平和なスカイランドで起こったプリンセス・エルの誘拐事件を追って、不思議なトンネルに飛び込んだ勇敢な少女・ソラ。トンネルの先は別世界のソラシド市につながっていた。そこでソラは中学2年生のましろと出会う。
キュアスカイに変身し、ランボーグを撃退したソラ。街中で注目を浴びるソラを、ましろは自分の家に連れ帰る。そんなましろたちを家で迎えたのは、訳知りな様子のましろのおばあちゃん・ヨヨだった。
何やらエルの機嫌が悪い様子。その理由が、パパとママに会えないことだとわかったソラたちは、ミラーパッドを使ってスカイランドと交信することに。ミラーパッドを動かすためには、スカイジュエルが必要で...。
ましろたちを襲うカバトンの卑劣なわな。ソラのミラージュペンがカバトンに奪われてしまったことで、ソラはキュアスカイに変身できなくなってしまう。ましろはピンチのソラのもとへ向かおうとするが...。
プリズムがランボーグの攻撃を受ける夢を見るようになったソラは、ましろに「もう変身しないでほしい」と告げ、ひとりでエルを守ろうとする。そんななか、街に電車型のランボーグと共にカバトンが現れ...。
新学期が始まり、ましろは学校に向かうが、ソラは学校に入れない。お使いの途中、あげはに出会ったソラは、ましろがそばにいなくて寂しい気持ちを言い当てられる。あげははその想いを伝えにいくように勧める。
ましろと同じ学校に通えることになったソラ。スカイランドから来たことをつい言ってしまいそうになるため、学校では目立たないようにしていたが、体育の授業で持ち前の運動神経を発揮してしまい...。
どこからともなく部屋に入り込み、エルに話しかける見知らぬ少年。ソラが少年を捕まえると、その正体はスカイランドの飛べない鳥・プニバード族のツバサだった。スカイランドに帰らないツバサの目的は...?
カバトンが操縦する円盤型ランボーグが暴れ回るなか、スカイとプリズムを心配して家を飛び出していくエル。エルを守ろうとツバサも後を追うが、逆にランボーグに捕まってしまう。ツバサは隙を見て脱出するが...。
ツバサの歓迎パーティを開こうとするソラたち。ましろに「何か食べたいものはある?」と聞かれたツバサは、スカイランドの料理「ヤーキターイ」を食べたいと希望するが、なかなかその味を再現することができない。
あげはの誘いで、みんなで山に出かけるソラたち。たどりついた「らそ山」で、ソラとましろ、ツバサとあげはとエルのチームにわかれて謎解きゲームに参加する。ところが、ツバサはあげはに振り回され気味で...。
失敗続きで追い込まれたカバトンから、1対1の勝負を申し込まれるソラ。ソラが勝てば、もうエルには手を出さないと聞いて勝負を受けたソラは、キャンプ場での3日間の特訓を経て、カバトンとの対決に挑む。
エルのためにファーストシューズを買いにきたソラたちは、ひとりの女性から靴をゆずってもらうが、その女性は少し寂しそうな様子で去っていく。そんななか、ヨヨがスカイランドへのトンネルの開通に成功する。
スカイランドに戻ったソラは、青の護衛隊の隊長で憧れの人でもあるシャララと再会し、見習い隊員となる。だが、隊員のベリィベリーはソラの実力を疑っており、シャララは力試しのために2人を訓練場に連れ出す。
スカイランドに次々と現れるランボーグたち。ソラや青の護衛隊が退治するが、バッタモンダーによってそのエナジーは合体し、スカイランドを危機に陥れる。ソラとましろは巨大ランボーグを浄化しようとするが...。
ヨヨに会うため、再びソラシド市にやってきたソラたち。王と王妃が呪いにかかってしまい、寂しがるエルを元気づけようと、あげはの提案で人形劇を作ることに。そんななか、街にバッタモンダーが現れ...。
