。なんと、魔法の力を目の当たりにする！「本物の魔女だったのか？」
強敵アルター・ゾディアーツの高熱火炎攻撃に苦戦するフォーゼ。アルターの炎はファイヤーステイツの耐熱能力すら上回るのか！？魔女の噂に恐怖する学園の生徒たち。やがて支配者のように校内を闊歩する律子とその仲間。律子の計画する「最高の儀式」とは？ 一方スイッチを手にした友子は、ゾディアーツになれば魔女の力と同じ能力を得ることが出来る、と妄信する。「さよならするの、この星に」……その意味は一体？ 弦太朗は、友子のゾディアーツ化を止められるのか！？
天ノ川学園高校であんまり怪物騒動が続くので、生徒の母親たちが抗議に詰めかけた。その中にはオリオン・ゾディアーツになったアメフト部・三浦の母親もいる。三浦は事件以来、不登校になってしまったのだ。大杉や園田では対処しきれない中、イケメンがスポーツカーで颯爽と登場。校長・速水公平であった。速水校長のスピーチに感動した弦太朗は「生徒の問題は生徒が解決する」「怪物事件に巻き込まれたダチを救う」と決意する。かくして今回のライダー部の活動は、「一度ゾディアーツ化した生徒の学校復帰」となった。三浦の家に押し掛ける弦太朗たちライダー部。だが、三浦は激しく拒絶する！
星のさだめを手放した者をもう一度呼び戻せるか？我望の指令により、元オリオン・三浦をつけ狙うスコーピオン・ゾディアーツ。そのスコーピオンの正体はなんと、優しい美人教師・園田先生だった！フォーゼは三浦の再ゾディアーツ化を阻止しようとするのだが、肝心の三浦の心がスイッチに魅せられ、闇の中。一方のスコーピオンは、十二星座の使徒のみが使える究極の力『超新星』を授かり、ついに任務遂行の障害・フォーゼを排除することを決意した。 「如月くん」弦太朗に声をかける笑顔の園田。何も知らない弦太朗に、悪女の蠍毒針が襲う！
グリークラブ（合唱部）がユウキをスカウトにくる。近く天高の各部有志が訪問する幼稚園のクリスマス会があるのだが、今年は男性部員しかいないので、女性ボーカルとして参加して欲しいというのだ。快諾するユウキ。だが、条件がある。それはなんと、曲のレパートリーに「はやぶさくんの歌」を入れること！弦太朗は、同じく幼稚園クリスマス会でプレゼントするための絵を描いている美術部部長・本山と出会う。その絵の力強さに感動した弦太朗は、いつものように「友達になる」と宣言。そんな中、合唱の練習をするユウキの歌声が流れてきた。震える本山。「酷い歌だ……耐えられない！」
十二使徒に進化する可能性を秘めたペルセウス・ゾディアーツ。左手のメドゥサの瞳から石化ビームを出し、フォーゼの手を石にすると、自分自身（元山）の身体を蹴っ飛ばして逃走した。仮面ライダー部は、ラストワンのゾディアーツをとり逃してしまった……一刻も早く見つけ出さないと、敵の幹部は増え、元山は人間に完全に戻れなくなる。クリスマス会をやっている場合ではないと気落ちするユウキだが、弦太朗はやるべきだと主張する。「俺たちもへこんで、子どもたちも悲しんだらいい事無しじゃねえか。こういう時だからこそ折れちゃいけねえ」ペルセウスは完璧な絵を描こうと森に潜む。それを見つめる謎の影―――その腰にはベルトとスイッチが！
仮面ライダーメテオ―――その正体は、昴星高校からの交換編入生・朔田流星。流星は「反ゾディアーツ同盟の潜入員」であり、人工衛星Ｍ－ＢＵＳ（エムバス）にいる謎の人物・タチバナからの指令を受けて活動する。「まずはフォーゼに接触したまえ」 弦太朗はいつものようにこの編入生とダチになろうとする。「俺は如月弦太朗。今日からお前も俺のダチだ」愛想良く笑い返す流星だが、実はすべてを冷静に観察していた。「（こいつがフォーゼか）」流星には自分だけの“戦う理由”があった。それは―――
