並外れた推理力を持つ自信過剰な天才刑事・天草那月（増田貴久）は、飛び降り自殺と思われた現場で犯人を言い当てたクールな高校生・四鬼夕也（浮所飛貴）と出会う。夕也は「殺人者に影が視える」という特殊な才能の持ち主だった。 那月は夕也を強引にある富豪殺害事件の捜査に協力させるが、夕也が影を視た人間には完ぺきなアリバイがあって……？『金田一少年の事件簿』原作者が放った本格バディ・ミステリー、いよいよスタート！
天才刑事・天草那月（増田貴久）は殺人者に影が視える高校生・四鬼夕也（浮所飛貴）の家に強引に引っ越し、二人はバディとなる。夕也の家は歴史ある四鬼神流古武術の宗家。その師範とされる四鬼の一人で今は華道家となった林秘影（柏原収史）から招待状が届き、那月と夕也はイベントに出向く。 林家華道の縺れた因縁が蠢く不穏な空気の中、林家と対立する裏林家の家元が毒殺される。その時夕也が影を視たのは全く意外な人物だった！
天草那月（増田貴久）と四鬼夕也（浮所飛貴）は、女流棋士戦の観戦に。那月は棋士界の女帝と言われる藤堂将子（真飛聖）の熱烈なファンだった。 対局する高城歩（佐々木春香）は急速に将子を追い上げる天才若手棋士。歩に脅迫状が送られてきたことで二人の対局はマスコミの注目度も高く、双方のファンは一触即発の状態だった。 初日は将子優勢のまま終わったが、那月は将子の棋譜に不審を抱く。その夜、歩の死体が公園で発見され…。
天草那月（増田貴久）の推理力に感服した四鬼夕也（浮所飛貴）は、捜査に協力する代わりに、母殺しの真犯人を見つけて欲しいと頼む。容疑者として追われているのは四鬼神流古武術の師範代・四鬼の一人、金田那由他（窪塚俊介）だが、夕也には那由他に黒い影は視えなかった。 そんな中、夕也の同級生で唯一心開く相手だった水泳部の生駒沙耶香（工藤美桜）がプールで死体となって発見される。悲しみの中、夕也は那月と真相を探り…。
河川敷で男子高校生の死体が発見される。2カ月前と1週間前にも、同じ高校の男子生徒の死体が、同じ河川敷で発見されていた。天草那月（増田貴久）と竜崎美都（泉里香）は連続殺人とみなして捜査に乗り出すが…。 一方、四鬼夕也（浮所飛貴）は林秘影（柏原収史）から、四鬼の一人である弓月兵馬（松井玲奈）に夕也の母を殺す動機があると聞かされる。夕也は兵馬に会いに行くがその途中、背後に黒い影を纏った男の気配を感じて…。
天草那月（増田貴久）と四鬼夕也（浮所飛貴）は、母殺しの真相を求め弓月兵馬（松井玲奈）と会う。俳優の兵馬は舞台稽古中で、男だが２０代美女にしか見えず驚く那月。突然、演出家の加部丈二（坂田聡）と女優の桜沢凜（遠藤久美子）が激しく口論を始める。 凜は若手女優・波森優奈（吉柳咲良）が抜擢されたのは加部の愛人だからと苛立っていた。キャストが共同生活する家に招かれた那月と夕也だが、夜、加部が何者かに殺されて…！
2年前に解散したロックバンド『ヴィルデ・カッツェ』の元メンバー二人が、相次いで殺害される。天草那月（増田貴久）は四鬼の一人で今はギタリストをしている長曾我部新（高月彩良）も元メンバーと知り、四鬼夕也（浮所飛貴）と共に話を聞きに。 新を含む元メンバーの三人は、殺害当日もスタジオに一緒におりアリバイがあった。殺された一人を深く恨んでいたライブハウス店主にも明確なアリバイがあり、那月は交換殺人を疑うが…？
天草那月（増田貴久）と四鬼夕也（浮所飛貴）は、夕也の母・四鬼舞歌（田中麗奈）の死の真相を解明しようと奔走する。真犯人は警察から逃走中の金田那由他（窪塚俊介）ではなく、殺人者の黒い影が視えた林秘影（柏原収史）、弓月兵馬（松井玲奈）、長曾我部新（高月彩良）の誰かなのか？ 捜査を進める過程で、夕也は母の生前の自分への想いを知り、心が揺れる。那月の超絶推理が解き明かした意外な真犯人は誰なのか？ 衝撃のラスト！
