Season 3

東京西部に位置する巨大な『学園都市』。 総人口230万人を数え、その約8割を学生が占めるこの都市では、超能力開発のための特殊なカリキュラムが実施され、学生たちの能力は『無能力(レベル0)』から『超能力(レベル5)』までの六段階で評価されていた。 とある高校生・上条当麻(かみじょう・とうま)も、学園都市に住む学生のひとり。彼は自分の右手に宿る力――異能の力なら神の加護すら打ち消す『幻想殺し(イマジンブレイカー)』のため、落第寸前の『無能力』の評価を受け、不幸まっしぐらの人生を送っていた。 そんな上条の学生生活は、夏休みのはじめに空から降ってきた純白のシスターによって、大きく変わってしまう。「魔術」の世界から逃げてきたという彼女――『禁書目録(インデックス)』との出会いに始まって、さまざまな事件に巻き込まれていく上条。 学園都市を統べる「科学」サイド、インデックスに連なる「魔術」サイド双方の事件を綱渡りで解決していくうちに、少しずつ人の輪を広げていくことに。そして、ついには魔術サイド、十字教最大宗派のローマ正教が、上条の存在に目を向けることになってしまう……。 魔術サイドに呼応するように、科学サイドたる学園都市も動きだす。しかし、にわかに対立を見せ始めた世界の動きに抗うように、立ち上がる者たちがいた。 上条とかかわったことで、大きく運命を変えた『ヒーロー』たち。彼らもまた、身を挺して世界と対峙する。上条当麻がそうしてきたように。科学と魔術が三度交わるとき、物語は大きく動き出す――!!

Touma Kamijou can't catch a break. After the invasion of Academy City, political tensions continue to rise as both the science and magic factions collide head on. It appears that Academy City intends to declare war against the Roman Catholic Church, consequently plunging the whole world into global warfare. Touma soon finds himself on the front lines once again, striving to protect his friends and allies. A Certain Magical Index III serves as the last installment of the original franchise as Touma, Accelerator, and the true Level 0 Shiage Hamazura continue their separate journeys, leading up to the final act of the original light novel series.