仮面ライダーメテオは、牡羊座＝アリエスのゾディアーツを探している。ので、アリエスになる可能性を秘めていると判明したリンクスのことは、進化するまで泳がせる方針だ。アリエスを探している理由は教えてくれないし、リンクスを見過ごせないフォーゼは食ってかかる。だが、メテオは「ホワチャア！」と鉄拳で返事。仮面ライダーなのに味方じゃないのかと困惑するライダー部一同に、メテオは「俺はお前たちの敵だ」とはっきり言う。メテオは、我望理事長も想定していなかった存在だ。静観する姿勢の我望だったが、園田先生はスコーピオンとして戦うチャンスを懇願。再びゾディアーツ・スイッチを手にするのだった。 一方、流星は弦太朗たちが全員いる中で、いきなりラビットハッチに入ってきた。驚く一同。怪物との戦いを見て後をつけて来たと言う流星は、自分もライダー部に入りたいと言う。またまた驚く一同！もちろん流星がメテオであることは誰も知らない。そんな流星に弦太朗は……
アストロスイッチのロールアウトは、賢吾の役目。なのに、流星がその領域に踏み込んできた。しかも、弦太朗がそれを流星に頼んだのだと言う。完全に面白くない賢吾。だが「別に構わない」と強がる。それが二つのスイッチを見て、顔色を変える。マグネット、ＮとＳ。この二つだけはダメなのだ！ 一方、速水校長。最高傑作の教え子を育てていると、ヴァルゴに得意げに語る。その教え子とは、ドラゴン・ゾディアーツ！「強い、それはもう強い！」速水絶賛のドラゴンに与えられた「課題」。それは、フォーゼとメテオの撃滅であった！
新開発のＮＳマグフォンで挽回しようと頑張ったフォーゼ。だが、二つに割れるはずのマグフォンは分離せず、遥か彼方へ飛んでいってしまった。賢吾は弦太朗に心底愛想が尽きたようで、陸上部・留美のトレーニングに専念する。ライダー部は美羽部長の指令で「マグフォン捜索」と「賢吾説得」の２班に分かれて活動開始。賢吾が気になって仕方ない弦太朗だが、マグフォン捜索チームに組み込まれた。流星は、何もかも裏目に出る２人を「最悪のコンビ」と称し、「もう仲直りは無理」と断定するが、賢吾のある一言に過剰に反応し……！！
弦太朗たちが速水校長から紹介された２年Ｂ組の新担任、宇津木遥先生。美人教師だ。でも、なんだかやる気が無い様子……個別の進路指導でも、「自分で決めて」と超無気力な態度。やがて、教職よりもキックボクシングに熱中していることが判明する。 一方、街ではトレーニング中の空手家や中国拳法の使い手に勝負を挑むゾディアーツが現れる。戦うフォーゼ＆メテオだったが、弦太朗にはそのハイキックが遥先生の蹴りに似ているような気がして……
ペガサスはやっぱり遥先生だったのか…フォーゼは、スイッチを捨てるよう、ペガサスに迫るが逃げられた。「今度は俺が先生を進路指導する番だ」そう決意する弦太朗。だが翌日、遥先生は学校を休んでいた。弦太朗はキックボクシングジムに乗り込む。一方、流星も学校を抜け出し、ある場所へ来ていた。呼び出されたのだ。ヴァルゴに！
いま天高で話題なのは、白いコスチュームで悪党を倒すヒーロー。フォーゼのことかと思いきや、違うらしい。そのヒーローに憧れ、そのコスプレをしているオタク少年・江口の説明によると、その名は「白鳥の勇者キッグナス」！「キッグナスがそんなすげー奴ならダチになる」そう決めた弦太朗。江口らが所属するキッグナス同好会「醜いアヒルの会」を覗いてみることにする。一方、ホロスコープスになったキャンサー・鬼島は我望の前で忠誠を誓った。だが、速水校長には「同じ十二使徒だから対等のはず」と無礼な態度をとる。この、口から先に生まれたような噺家高校生が学園の平和をかき乱す中、フォーゼの前に噂のヒーロー・キッグナスが現れた！
自分を崇める人間たちで、学園を埋め尽くす野望をあらわにしたキッグナス。キッグナスは何者か？フォーゼの分身とは、どういう意味か？弦太朗はキッグナスの正体を暴きに、再度「醜いアヒルの子の会」に乗り込む。卑怯にも友子を人質にとられてやられたメテオ（流星）は、この手で必ずキッグナスを倒すと己に誓う。そして友子もまた、自分を助けてくれたメテオの仇をとると決意する。流星は友子の独自捜査を手伝わされる破目に。「何だ、この面倒な流れは（汗）」 一方、ホロスコープス。速水校長は「キグナスは特別なケース」と言い、フォーゼが余計なことをしないように見張るよう鬼島に命じる。さまざまな思惑がうごめく中、驚愕の真実が明らかになる！
