日本映画史にその名を刻む昭和の名作を現代版にリメイクしたドラマ版の放送から４年。多くの続編希望の声に応えて巨匠・山田洋次監督が自ら脚本を書き下ろした続編が完成した。初編のラストで切ない別れに遭遇した耕作（阿部寛）と民子（常盤貴子）。耕作は仮出所をして工事現場の警備員として働き始めるが、中標津の牧場で彼の帰りを息子と待つ民子とは音信不通のままだ。果たして二人は再び巡り合うことができるのか。
北海道の中標津で、夫がのこした牧場を経営する民子（常盤貴子）の元にある晩、バイクが故障して動けなくなった謎の男・耕作（阿部寛）が転がり込む。怪しみながらももてなすと、翌朝から耕作は牛舎の仕事を手際よく手伝い始める。父を失いさみしい思いをしていた民子の一人息子・武志（佐藤優太郎）は、バイクのエンジンを解体して器用に修理する耕作にすっかりなつくが、民子の義父（中原丈雄）は耕作の素性に不安を覚える。
根室の解体工事現場を去って、再び民子（常盤貴子）が営む中標津の牧場に戻って働くようになった耕作（阿部寛）。民子にまとわりつく遊び人の虻田（筧利夫）にも慕われるようになり、民子の家族を気にかける義理の叔母・鈴江（高畑淳子）からも気に入られる。用心深く距離を置いていた民子も、まじめに働く耕作に好意を抱き始めるが、退院した義父・吉雄（中原丈雄）だけは耕作への疑念を捨てきれず民子と衝突してしまう。
逮捕され刑務所に入っていた耕作（阿部寛）は仮出所を許され札幌で暮らす妹・加奈（真飛聖）のアパートに身を寄せることになる。しかし、服役中も手紙を出し続け出所を待ちわびていた民子（常盤貴子）に対して耕作は一度も返事を出さず、出所の知らせさえも入れずにいた。そんな中、息子のピアノ教師の西川（藤井隆）が民子に思いを寄せていることに気づいた叔母の鈴江（高畑淳子）は、二人を近づけようと画策する。
耕作（阿部寛）は交通誘導していた工事現場で偶然、西川（藤井隆）に引率されて札幌に出てきた武志（佐藤優太郎）と再会する。札幌で開かれる人気ピアニストのコンサートを見に来た武志は勢いで耕作を会場に誘う。会場で合流した耕作だったが、慣れないピアノの響きにいつの間にか眠りこけてしまう。眠りの中で耕作は、かつて中標津の牧場で民子（常盤貴子）と一緒に送った日々の夢を見る。