「次、俺たちが作るゲームは…秋葉原で失踪した六人の少女を主役にしたものです」 幕張で1年に1度開催されるゲームショー。かつて「天才クリエイター」と呼ばれたシロサワゲームズの新城大輝（北山宏光）は新作ゲームの発表イベントに登壇していた。 共同創業者で親友の高澤（淵上泰史）に全くの予告なく、新城は13年前に秋葉原で起きた少女連続失踪事件、通称”アキバの神隠し“を題材にした実写ゲーム「AKIBA LOST」を開発すると宣言するのだった—— 新城はゲームの登場人物として、秋葉原のメイドカフェで働く妹の葵（松村沙友理）に出演を依頼する。 「ふざけないで！瑠璃の事件はゲームのネタなの！？」 猛反発する葵。それもそのはず、新城と葵には瑠璃（小松優里亜）という末っ子の妹がおり、瑠璃は13年前に起きた“アキバの神隠し”の被害者だったのだ——！ 親友の高澤にも打ち明けず、妹の葵にも反対され、新城はなぜ13年前の事件を題材にゲーム開発をすることを選択したのか…それには、彼が抱えるある秘密があり—— 開発を宣言した実写ゲーム「AKIBA LOST」がきっかけとなり、次から次へと事件に巻き込まれていく新城。 彼の選択の先に待つのは希望か絶望か—— 人生の選択の意味を問う、クライムサスペンスが幕を開ける！
「今すぐ、ゲームの開発を中止しろ。さもなくば、悲劇は繰り返される」 13年前の少女連続失踪事件、通称“アキバの神隠し”をモチーフにした実写ゲーム「AKIBA LOST」の出演者6名が揃い、制作に進み出したシロサワゲームズの新城（北山宏光）と高澤（淵上泰史）。 しかし、本読みに来るはずだった妹の葵（松村沙友理）がどこかに姿を消し、謎のAI音声電話からゲームの中止と脅迫をされた新城だった。そして葵の失踪は、まだ世に出ていないはずのゲームシナリオ「メイドの神隠し」の手口と完全に一致していた… 一連のゲーム制作妨害は誰の仕業なのか。新城と高澤に疑心暗鬼が広がる中、今度は出演者の一人であるゲーム配信者・倉橋佑季美（田辺桃子）が、生配信中に襲われるという事件が発生してしまう。これもまた、ゲーム内のシナリオを模倣した犯行で、新城たちは犯人がゲームシナリオを知る人物であると確信する。 2件の騒ぎが起きた夜、元妻の悠木真央（西原亜希）と娘・芹那（清水七喜咲）から着信があり、明日は芹那の誕生日でそのお祝いを一緒にできないかと依頼される新城。自身の余命が頭をよぎり、約束をしてしまう新城だった。 翌日、手分けして出演者たちを調べることにした新城と高澤。そこで、3年前から秋葉原でグルメライターとして活動するという黒須萌（宇垣美里）の発言を怪しむ新城。 彼女は単なるグルメライターなのか、それとも敵なのか。 愛娘の誕生日会の時間が迫る中、新城は危険な賭けに出る。
「あなたは、パンドラの箱を開けたのかもしれない」 黒須萌（宇垣美里）の正体がジャーナリストだと判明し、新城葵（松村沙友理）の失踪と13年前の”アキバの神隠し“が繋がっているという見立てを新城（北山宏光）に伝える。そして、今回の事件の背後には海外を中心に活動している「人身売買組織」が関与している可能性があるというのだったー 佑季美（田辺桃子）、高澤（淵上泰史）と合流した萌と新城。高澤は、危険な組織が関わっているのであれば警察に相談し、ゲーム開発をストップするよう提案。だが新城は「葵と約束したんだ。瑠璃のためにゲームを作る」と開発続行を譲らず、二人は決裂してしまう。 ゲームシナリオを漏らした人間が一連の事件の犯人につながっているー。新城は萌と佑季美に協力を仰ぎ、残りの参加者である地下アイドルの長門ここね（小栗有以）、巫女の神保千尋（大原梓）、コスプレイヤーの遊佐若菜（MINA）の身辺を手分けして洗い始めることに。 手がかりが掴めない佑季美と新城は、本当に犯人が出演者の中にいるとは思えないと疑心暗鬼になる。二人の話は転がり、シロサワゲームズの門を佑季美が叩いた過去、新城と高澤のデビューゲームで大ヒット作品、「ホワイトクラッシュ」の開発秘話を振り返る新城。 佑季美は「高澤さんとこのままで良いんですか？」と新城に投げかけるのだった… 思案した新城は、一つの選択をする。そして、高澤に一通のボイスメッセージを送る新城。 彼が下した決断とは…そしてその選択の先に待つものとは一体…！？ 事態は思いもよらない方向へと転がり落ちていく…