３月。朝。登校してきた弦太朗たちは、桜を見ながら憂い顔の美羽を見かけた。そこへ隼も登場。プロムで一緒に踊ってくれと、派手な演出で美羽を誘った。プロムとは、卒業式の後に行われるダンスパーティーである。え？卒業！？弦太朗は驚く。美羽と隼、卒業するのかッ！？一方、卒業式を準備中の教師や生徒が、炎を操るゾディアーツに襲われた。その姿は倒したはずのアルター・ゾディアーツだ！あのゴスっ娘リーダー・鵜坂律子がまた、しでかした！？卒業シーズン到来。ここは天ノ川学園高校、嵐が巻き起こらないワケがない！！
隼、ショック！美羽がプロムで一緒に踊りたい相手は弦太朗だった。このことは、弦太朗は知らない。学園では、卒業生ゾディアーツが学校破壊しているという新聞部・弥生のスクープが話題に。律子・珠恵・野本らが生徒たちに糾弾される。今回の犯行はコーマ・ゾディアーツの陰謀なのだが。 ライダー部は、ユウキ部長もＪＫのダイザーパイロットも意外と機能しそうなので、新体制でも大丈夫かというムードになっている。だが、弦太朗は「美羽や隼がいなくて何がライダー部だ！」と納得できない。ハッチに行くと、美羽がひとり、月面に出ていて――――
春休み。ライダー部は弦太朗の家で鍋パーティーをやろうということになった。弦太朗は流星も誘うが、人と会うので後で行く、とのこと。流星は鬼島に呼び出されていた。警戒しつつ待ち合わせ場所の体育館に行くと、そこにはキャンサーと倒れた生徒たちが！生徒たちは鬼島を笑わせられるかどうか、賭けをしていたという。負けたら魂を貰う、勝ったらスイッチをあげよう。名づけて地獄大喜利。流星に最大のピンチ到来！
超新星の力を手にしたキャンサーノヴァの猛攻撃。大苦戦のフォーゼ。だが、タチバナはメテオの変身を承認してくれない……そしてキャンサーは流星から魂リングを抜き、「教室で待っている」と言い残して去るのだった。 流星の元に病院から連絡がかかってくる。「二郎の容態が悪化した」というのだ！今すぐにでも行きたい。でも魂を握られている以上、鬼島に会いに行かなくてはならない。どうすれば…悩む流星。その通話を弦太朗が聞いていて―――
新学期。出会いの予感。弦太朗は、校門付近で困っているムードの新入生に声をかけた。弱々しい天然パーマ少年、彼の名は草尾ハル。そのハルを守るキリッとした美少女も登場。彼女の名は黒木蘭。蘭は弦太朗を拒絶、そして無視し続ける。強引に振りむかせようとすると、見事な合気道で弦太朗を宙に舞わせるのだった。このハル＆蘭を、新入生の友・第１号にしようとする弦太朗。だが、リブラがハルに目をつけてスイッチを渡して……！！ピカピカの１年生、入学早々ピンチ。天高恐るべし！
ついにラビットハッチのことが大杉先生にバレた！月やフォーゼという全事情を説明するも、非公式の部活動は校則で認められていないから、全て校長に報告すると、大杉は息巻く。ライダー部、どうする？！蘭は、先輩として力になるという弦太朗に、変わらず反発。「“先輩”なんか……二度と信用するもんか！」蘭の態度をかたくなにさせる何かが、過去にあったのか？一方、蘭に助けられたムスカ・ゾディアーツことハルは、不満から怒りへ感情がヒートアップ。「これからは俺がお前を守る。俺は生まれ変わったんだよ！」 新学期、激動の予感は、校外へも！なんと！天ノ川学園以外の学校で、ゾディアーツが覚醒したらしい。その学校とは、昴星高校。流星が前にいた高校だ。何が起きているのか！？
これまで天高の生徒しかならなかったゾディアーツが、昴星高校にも現れたという情報。一体、なぜ？考えられることは―――流星との交換編入で昴星に行った生徒が向こうでゾディアーツ化した、ということ。昴星高校に行ったのは、ユウキたちの元同級生・山田竜守。演劇部のおとなしい生徒だったと言う。山田を訪ねて、かつての母校に行く流星。弦太朗・賢吾・ユウキも、体験通学をとりつけて昴星に編入する。そこで一同が感じた違和感……何かがおかしい。皆が何かを隠している……？その学校は、アリエス・ゾディアーツが王様として君臨する「王国」になっていた！！