体育祭が迫り、選抜リレーのクラス代表に選ばれたソラは、自分にバトンを渡す選手をましろにやってほしいと願い出る。引き受けたましろはソラと特訓に励む。迎えた体育祭当日。いよいよリレーが始まり...。
実習先の保育園で、プリキュアの仲間だと知られてしまうあげは。ところが、園児のたけるとプリキュアへの考え方の違いで対立し、外に飛び出してしまう。そんななか、保育園にバッタモンダーが現れ...。
ましろの家に住み始め、ソラたちのため食事の準備や掃除に動き回るあげは。「頑張り過ぎ」と心配するツバサだったが、そんなツバサに、あげはは「明日予定を空けておいてほしい」と頼み、あるお願いをする。
あげはのアルバイト先の先輩で美大生の菜摘から「みんなの絵本コンテスト」への応募を勧められるましろ。ソラたちの後押しも受けて、絵本を作ってみようと思い立つ。なかなかアイデアが浮かばないましろだったが...。
ヨヨの提案で、みんなで高原に出かけることになった。高原にはヨヨが野菜を育てていた畑が広がっており、ツバサはヨヨが野菜の知識にまで詳しいことに驚く。午後、雨宿りをしていると、バッタモンダーが現れ...。
スカイランドでは、行方不明のシャララと同じ青いマント姿の女性の目撃談が相次いでいた。そんななか、みんなとの買い物の途中に青いマントの女性を見かけたソラは、思わず後を追いかけるが...。
心が折れてしまったソラはスカイランドに戻り、家族と再会する。一方、ソラシド市には再びシャララを取り込んだランボーグが現れる。ソラがいないなか、ましろたちは3人でランボーグに立ち向かう。
王様と王妃様の呪いを解き、「ヒーロー」としてスカイランドの人々に迎えられるソラたち。久しぶりに両親と過ごすエルだったが、不思議な紫色の光が現れて...。
王様と王妃様にエルを託され、ソラシド市に戻ってきたソラたちは、たくさんの動物がいるソラシド自然公園にやってくる。ソラたちが動物たちと触れ合っていると、アンダーグ帝国からの新たな刺客が現れ...。
久しぶりにましろの両親が海外から帰ってくることになり、空港まで迎えにきたソラたち。空港内を見て回り、展望台にやってきたソラたちは、そこで飛行機に詳しい翔子という女の子と仲良くなる。
花火大会の日、エルがミラーパッドで遊んでいると、突然ミラーパッドから飛び出した渦に引きずり込まれてしまったソラたち。ミラーパッドの中のスペシャルステージで、特別なトレーニングに挑むことになるが...。
あげはの姉で人気モデルの早乙女まりあ、かぐや姉妹が街にやってきた。2人のマネジャー・加古からファッションショーに出演しないかと誘われたエルは、かぐやのデザインした服に興味を持ち出演することに。
ある日、街外れの無人の洋館で、ソラはぬいぐるみに話しかけられ驚いて逃げ帰る。家までついてきたぬいぐるみを「お化けかもしれない」と怖がりながらも、ソラは何か事情があることを感じて力になろうとする。
夏休みの締めくくりに、みんなと海水浴にやってきたものの、泳ぎ方を知らないソラは浅瀬で溺れそうになる。みんなに泳ぎを教わるが、なかなかコツを掴めないソラは、まずは海を楽しもうと考え直す。
いたずらをたしなめられ、すねてしまったエルの機嫌を直すため、ソラシド写真館を訪れたソラたち。ところが、みんなで撮影を楽しんだ帰り道、いきなり黒いフードを着た謎の男が現れ、エルを捕らえてしまう。
自分がキュアマジェスティだと主張するエルだったが、まだ自由に変身することはできない。そんななか、アンダーグエナジーに洗脳されたミノトンが再び姿を現す。強化されたミノトンにスカイたちは追い込まれ...。
ヨヨに呼び寄せられ、スカイランドに突然現れた遺跡を探索するソラたち。その奥には、“究極のちから”を封じた本「マジェスティクルニクルン」が収められていた。