警視庁捜査一課の刑事：天草那月（増田貴久）と、殺人犯を見抜く眼を持つ高校生：四鬼夕也（浮所飛貴）は、新聞記者の山田忠文（高橋努）が刺殺された事件を捜査することになる。 犯人は無事に逮捕されたものの、被害者に対する殺意はなかったと供述するのに違和感を覚える那月。そして、事件現場で那月と夕也の前に現れた探偵：八雲穂積（中山優馬）の“ある目的”とは……。 国家を揺るがす本格クライムサスペンスが幕をあける―。
相次ぐ連続殺人事件“殺意なき惨殺”。 それは、失踪中の元公安第四課の刑事で、那月の父親である天草恒河（田辺誠一）が、かつて追っていた事件と酷似していた。そんな中、那月の前に刑事部長の神原勇作（高橋克典）が現れ、「特命捜査チーム」への加入を打診される那月。 一方、夕也は弓月兵馬（松井玲奈）から“裏四鬼神流”に伝わる「闇の眼」の存在を知らされる。 夕也から奥伝書を預かった那月は、八雲の正体にたどり着くが―。
神原率いる「特命捜査チーム」に加わり、連続殺人事件“殺意なき惨殺”を追う那月。 そんな中、夕也のもとに八雲から着信が入り……。 一方、殺害された山田から封書を託された後輩記者：高牧絵梨佳（宮本茉由）は、山田殺害の真相、そして読み取ることができないQRコードの謎に迫るため、恒河との接触を試みる。同じ頃、「闇の眼」に操られて殺人を犯した丸岡隆（神保悟志）が、人質を取ってビルに立てこもるという事件が発生する。
恒河の名をかたり、高牧の前に姿を現わした八雲。 八雲は「闇の眼」を仕掛けようとするが、その窮地に駆け付けた恒河によって高牧は救われる。 一方、高牧に迫る危険を察知し、その行方を追っていた那月は、持ち前の洞察力を駆使して、同僚の大久保征二（笠原秀幸）とともに彼女を保護することに成功する。 その後、「特命捜査チーム」内で恒河が高牧に託したQRコードを読み取ろうとするものの、またも読み取ることができず……。
八雲の策略に陥り、逃亡を余儀なくされる恒河。 高牧と大久保を殺害した被疑者として、恒河は警察に追われる身となるが、恒河の犯行だと信じられない那月は、いつもの冷静さを欠いてしまう。 そんな那月を見兼ねた鷲巣潔（小手伸也）は、恒河が失踪する直前に託された"ある想い"を那月に伝える。 一方、事件の背後で"ある男"に接触を謀る竜崎美都(泉里香)だったが……。 そして、暗躍する八雲によって、夕也に最大の危機が迫る―。
四鬼神流の"表"と"裏"の統一をもくろむ八雲は、夕也に「手を組もう」と誘いをかけるものの、夕也は"鬼"ではなく、あくまで"人"として生きる道を選ぶと断言。 そこにタキ（竹原芳子）から連絡を受けて駆け付けた那月は八雲に銃を構えるが、夕也を人質に取られてしまう。 しかし、その場に恒河も現われ、やむを得ず八雲は逃走を図る。 八雲を追う中、「この一連の事件には"黒幕"が存在する」と那月に示唆する恒河だったが―。
八雲の「闇の眼」によって、恒河の命を奪ってしまった竜崎。 最愛の父を失ったものの、相棒として竜崎の心を救おうとする那月は、事件の黒幕を必ず突き止めると誓う。 今までの“殺意なき惨殺事件”を再捜査する那月と鷲巣は、被害者たちがガーランド米国務副長官の来日に関わっていたことに気付く。 一方、夕也は再び兵馬と会い、八雲の居場所を問い詰める。 そんな中、最後の標的を狙う八雲の前に、思いもよらぬ人物が立ちはだかるー。
10年前の悲劇が一連の事件の始まりだった―。 神原の復讐に協力している烏森は、用済みとなった八雲を始末するべく、彼が入院している病院を訪れる。 一方、恒河が遺した手帳を手掛かりに、神原の過去、そして“殺意なき惨殺事件”の真相にたどり着いた那月は、神原の凶行を阻止しようと奔走する。 刻々とガーランド米国務副長官の来日が迫る中、神原と対峙する那月と夕也。 そこには“ある人物”の姿も……。 Season２、遂に完結―。