弦太朗が死んだ。流星はメテオだった。「自分の友達を救うために他人の友達を奪っていいわけが無い」 ずっと自分たちを騙して、弦太朗を奪った流星を、絶対に許さないと言う賢吾。「なぜ？」と戸惑い、怒る、ライダー部員たち。 「俺を憎んでください」流星はそう言いながら、ぐっとこらえる。その感情は何か…？そして、昴星高校ではアリエスによる恐怖の「次の演目」が始まろうとしていた。ただひとり弦太朗の遺体と共に脱出した賢吾の元には、ある通信が！！
修学旅行で京都に行くことになった天高３年生。賢吾は京都に何か用事があるらしく、それが好都合だと言う。修学旅行は班ごとの自由行動だが、弦太朗・賢吾・ユウキ・流星のライダー部グループに、同級生の高村優希奈が強引にメンバー入りした。「修学旅行は高校生活最大のイベント。いい思い出作ろー！」と張り切る快活な優希奈。ゾディアーツが京都まで来るわけないし、「ま、いっか」と思っていたら、伏見稲荷でリブラ・ゾディアーツと遭遇した！なぜ京都にゾディアーツ！？そして、優希奈は…どうも弦太朗のことが好きらしい。色々と波乱の予感ッ！
修学旅行先の京都で遭遇したレオ・ゾディアーツに圧倒されるフォーゼ＆メテオ。そんな中、リブラは映画村に出現した石碑を破壊する。賢吾は推測する。都の南（伏見稲荷）と西（映画村）に出現した石碑は、フォーゼの右腕＆右足のスイッチデザインと同じ、丸とバツの形が彫られていた。おそらくは、残る三角と四角の石碑が、都の東と北にあって、ホロスコープスはそれを狙っている……これを阻止しないと、恐ろしいことが起こる！優希奈を巻き込むのは危険だが、彼女は弦太朗への恋のアピールを加速させていた。レオも強敵だが、優希奈も手ごわい（汗） 修学旅行、ますます波乱の予感ッ！
今、天高生の間で流行っているのは、ネット番組「ミルキーナイトカーニバル」。弦太朗もユウキも友子も番組の熱心なリスナーだ。その番組のＤＪ「ジーン」は天高生との噂だが、正体不明。学園一の情報通ＪＫですら、ジーンが誰だか知らないと言う。ジーンに会いたい弦太朗は、探し出してジーンとダチになると宣言した。だがＪＫは何か知っている様子で、口笛なんか吹いていて……一方、ホロスコープス。速水校長が「ラプラスの瞳」でやぎ座の使徒を見つけた。ギターを掻き鳴らす異形の怪人カプリコーン・ゾディアーツ、その恐るべき能力とは？
コズミックステイツは、仲間たちと心を繋ぎ合わせて初めてなれる「絆」の力。ＪＫの心が離れてしまった今、フォーゼはコズミックにはなれない…ＪＫに向かって叫ぶ弦太朗。お前の理想の大スター「ジーン」は、ゾディアーツの歪んだ力に頼るような安っぽい男なのか？だが、その声はＪＫの心には届かなかった。翌日。校内放送でカプリコーン・ゾディアーツのギターとＪＫの歌が流れた。おかしな熱狂に包まれる天高生徒たち。そこでＪＫは三日後のジーンゴッド再結成ライブを宣言した。戦慄するライダー部。そのライブだけは絶対に阻止しないといけない。だが、ユウキ・賢吾・友子はカプリコーンの洗脳下で戦力外。なので残った流星たちはＪＫのスタジオに乗り込もうとするが、弦太朗は別行動したいと言い出した。弦太朗のやりたい事とは一体？
天高では毎年、宇宙飛行士選抜の模擬試験が行われている。合格者は特別奨学生になれるとあって、ユウキは「今年こそは」とやる気満々だ。だが、強力なライバルが登場。アメリカから転校してきた、勉強もスポーツも完璧な美少女・エリーヌ須田だ。「宇宙イクゾーッ」とＪＡＸＥのロケット前でファイティングポーズをするエリーヌに、共感する弦太朗。そんな弦太朗とは心通わせるエリーヌだったが、ユウキとは激しく衝突する。「こんなふざけた子に宇宙を目指す資格無い！」「なんでえっ！？」 そして宇宙選抜試験が始まった。閉鎖環境対応テスト中に事件は起こった！