プリキュアに敗れたバッタモンダーは、「紋田」と名乗ってソラシド市で暮らしていた。一方、子供たちに自作の絵本の読み聞かせをしていたましろは、一組の兄弟に「つまらない」と言われて落ち込んでしまい...。
女子野球部のエース・四宮たまきが肘の故障で休養する間、女子野球部のコーチを頼まれたソラ。しかし、たまきの治療のためには手術が必要なことが明らかになる。無理しても大会で投げたいというたまきだったが...。
あげはの実習先で仲の良かった園児のたけるが引っ越すことになった。あげはは、寂しさからかほかの園児たちとも遊ぼうとしないたけるに対し、どう接したら良いのかと悩む。
ましろとあげはが出会った時の写真を見て、それが撮影された場所に行ってみようと思い立つソラたち。しかし、付近をいくら歩き回っても、目印の木が見つからない。帰ろうとしたその時、エルの帽子が風に飛ばされ...。
スカイランドの夜空を照らしていたハレバレジュエルの光が消えてしまい、ソラたちは原因究明のため、ハレバレジュエルが置かれている浮島に向かう。そこでソラたちはスカイランドに住んでいたという竜族に出会う。
ハロウィーンでましろの家を魔女の館のように飾りつけ、怪しげな雰囲気になった子供たちを迎えるソラたち。一方、街では「プリキュアの仲間」を名乗るキュアパンプキンが現れ、お菓子を奪い取っていた。
テレビで結婚式の様子を目にしたエルは突然、「ツバサと結婚する!」と言い出す。エルのためにみんなで「結婚式ごっこ」をしてあげることにするが、遊びが終わってもエルはツバサの手を離そうとしない。
ましろが次の絵本コンテストに応募する新作の内容に悩んでいると、みんながソラシドパークに連れ出してくれた。そこで新作のアイデアを練っていると、また紋田が話しかけてくるが、前回とは様子が違っていて...。
キラキラエナジーを作り出すツバサの研究の成果を持ち帰るため、ソラシド市にやってくるシャララ。一方、スキアヘッドとの戦いの後から心ここにあらずだったソラは、悩みをシャララに打ち明ける。
新作のアイデアに詰まったましろは、ソラシドパークにやってくる。そこで再び出会った紋田に作りかけの絵本を読んでもらうが、ましろの言葉に紋田は怒りだし、ミラージュペンを奪い去っていく。
スカイランドの草原に現れた謎のトンネルを調べに向かうソラたち。そこで出会ったアンダーグ帝国の支配者・カイゼリンは圧倒的な力でスカイたちを追い詰める。その時、マジェスティクルニクルンの光が辺りを包み...。
300年前のスカイランドでプニバード族を助け、王都の復旧を手伝うソラたち。一方、カイゼリンと出会ったエルレインは彼女の言葉を信じ、戦いを終わらせようとするが...。
スカイランドにもクリスマスに似た行事・スリクマスがあることを知ったソラたちは、パーティを開催しようと思い立つ。パーティの準備が進むなか、ソラたちはシャララから極秘の任務を言いわたされ...。
みんなが寝静まったスカイランドの夜。一番星がエルに語りかけてくる。一番星は自らの正体がエルレインだったこと、これまですっとソラたちを見守ってきたことを告げ、最後の力をエルに授ける。
スキアヘッドを失った怒りに燃え、カイゼリンは捨て身の行動に出る。カイゼリンの激しい攻撃によってバリアが破壊されそうになるなか、スカイやマジェスティたちは、街を守りながら立ち向かう。
消え去ったはずのスキアヘッドに胸を貫かれたカイゼリン。スキアヘッドはアンダーグエナジーの化身・ダークヘッドに姿を変え、スカイたちをアンダーグ帝国へと誘い込む。そこには無数のランボーグが待ち構えていた。
カイゼリンを助け出したスカイたちの前に、アンダーグエナジーの海からダイジャーグが現れる。しかし、スカイたちにはかなわず、追い込まれたダイジャーグはソラシド市へ。追いかけるスカイたちだったが...。