「今は、アキバの神隠しのことまで考えられない…」 ゲーム開発を完全に中止して、葵（松村沙友理）の捜索を警察に依頼する事を選択した新城（北山宏光）。仲違いをしていた高澤（淵上泰史）にその意向を告げた矢先、待っていたのは悲惨すぎる現実だった。新城の唯一無二の親友高澤が歩道橋から転落をして死亡してしまったのだったーー 打ちひしがれる新城に、警察は葵の失踪と高澤の死が関わっている可能性を示唆する。葵まで失ってしまったらー犯人の魔の手を恐れ、またも葵の捜索について警察に頼ることを拒絶してしまう新城。
「この事件には、ラスボスがいるーー！」 葵（松村沙友理）が生還し、意識を取り戻し話を聞く新城（北山宏光）。 話は本読みの日に遡り、高澤（淵上泰史）から連絡があり話をしたら、睡魔に襲われ気づくと監禁をされていたという。ただ高澤は何者かに殺されてしまった。 新城は、高澤は自分の意思ではなく葵を監禁した、事件の裏には糸を引く“ラスボス”がいると睨む…！ 新城、萌（宇垣美里）、佑季美（田辺桃子）は改めて事件を整理。 真犯人は高澤と協力して葵を監禁したが、途中2人の間に何かがあり高澤は殺害された。 新城は、“アキバの神隠し“の被害者”神木春”が真犯人であるという可能性を示唆する。そして神木春と同年齢で21歳がここね（小栗有以）、千尋（大原梓）、若菜（MINA）の3人であり、再びこの3人への疑いを強める。このとき萌は若菜の履歴書からある可能性に気づくのだったー
「お前の娘はここにいる」 娘の芹那（清水七喜咲）を誘拐した犯人から着信があり、AI音声で「明日午前10時に、一人で来い」と告げられた新城（北山宏光）。電話の相手は、おそらく神木春だと確信する。 翌朝、葵（松村沙友理）は新城を見つけて話をする。全てを悟った新城は、芹那を救い出すため一人で決着を付けてくると宣言するのだった。 犯人から呼び出された廃墟に訪れる新城。 そこで姿を現したのはなんと、シロサワゲームズで一緒に働き、信頼を寄せていた倉橋佑季美（田辺桃子）だった…！！佑季美こそが、13年前の連続少女失踪事件・通称“アキバの神隠し”被害者の生き残り「神木春」だったのだ。 一方、萌（宇垣美里）、千尋（大原梓）、若菜（MINA）も萌を中心に今までの事の経緯やそれぞれの境遇を振り返り、神木春がもしかしたら佑季美なのかもしれないという事実に辿り着いていた。そこに葵とここね（小栗有以）も合流する。葵は、新城の行き先をある方法で掴んでいた…！新城と佑季美を助けたいと、急いでその場に向かう5人だった… 佑季美は新城に語る。自身は強いショックからくる記憶障害で、“神木春”としての記憶を失っていたと。そして、新城の「AKIBA LOST」発表の際、あることをきっかけに思い出すことになってしまった…。そこで、今回の一連の事件を起こすことを決意したのだった。 そして、佑季美の口からついに語られる、“アキバの神隠し”衝撃の真相――！ 全ての点と点が繋がり、事件の全貌が明らかになったとき 新城の目の前にはあまりにも残酷な最後の選択肢が浮かび上がる…！！ 果たして新城は、どんな選択を下すのか… そして娘の芹那を救うことができるのか… ドラマ「AKIBA LOST」いよいよ完結…！！
