腕はいいが金にならない刑事事件ばかりを引き受ける弁護士・深山(松本潤)は、実績を買われ、大手法律事務所からヘッドハンティングされる。深山は新設された刑事事件専門のチームで働き始めるが、室長の佐田(香川照之)と彩乃(榮倉奈々)はやる気がない。そんな中、チームに殺人事件で逮捕された男の弁護依頼が舞い込む。
深山（松本潤）らは、殺人で起訴された山下（風間俊介）の弁護を担当。山下は居酒屋で出会った男から暴行を受け、衝動的に刺して殺してしまったと供述する。山下は2回刺したと言うが、検視の結果は5回だった。深山が調べを進めると、被害者は御曹司で、2年前に起こした事件がもみ消されていたと分かる。
深山（松本潤）らの元に勤務先の金庫から1000万円を盗んだ容疑で逮捕され、無罪を主張する果歩（山下リオ）の弁護依頼が舞い込む。深山と彩乃（榮倉奈々）は、依頼人で果歩の母・冴子（麻生祐未）から全財産をはたいてでも、なんとか娘を助けたいと頼まれる。さらに、冴子が末期の膵臓がんで、余命1カ月だと知る。
自然エネルギー研究の第一人者・菊池（板尾創路）が強制わいせつ罪で逮捕される。一緒に飲んでいた元同僚の井原（ハマカワフミエ）の体に触れたというが、菊池は当時の記憶がない。菊池を担当する深山（松本潤）らが検証すると、井原の供述に食い違いが判明。無罪の可能性が高まるが、突如菊池が示談を要求する。
検事正の大友（奥田瑛二）が、不起訴の決裁が続く丸川（青木崇高）にプレッシャーを掛ける。一方、深山（松本潤）らは口論の末に起きた殴打事件を担当。防犯カメラの映像などから、加害者の男が「おまえが殺したんだ」と叫んでいたと判明。18年前に加害者の父親が自殺しており、深山らは本件との関連を調べる。
18年前に起きた資産家令嬢殺人事件の担当だった佐田（香川照之）は、深山（松本潤）から取り調べに不備がなかったか詰め寄られる。深山は当時のニュース映像などを何度も検証するうち、証言がねじ曲げられ、違法捜査と捏造があった可能性を感じる。真犯人の究明と再審の開始を求め、深山は徹底的に調べる。
ゲーム会社の社長が自宅で殺害され、専務の西岡（嶋田久作）が逮捕される。社長の息子・英樹（高嶋政伸）は斑目法律事務所に西岡の弁護を依頼。容疑を否認する西岡に深山（松本潤）らが接見し、現場検証を行う。無実を証明するためには、凶器の花瓶に西岡の指紋が残っていたという証拠を覆す必要があった。
殺人の逮捕状が出された深山（松本潤）が連行される。深山の弁護は佐田（香川照之）ら斑目法律事務所が担当することに。警察の調べによると、深山が依頼人の男性と食事した際、男性が突然目の前で倒れ間もなく死亡。深山が食事に毒物を混入させた様子が防犯カメラに映っているといい、佐田らは映像を見て検証する。
佐田（香川照之）、深山（松本潤）、彩乃（榮倉奈々）は山城電鉄の会長宅へ。すると家の中で会長が殺されており、三男の妻・皐月（国仲涼子）が介護疲れを理由に朱色のネクタイで絞殺したと自供。オレンジ色を朱色と言い表したこと、皐月一人で介護をしていたことに違和感を覚えた深山は、家族を一人ずつ呼び出し話を聞く。
連続殺人事件の被告人が、深山（松本潤）との接見で無罪を主張。被告人は丸川（青木崇高）に誘導され調書にサインしたと話すが、現場には被告人の毛髪と血痕があり、佐田（香川照之）は「アリバイが証明できない限り覆すのは難しい」として防犯カメラの映像を捜す。だが、検察は訴因変更を行い極刑に追い込もうとする。
常に事実だけを追求し、99.9％逆転不可能と言われる事件で無罪を勝ち取ってきた深山。 所属する斑目法律事務所の刑事事件専門ルームは、新所長となった佐田のもと、新米弁護士・穂乃果も加わり、日々事件に挑み続けていた。 ある日、彼らのもとに舞い込んできたのは、15年前に起きた天華村毒物ワイン事件に関する依頼。 その事件には、謎の弁護士・南雲とその娘エリが関わっていた。 一見善良そうな南雲だが、果たして彼は敵なのか、味方なのか？ 深山たちは、村で出会った青年・守の協力も得ながら、15年前の事件を徹底的に調べることに。 やがてある可能性に行き当たり、奇跡の大逆転かと思われたが、それは巧妙に仕掛けられた罠だった…。 事実だけを追求してきたはずの深山が、まさかの冤罪を生んでしまうことに！？ 斑目法律事務所に訪れた最大のピンチ！ 果たして深山たちは、0.1％の事実にたどり着くことができるのか―― ？
刑事事件を専門に扱う型破りな弁護士・深山（松本潤）らの活躍を描く第2弾。斑目法律事務所の刑事事件専門ルームでは、常識外れな調査を行う深山に不満を抱く弁護士が次々と辞めてしまい、室長も定着せずにいた。それを見かねた所長の斑目（岸部一徳）は、元室長の佐田（香川照之）を呼び戻す。
