大学構内の地中から白骨死体が発見された。死後50年近くたっている時効事件のため、右京（水谷豊）と亘（反町隆史）が捜査を押しつけられる。DNA鑑定の結果、白骨は1970年代に学生運動をしていた岡田という過激派の幹部であると判明。当時の仲間によると、岡田はカリスマ指導者で、人心を操る天才だったという。そんな中、梶原（ベンガル）という物流大手社長の遺体が発見される。運転手によると、梶原は最近なぜか、情緒不安定になっていたというが…!? いっぽう右京と亘は、岡田と親交が深かった藤島（下條アトム）という男性を訪問するが、何も知らないと語る。ところが、そこに捜査一課が現れ、藤島に任意同行を求める。梶原の携帯に、事件当日、藤島を呼び出すメールが残っていたという。ふたつの事件に関連があると知った右京と亘は、藤島の連行にショックを受ける美鈴（白川和子）という女性を見掛け、話を聞くが…!? 半世紀前の事件と現代の殺人に共通点が ふたつの事件にかかわる男性の正体は？ 特命係が時を超えた“亡霊”の正体に迫る！