“バンパイア”のテスト飛行中、謎の触手から攻撃を受けた藍華。彼女はどうにか機体を立て直すが、敵の正体は不明であった。そんな中、藍華はエリから呼び出され、久々に彼女やカレンとの再会を果たす。だが、それは藍華に依頼をするためであった。カレンの通っている聖エアロ学園に潜入し、ここで起きている連続失踪事件を調べることとなった藍華。そして、エリが怪しいと睨んだ時計塔は、例の触手が潜んでいた場所でもあった。
ホワイトナイツとの戦闘で負傷した藍華。病室で目覚めた彼女を待っていたのは、軍からの正式な「調査依頼」だった。藍華は再びバンパイアに搭乗。聖エアロ学園を上空から調査し、地下に謎の構造物があることを突き止める。そのころカレンも敵の拠点と思われる時計塔に潜入するが、そこはすでに空き家となっていた。地下への入口を探すため、再び学園内に突入する藍華。そこで彼女が見たものは、触手に襲われる女子生徒たちの姿だった!!
E.T.A.I.の触手に貫かれる藍華!! その時、藍華の体内に宿る「何か」が覚醒し、彼女は常人を超えた身体能力で凛たちを圧倒し始める。一方、軍は宇宙船への攻撃を決定する。やがて藍華はカレンたちと合流。捕らえられた少女たちを救出すると、宇宙船の迎撃に向かうのだった。だが、藍華の前にE.T.A.I.と美由が立ち塞がった。はたして、戦いの果てに両者を待ち受ける運命とは？