安積那由他(山﨑賢人)は大手企業や販売元を介さず個人でゲームを制作する、通称「インディー」と呼ばれる若き天才ゲーム開発者。「ジョン・ドゥ」という名前で活動し、誰もその素顔を知らないことから「ゲーム業界のバンクシー」と称される存在。しかし、現在は自動車整備工場で働き、ゲーム開発からは離れ静かに暮らしていた。そんな中、老舗玩具メーカーの「アトム玩具」は海外との価格競争などの影響で、廃業の危機を迎えていた。そこでアトムは一発逆転の経営再建をはかり、ゲーム制作へ参入すべく、「ジョン・ドゥ」を捜し始める。資金もノウハウも持たないアトムは、藁にも縋る思いで「ジョン・ドゥ」とコンタクトを取ろうと奔走するが…。
新生「アトム玩具」がついに動き出した。ところが、那由他(山﨑賢人)から一向にゲームのアイデアが出てこない。社長の富永海(岸井ゆきの)は「ジョン・ドゥ」再結成を促すが、那由他は頑なに拒否する。そんな中、新たなパートナーを探すことになった那由他は、海に連れられゲームジャムのイベントに参加。その会場で菅生隼人(松下洸平)とばったり会い…。２人の態度に深い溝を感じた海は、ネットゲームカフェの森田聡(岡部大)を訪ねる。そこで森田の口から語られたのは、那由他と隼人と緒方公哉(栁俊太郎)の関係、そして興津晃彦(オダギリジョー)との因縁だった…。
那由他（山﨑賢人）と隼人（松下洸平）が「アトム玩具」でゲーム作りを始めて１０カ月。繁雄（風間杜夫）たちがデザインしたキャラクターはPC画面の中でイキイキと動き出し、経営再建に向け順調な滑り出しをうかがわせた。ところがその矢先、やよい銀行の小山田賢雄（皆川猿時）から突然、融資金の即時返金を迫られる。期限は１カ月。従業員総出の資金集めが始まる。そんな折、パブリッシャーの相良晶（玄理）が、投資家とゲームクリエイターをつなぐ大規模プレゼン大会への参加を提案。那由他たちはラストチャンスに賭けるが…！？
完成を目前にしていたアトム玩具のゲームだったが、データが消える事件が発生する。１０日後までにゲームを復元できなければ、インド人投資家へのプレゼンに間に合わず、融資は到底受けられない。時間が迫る中、那由他（山﨑賢人）らは急ピッチで復元を試みるが、作業の進め方をめぐって隼人（松下洸平）と意見が割れ口論になってしまう。空気の悪い社内を社長としてまとめきれず、海（岸井ゆきの）は焦燥にかられていた。そんな中、興津（オダギリジョー）は次なる一手を進めており…。
「アトム玩具」初のゲームがようやく完成した。販売に向けて早速、配信サイトに申請を出すが、どのサイトからも審査で弾かれてしまう。理由がわからず途方に暮れる那由他（山﨑賢人）たちに、興津（オダギリジョー）は「SAGAS」が運営する世界最大のゲーム配信サイトで新作ゲームを扱わないかと持ち掛ける。興津の力など借りたくない那由他たちは、自社のホームページで細々と配信を開始。アトムワールド体験会のイベントも開いて販促用のゲッチャリロボを配るが、ゲームの売り上げは一向に伸びない。それどころか「SAGAS」の力の大きさを痛感するばかりだ。万策尽きた「アトム玩具」…。そこに、１通の問合せメールが届く。
「SAGAS」により買収されてしまった「アトム玩具」。それから１年の月日がたち―。那由他（山﨑賢人）をはじめとする元社員たちは今、何を思うのか…そして、それぞれの思いが動き出す！
「アトム玩具」が「アトムの童」に社名を変え、新たなスタートを切って数年の月日が経った。従業員も増え、会社はかつての活気を取り戻していた。そんな中、那由他（山﨑賢人）と隼人（松下洸平）はゲームクリエイターの交流会での出会いを通し、次のステージを見据えるように。その思いを知った海（岸井ゆきの）は社長として、複雑な気持ちを抱えていた。一方、興津（オダギリジョー）は「SAGAS」の株が大財閥の「宮沢ファミリー オフィス」に大量取得され始めたことに危機感を覚えていた。そこに、同社の社長・宮沢沙織（麻生祐未）が突然やって来る。「宮沢ファミリー オフィス」の影響力は「アトムの童」にも忍び寄っていて…。
「宮沢ファミリーオフィス」による「SAGAS」の買収問題が浮上する中、「アトムの童」の技術を取り返すためにも、宿敵・興津(オダギリジョー)の元でゲーム開発をすることを決めた那由他(山﨑賢人)。一方、隼人(松下洸平)が１人シアトルへ向かうことを決めたため、２人の溝は深まり、決別することとなった。「SAGAS」の経営存続を賭けた株主総会までに、新作ゲームの開発に取り組む那由他だが、期日が迫る中、アイデアが浮かばず行きづまってしまう。不利な状況を察した興津は、最後の頼みの綱である、ある男(山﨑努)の元へ向かうが…。そんな中、運命の株主総会が開幕する。
興津(オダギリジョー)が警察に連行され、「SAGAS」株主総会は大混乱に。代表不在で有力な委任状も「宮沢ファミリーオフィス」に奪われ、勝つ見込みがない。劣勢を強いられる中、壇上に上がる那由他(山﨑賢人)だがー。これまでに様々な局面で仲間と共に闘ってきた那由他。ゲーム業界の未来をかけた大勝負はついにラストステージへ。軍配はどちらに上がるかー？
