Mikoto hackt sich in den Supercomputer des Klonprojekts und stellt fest, dass dieser nicht mehr aktiv ist. Misaka 10031 rüstet sich für den Kampf gegen Accelerator.
Misaka sets out on one last mission to put a halt to the experiments by destroying the supercomputer Tree Diagram. Meanwhile, Kamijo runs into Misaka's clone #10032 again, and the two of them decide what they should do about a stray kitten she has found.
これまで自分が相手にしていたのは、学園都市そのものだった。『実験』――『絶対能力進化（レベル６シフト）計画』という巨大な“闇”を調べるうちに、どうしようもない無力感に囚われそうになる美琴。しかし、自分の全てをかけてでも、この計画を終わらせなくてはならない。美琴はついに、計画の実行を示唆した学園都市最高の英知を結集したスーパーコンピュータ『樹形図の設計者（ツリーダイアグラム）』を標的に定める。一方、捨て猫を前に逡巡している『ビリビリの妹』に出会った上条は、巻き込まれるように猫の世話を押し付けられることになり――。
트리 다이어그램을 파괴하기로 마음 먹은 미코토는 제23학구 우주개발 지역으로 향한다. 한편 시스터즈와 우연히 만나게 된 카미조 토우마는 함께 시간을 보내고, 시스터즈는 이전과 달라진 모습으로 하나 둘씩 감정이란 것을 배워나가기 시작하는데…
Mikoto decide piratear y destruir el diagrama de árbol, la supercomputadora responsable de los cálculos del experimento, con la esperanza de poder detenerlos. Mientras tanto, Tōma se encuentra con Misaka 10032, quien lo obliga a ayudarla a cuidar de un gatito abandonado que había encontrado.
Mikoto riesce a violare il supercomputer del progetto di clonazione e scopre che non è più attivo. Intanto Misaka 10031 si prepara ad affrontare Accelerator.
Misaka gaat op een laatste missie om de experimenten een halt toe te roepen door het boomdiagram van de supercomputer te vernietigen. Ondertussen komt Kamijo opnieuw Misaka's kloon -10032 tegen, en de twee beslissen wat ze moeten doen met een verdwaalde kitten die ze heeft gevonden.
Mikoto włamuje się do superkomputera projektu klonowania i odkrywa, że przestał on być aktywny. Tymczasem Misaka 10031 szykuje się do walki z Akceleratorem.
