ダンが光となってから十年、人類と魔族は戦いをやめ、統一政府のもと共存の日々を送っていた。その記念式典に出席したバローネは、人間から銃撃を受ける。それを庇い、意識不明の重体に陥るクラッキー。クラッキーの危機は、時代を超えて光主であるまゐ達にも届く。バローネを撃った人間は人類史上戦線カーディナル・サインという過激派組織に属していた。光主達が救った世界を守るため、彼らとの戦いを決意するバローネのもとに『激突王のキセキ』というカードが現れ……。
突如、現れたダンにより、カーディナル・サインの刺客を倒したクラッキーたち。失われたはずの十二宮Ｘレア、そして何故やってきたのか、クラッキーたちはダンに問おうとするが、ダンはそれに答えず、次の戦いへと向かっていく。ダンが向かったのは、異界グラン・ロロ。この世界もまた六色の大陸を我が物にしようとするザバイアにより、争いが起きていた。ダンは赤の大陸を守って戦うズングリーと再会し、彼のデッキを見て助言をする。しかし、ズングリーはそれを受け入れられず--。
ギデオンの側近、ターナの接触を受けたまゐ。この接触に不穏な気配を感じた硯と剣蔵は、密かに二人の様子を窺うことにする。車にのり、移動するまゐとターナは突如、何者かの襲撃を受ける。それは魔族によるものだった。魔族の登場に驚くまゐの前で、ターナは彼らを殺害する。その中で、まゐはターナのある秘密に気付いてしまう。まゐの身に危機が迫る中、ダンもまた現代の地球へと現れていた。全ての元凶であるレオス・ギデオンの手から十二宮Xレアを救い出すために……。
人類と魔族が協調の歩みを始めてから数世紀、新たな争いの火種が生まれる。紫の血を持つ新種族、モーブが誕生したのだ。優れた頭脳を持つ未知の存在に対し、統一政府が取ったのは特別区に隔離し、迫害するというものだった。迫害から逃れて、スラム街--バニラで暮らしていたモーブ、ガレット・レヴォはバニラを出る決意をする。モーブの代表が権利獲得の為、統一政府にバトルを挑むと知ったからだ。そのバトル会場に向かう道の途中で、ガレットは運命的な出会いを果たす。
お互いの信条をバトルフィールドでぶつけ合うガレットとヴァルト。ターンを重ねる中、二人はこれまでの日々を思い出していた。それはヴァルトの父、ルシアンが凶刃に倒れてからのこと。モーブ特別区の学園に編入したガレットは、同じコアの光主であるヴァルトと共にモーブの権利獲得のため、世界を変えようとしていた。ある日、ガレットはヴァルトに学園の地下に案内される。そこで見たものが、二人の道を違わせる契機となる。
ヴァルトと決別し、バニラへと戻ったガレットはライムたちと再会する。ライムはガレットから預かった彼の父の遺品を調べ、三つの座標情報を手に入れていた。その内の一つが示していたのは、ガレットが父から託されたカードだった。残る二つの座標にも、同じようにカードがあるはず。自分と同じ思いを抱いていた父が遺した情報が、世界を変える鍵になると信じて、ガレットはライムたちと共に座標の位置に向かう。しかし、そこは魔族とモーブを差別する人間の街だった。
二枚目のカードを手に入れたガレットは、最後の座標へと向かう。そこは人間、魔族、モーブが誰も差別されることなく暮らしている島だった。島を治める仮面の魔族に導かれ、ガレットは最後のカードが祀られる祭壇へと赴く。同じ頃、ヴァルトも自分の信条に従って、動き出していた。その手始めとして、ヴァルトはザイファーを夜のスタジアムへと呼び出す。自分の信じた未来へ歩き出すため、ヴァルトはザイファーにバトルを挑む。
ガレットたちは、三種のカードに導かれ、南極を訪れる。そこでは謎の少年、ヴィザルガが待ち受けていた。ヴィザルガは、三種のカードによって開かれたバトルフィールドの先に、ガレットの成すべきことがあると語る。それを確かめる為、バトルに挑もうとするガレット。しかし、そこに特別区のアルスからヴァルト蜂起の報せが届く。ヴァルトが動き出したことを知ったガレットは、成すべきことを知るためにバトルフィールドへと向かう。
三種のカードを集め、異界グラン・ロロへの扉を開いたガレット。彼が誘われたのは、遙か昔、まだバトルスピリッツの広まっていない、争いが絶えない時代のグラン・ロロだった。戦乱のグラン・ロロを巡るガレットは、〈白の王〉との出会いを果たす。彼は世界から争いをなくしたい、と己の理想をガレットに語る。そして、その一歩として〈緑の姫〉との婚礼に臨もうとしていた。その式典の場に同席するガレット、しかし、そこに異界王の軍勢が現れて--。
グラン・ロロを旅したガレットは、多くの異界人の仲間を得た。ガレットは彼らと共に旅の最終地、マギサのいる神殿を訪れる。ガレットは旅する中で見出した答えをぶつけるべく、マギサにバトルを挑む。一方、地球ではモーブと統一政府の対立が激しさを増していた。暴動が起き、失われるモーブの命。ヴァルトは武力による報復を求める部下たちの訴えを、人間・魔族と同じ方法は取らないと拒絶する。しかし、部下達はそのヴァルトの決断に従えず……。
地球へ帰還したガレットは、地球と異界グラン・ロロの融合--グランリセットを行うと宣言する。融合により、これまでの常識と価値観を白紙に戻す。それがグラン・ロロで見出したガレットの革命だった。その宣言に世界が動揺する中、ガレットはシンボルを通じてヴァルトから接触を受ける。言葉を交わそうとする二人。しかし、その対話はヴァルトが襲撃を受けたことで、唐突に終わってしまう。突然の窮地をヴァルトはリイン、ライムたちと協力して、切り抜けようとするが……。
ガレットは、グランリセットにかける思いをリインに語る。しかし、リインは賛同を示せない。統一政府に戻るという彼女に、ゴッツレンとモンザがグラン・ロロの大使として同行する。リインたちを見送ったガレットは、ヴァルトに会うために空中要塞へと向かう。再び対峙するガレットとヴァルト。二人が互いの想いを話す場として選んだのは、バトルフィールドだった。しかし、そんな二人を邪魔するように空中要塞に攻撃がしかけられる。グランリセットを巡って、世界が大きく動き出そうとしていた。