ユウキがエリーヌに勝つためにロボットの部品を隠した！？怒り心頭のアクエリアスは大暴れ。だが、フォーゼは叫ぶ。「こんなの本当のおまえじゃねえ、エリーヌ」弦太朗は、エリーヌがゾディアーツであることをユウキたちに黙っているよう、流星に頼む。承知して仲間たちの守り役を買って出る流星。かくして、宇宙飛行士選抜模擬試験は続行された。最終審査に進む候補者たちが発表される。「ヒキョー者はきっと落ちるよ」と考えるエリーヌだったが、なんとユウキは二次試験も合格。ユウキ自身、びっくり！納得いかないエリーヌはユウキを憎悪に満ちた目で睨む。最終試験、波乱の予感！！
ザッ、ザッ、ザッ、ザッ。響く足音。生徒会風紀委員のパトロール隊が、違反者を摘発していく。風紀委員長・沖荘子は、学ラン＆リーゼントのバッドボーイ・弦太朗にも「正しなさい」と迫る。でも、自由・個性が理念の天高の校則では、服装・髪型の自由は認められているはず……「昨日まではね」なんと、生徒会が学園の新しい掟「天ノ川学園法度」を制定したと言うのだ。入院中の生徒会会長に代行して、鉄の掟を作ったのは副会長・杉浦雄太。宇宙飛行士選抜試験を勝ち抜いた、あの杉浦か？その頃、杉浦やユウキたち選抜試験の合格者は特別課外授業を受講中。講師は、京都で賢吾が訪ねに行った江本教授だ。我望理事長の計らいで天高にやってきたのだった。弦太朗は、杉浦に抗議するため、その課外授業に乗り込む。法度は絶対。そう主張する杉浦。従わない者は……ホロスコープスによる処罰が！そう。杉浦はタウラス・ゾディアーツになっていたのだ！！
生徒会長・壬生彩加が語る、杉浦を変えた“あの事件”。杉浦が罰則の鬼になった真相を知ったことで、弦太朗は戸惑いを覚える。正義を信じて行動している杉浦、その暴走を止めるのは難しい？一方、メテオ。タウラスの得意なゴルフで勝負すると啖呵を切ったが、実は流星はゴルフは初めて。飄々と特訓を開始するが、大丈夫なのか？そんな中、校内ではタウラス洗脳下の風紀委員たちによるパトロールが激化していた。ゴスメイクの友子も違反者として追われることに！絶体絶命の中、友子を助けたのは、江本教授だった。
友子が行方不明。弦太朗たちは探すが、手掛かりは無い。不安が募る。そんな中、タチバナから連絡が入った。「敵の計画は最終段階に入った。ここから先は非常に危険な戦いになる」ライダー部に手をひけと言う。コズミックは絆の力だ、と食い下がる一同。だが、タチバナは友情は危険だ、と忠告した。一方、ホロスコープス。我望は江本に、二人で練ってきた計画が最終段階に入ったことを語る。「邪魔者はすべて排除する」我望が見せるサジタリウス・ゾディアーツの異形。「承知しています」と頭を下げる江本。そして、ヴァルゴ・ゾディアーツはライダー部を急襲。個別に襲われていく、隼！ ＪＫ！ 美羽！そして、ユウキ！一同は、恐怖のドン底に突き落とされた。
タチバナの正体はヴァルゴ・ゾディアーツ。そして、そのヴァルゴは、友子に引き続きメテオも消し去ってしまった！！これでライダー部は、弦太朗と賢吾の２人だけになった……弦太朗は、離れて行ったユウキら部員たちの元へ出向き、新しい道を進もうとする仲間たちを励ましていく。そして、なんとタチバナとの「特訓」に再度挑もうとする！敵の幹部と再特訓など、ありうるのか？フォーゼは、友情を捨て“非情”になることで、またコズミックステイツになることが出来るのか？