深山（松本潤）の父親・大介（首藤康之）は殺人容疑で逮捕され、本人否認のまま獄中死していた。斑目（岸部一徳）に協力を頼まれた舞子（木村文乃）は、深山のいる金沢へ。一方、深山は金沢地検に異動した丸川（青木崇高）を訪ねる。深山は丸川に、殺害現場に落ちていた第三者の遺留品を見せ、再調査を頼む。
ロック歌手のジョーカー茅ヶ崎（宇崎竜堂）が、殺人容疑で取り調べを受けているとの報道が流れる。深山（松本潤）らは、茅ヶ崎が行った記者会見に佐田（香川照之）が同席していたことから、佐田が茅ヶ崎の弁護を担当している事を知る。記者会見後、世間の流れが茅ヶ崎の潔白に傾く中、佐田の元にある情報が入る。
エンジン開発の下請け工場内で、元請けの専務が殺害される。犯人は下請け会社社長で、犯行後に自殺し、不起訴処分となっていた。被疑者の妻・梢（有森也実）は深山（松本潤）らに夫の無実の証明を依頼。また、遺書とされた夫のメールに違和感があると言う。梢は、被害者側から損害賠償請求をされていた。
少年事件の弁護をすることになった志賀（藤本隆宏）が、深山（松本潤）をまねて事件を再現しけがをする。動けない志賀に変わり、深山が強制わいせつ事件の容疑で逮捕された山崎（市川理矩）の接見へ。母子家庭の山崎は刑事に脅され自白してしまったと告白。深山は犯行時刻に山崎が飲食店にいたことを突き止める。
すし店店主・新井（竜雷太）が、不動産会社の平田（三又又三）の殺害容疑を掛けられていると相談に訪れる。深山（松本潤）と舞子（木村文乃）は、たばこ店店主・飯田（ダンカン）から、ある情報を聞き出す。そんな中、雄太（佐藤勝利）が平田殺害容疑で逮捕されたという報道が流れ、舞子はがくぜんとする。
佐田（香川照之）が裁判制度を批判し、話題に。そんな中、佐田が顧問弁護士を務める会社の社長・緒方(ヒャダイン)が3000万円を持ち逃げして行方不明に。検察庁に呼ばれた佐田は、緒方の失踪日に現金をやりとりしていたとして、業務上横領ほう助の容疑で逮捕される。深山（松本潤）は佐田の無実を証明するため調べ始める。
元大臣・藤堂（佐野史郎）の議員事務所に毒入りようかんが届き、それを食べた秘書が死亡。贈り主が逮捕され、佐田（香川照之）が依頼を受ける。そんな中、元科捜研で今は独自の手法で鑑定を行っている沢渡（白井晃）が毒物の再鑑定を申し出る。沢渡は2年前の事件と同一だと指摘し、深山（松本潤）が調べ始める。
亮平(中島裕翔)が祖母と弁護士と共に、父・貴弘(小林隆）が放火し母を殺害したとされる事件の再審請求をしたいと相談に訪れる。深山（松本潤）と舞子（木村文乃）が接見に行くと、貴弘は亮平を犯罪者の息子にしてしまう罪悪感に耐えられず罪を認めたという。深山は防犯カメラを調べ、貴弘が購入した灯油の量に注目する。
松本潤主演の映画「99.9-刑事専門弁護士- THE MOVIE」公開に合わせて、人気シリーズの完全新作スペシャルドラマをお届け！松本は、今回も超型破りな弁護士・深山大翔(みやま・ひろと)を演じ、上司の敏腕弁護士・佐田篤弘(さだ・あつひろ)を香川照之が続投。新ヒロインとして杉咲花が参加し、司法修習を終えたばかりの新米弁護士・河野穂乃果(こうの・ほのか)を演じる。SEASON Ⅰでは検察官、SEASON Ⅱでは裁判官と対峙してきた深山だが、今回、立ちはだかる敵は弁護士。その弁護士・南雲恭平(なぐも・きょうへい)を西島秀俊が演じる。 【ストーリー】 99.9％有罪と見なされた案件でも、残された0.1％の事実を納得するまで追求し無罪を勝ち取る弁護士・深山大翔(松本潤)が勤める斑目法律事務所は、所長が佐田篤弘(香川照之)に変わっていた。その就任パーティー会場で、佐田は大手自動車メーカーの会長・若月昭三(石橋蓮司)から、新米弁護士の孫娘を育ててほしいと頼まれる。一方、深山は拘置所で依頼人・大島浩二(児嶋一哉)のもとにいた。大島は下着窃盗犯で逮捕、起訴され、否定するものの、状況証拠から有罪は揺るぎない。そもそもこの案件の弁護は河野穂乃果(杉咲花)が担当していて、情状酌量を勧めたものの、絶対にやっていないと言う大島が無罪を勝ち取るため深山に依頼替えをしたのだ。深山は早速、大島の話をもとに気仙沼へ向かうが、なぜか穂乃果もついていくことに。数日後、斑目法律事務所にやって来た穂乃果。彼女が若月の孫娘だったのだ。若月からは民事の弁護士として育てるよう依頼を受けていた佐田だが、穂乃果の要求を受け入れ若月には秘密で刑事弁護で働かせることに。そんなある日、政治家の収賄事件の依頼が舞い込む。次期市長候補・岡部康行が賄賂を受け取ったとして逮捕されたが、岡部は否認。しかし賄賂を送った円谷は罪を認めて有罪が確定しており、結審した収賄事件をひっくり返すのはほぼ不可能に近かった。深山と佐田は円谷の弁護を担当していた南雲恭平(西島秀俊)を訪ねるが、温厚な顔の裏に隠されたグレーな弁護手法を感じ取り警戒を強める。そして、南雲は深山が担当する裁判の検察側とも裏で接触していて、深山たちの前に立ちはだかる。果たして、深山は事実を見つけ出すことができるのか!?
