「影の世界」――それは絶えず世界を侵食し、すべてを黒い霧で覆いつくそうとする異次元空間。世界を救う方法はただ一つ、浸食が進む前に、「影の世界」を「攻略」すること。人類は幾度もその脅威を乗り越えてきたが、10年前に発生した最悪の災害「影の迷宮」はあまりにも強大で、世界は滅亡へと向かっていた。多くの命が奪われ、極限の絶望のなか、デジール・アルマンは生き残った5人の仲間たちとともに、最後のボスである破滅竜「ボロミア・ナポール」に挑戦するが――
「影の迷宮」最後のボス・ナポールとの戦いに敗れ、すべてが終わったと思った瞬間、デジールは、13年前の魔法学院「へブリオン学園」入学式に戻っていた！ 入学試験で、かつての仲間であるロマンティカ・エルやアゼスト・キングスクラウンに再会し、思わず声をかけてしまったデジール。しかし、彼女たちに過去の記憶は無かった。 二度とあんな絶望は繰り返さない、悲しい過去はこの手で変えてみせる――デジールは決意を固め、仲間と世界を救うため、行動を開始する。
アゼストをはじめ貴族の学生たちを制し、入学試験をグループ1位で突破したデジール。しかし、平民であるという理由だけで、下位のベータクラスに入ることに。貴族はアルファ、平民はベータと、身分だけでクラス分けされるのが、この世界の常識なのだ。 このままではこれから起きる「影の世界」に対抗できず、悲劇を繰り返してしまう！来るべき戦いに備え仲間を鍛えるために、より良い環境で教育を受けられるよう、デジールは貴族と平民の壁に立ち向かう。
新たに剣士のプラム・シュナイザーをスカウトし、ロマンティカと3人でパーティを組んだデジール。当面の目標として3人揃ってランキング戦を勝ち上がることを目指す。この戦いで上位9人に残れば、「シングルランカー」の称号を手にし、ベータからアルファへの昇級が叶うのだ。 荒れ放題だったベータ用トレーニングセンターを掃除し、環境を整える3人。かつての記憶を頼りに2人の真の実力を引き出そうと、デジールはさっそく特訓を開始するが――
帰還前の世界で細剣を使っていたプラムが、なぜ身の丈にそぐわない大剣を使っているのか？デジールがこの疑問を問うと、プラムは重い口を開いた。 顔も知らない父がプラムと母に唯一残してくれた細剣。プラムは、剣の道を進めばいつか父に辿り着くと信じて、幼いころから剣術に励んだ。しかしある時、父からもらった細剣に「剣としての価値はない」と鑑定されてしまう。自暴自棄になっていたプラムは、その細剣を骨董屋に売り払ってしまっていた。細剣で戦うプラムの強さを知るデジールは、彼を説得して一緒に骨董屋に向かうが――
ランキング戦予選を順調に突破した、デジール・ロマンティカ・プラム。ベータクラスの躍進は新聞に載るほど話題になった。 平民初のアルファ昇級が噂され、3人の活躍を快く思わないパグマン教授は怒り心頭。アルファの学生たちに、彼らを必ず脱落させるよう命じた。さらに、へブリオン学園で最も格式高いパーティ「ブルームーン」の魔剣士アゼスト・キングスクラウンは、入学試験で負けたデジールへの闘志を静かに燃やしていて――
いよいよ、ランキング戦本戦の幕が上がった！本戦の舞台は、学園が用意した影の世界――そこでは過去に起きた歴史的事件が再現されている。事件を解決すればクリアとなるが、デジールたちは、最大の目的「上位9人に残りシングルランカーになること」を達成するべく、他の学生に挑んでいく。 様々な思惑が入り乱れるなか、デジール・ロマンティカ・プラムはそれぞれの強みを活かしながら、アルファたちに戦いを挑み「シングルランカー」を目指す！
ランキング本戦の影の世界は、1時間ごとに悪魔を生み出す「プリビウス時計塔」の世界だった！生み出された悪魔の襲撃に耐える「生還クエスト」を突破し、いち早く時計塔にたどり着いた、デジール一行。一方、「ブルームーン」パーティのアゼスト、ドネータ・ハーデン、パーシヴァル・アセグニッツの3人も、それぞれの目的を胸に抱きながら、時計塔に辿り着いていた。 こうして、いよいよ学園の強者たちが入り乱れ、本格的に実力を競い合う戦いの火ぶたが切られる――
ついに対峙した、デジールとアゼスト、ロマンティカとドネータ、プラムとパーシヴァル。プリビウス時計塔ではシングルランカーの座をかけた死闘が繰り広げられていた。 デジールの「アルファのメンバーを同士討ちさせてデジールたちが上位9人に残る」という作戦はアゼストによって阻まれたが、彼にはさらなる戦略があった。激しい戦いにより互いに消耗していくなか、デジールはアゼストに笑顔で「楽しくないか？」と問いかける――
10時間後に、魔塔エウレリー支部に保管された貴重な魔法石「リゲネルの涙」が、それを狙う集団「アウター」に奪われてしまう――かつての経験から、その事実を知っていたデジールは、先手を打つために行動を開始する。 「エウレリー支部の護衛任務」の依頼を得た、デジールのパーティ。一方、「アウター」を率いるクライケンは、多数の部下と共にエウレリー支部を急襲する。支部の徹底された警護を怪しみながらも、着々と目的に迫っていくクライケン。果たして、デジールは「リゲネルの涙」を守りきることができるのか――
魔法石「リゲネルの涙」をめぐる戦いは、デジールとクライケンの一騎打ちに突入しいよいよ終盤を迎えようとしていた。圧倒的な力を見せつけるクライケンに臆することなく、冷静に戦況を見極めつつ対抗するデジール。「逆算」の魔法だけでなく、「リゲネルの涙」の膨大な魔力まで駆使して戦うが、クライケンは更なる力を開放する！デジールは「リゲネルの涙」を守りきれるのか？そして、その先にある真の目的とは――