宇宙飛行士選抜試験合格者のうちの一人が、理事長主催のＮＡＳＡ研修に行けることになった。テンションの上がるユウキだが、賢吾とユウキどちらか一人となると、自分が選ばれる見込みは薄い。なんとか行ける手段がないか「宇宙の声」に答えを求めるユウキ。それを見て、我望は驚いた。ユウキは小学生の時、夜空から声が聞こえたことがあったのだと言う。私を待っている人が宇宙にいると思ってから、宇宙が好きになったのだ、と言うユウキ。それを鼻で笑う速水校長だったが、ユウキを見つめる我望はとても真剣で……その後、事件が起きる。ユウキが、賢吾の分のアメリカ研修の申し込み用紙が破いて捨てたのだ！そんなことはしていないと主張するユウキだったが、弦太朗は確かにその現場を見たと言う。自分を疑う弦太朗に憤慨するユウキ。だが、そこにさらなる容疑の数々が舞い込んだ。校舎の壁にスプレーで落書き、運動部の備品などにシールを貼った等、一般生徒たちからの被害届けが！みんな、たしかにユウキがやったのを見たと言う。「知らない知らない！ 私じゃないよお！」ユウキが言っていることが正しいのか？ それとも………
ジェミニ・ノヴァが生み出した分身爆弾にやられて倒れるメテオ。サジタリウスとジェミニは、プレゼンターに会いにいくと言い放ち、去った。プレゼンターとは一体なにか？ 「これじゃあ、みんなの側にいられない」と本物のユウキも弦太朗たちの前から姿を消す。隠したその顔は白い仮面状態で、一方闇のユウキは、人間の顔を手に入れていた。立場が逆転したのだ！闇のユウキは本物としてユウキの家に居座る。家族で夕食を食べている様子を、本物ユウキは外から見るはめに。「パパ、ママ。それ、私じゃない！」
夏休みのある日。今日は賢吾の誕生日だ。ライダー部員たちは誕生パーティーを天高の学食で行っていた。そこに声をかけてきたのは我望理事長。新メニューを理事長自ら考案中だったのだと言う。学園にまつわる全てのことを、努力を厭わず自分自身でやる。その我望のスタンスに、感銘を受ける弦太朗。反面、人任せに出来ないことに対し、「一人でやるより、みんなでやろうぜ」と言い、我望と友達になろうとするが……その後、弦太朗とユウキは、ライダー部仮入部扱いの１年生・草尾ハルのお見舞いに行く。ハルはムスカ・ゾディアーツになった後遺症は治ったが、今度は盲腸で入院なのだという。親友・蘭は、一緒に早くライダー部の一員として活動しようと張り切っていたのに、ガッカリしている。その帰り道、速水校長が蘭の元へ現れた。急用があるのでついてきなさい、と言う速水。蘭はその様子に不自然なもを感じつつ、同行する。そこへ怒りのレオ・ゾディアーツが追ってきた。「貴様、我らホロスコープスを裏切るつもりかァ！！」一体、どういうことなのか？？
サジタリウスは、フォーゼたちに言う。１２個の使徒スイッチが揃った時、ワープゲートであるダークネビュラが誕生する。そこから、人類の進化の頂点に立つゾディアーツは、プレゼンターがいる宇宙の深淵へ行くのだ。そのせいで地上にどんな被害が起きようとも構わない。戦慄する一同。だが、最後の使徒ピスケスである蘭は、サジタリウスに言い放った。自分は弦太朗たちと一緒に戦う、と。蘭が持つピスケス・スイッチを見て、何か思うサジタリウス。裏切者・速水の処刑も含め、また今度にすると言い残し、レオと共に去った。一方、倒れた賢吾は夢を見ていた。それはスイッチの夢で―――
意識を取り戻した賢吾。頭の中に情報が流れてきて、全てを理解したという衝撃の事実を、語りだす。「君達もわかってるんだろう。俺はただの人間じゃない」賢吾は、コアスイッチから生まれたコアチャイルドだと言うのだ！それが意味することは何か？宇宙へ旅立つと言う賢吾に、弦太朗たちライダー部一同も戸惑うばかりで。一方、サジタリウスは怒りに燃えていた。旅立ちの為のダークネビュラ召喚、コアスイッチがその妨げとなったことに。賢吾を排除することを決めたサジタリウスは、超新星の姿を見せた！
サジタリウス・ノヴァのキックによって、賢吾は月面で消滅した。「明日は始業式だ。私の最後のスピーチを聞かせてやろう」と、ライダー部に言い残して去る我望。もはや我望を止めることは出来ないのか。ラビットハッチは大爆発し、天高のロッカーで繋がっていた“ゲート”も吹っ飛んだ。 夜の教室で、打ちひしがれたライダー部員たち。隼。ＪＫ。友子。流星。そして、弦太朗。そんな中、ユウキが手紙を取り出した。ラビットハッチの窓から飛ばされそうになった時、助けてくれた賢吾に渡された手紙だ。賢吾が皆に伝えたかったこととは？
