Op een mooie lentedag wordt Johan Eend (Herman van Veen) door de mol Henk (Frits Lambrechts) voorgesteld aan de eend Anna van de Polder (Marloes Fluitsma). De twee worden smoorverliefd en al snel legt Anna acht eieren. Het eerste eendje dat uit een ie komt wordt vernoemd naar de overgrootvader van Henk, Alfred Jodocus…. Als gevolg van de bouw van een pretpark moet de hele familie Kwak met hun klomp verhuizen naar Polderdorp in Grootwaterland.
Wanneer de ouders, de broertjes en de zusjes van Alfred Jodocus Kwak door een auto worden doodgereden, ontfermt Henk zich over het kleine eendje. Henk nodigt alle buren uit voor Alfred’s eerste verjaardag en organiseert een busreis naar het Koninklijke Paleis. Als de robijn van de koning vermist wordt, wordt Alfred verdacht van diefstal.
Alfred moet door zijn misdaad voor het gerechtshof verschijnen. Henk en zijn vrienden weten dat Pikkie de Ekster de robijn heeft gestolen, maar kunnen de koning niet overtuigen van Alfred’s onschuld. Hoe moet dan nu?
Alfred’s klasgenootje Dolf (Johnny Kraaykamp Jr.) is een kwaadaardige kraai. Dolf doet niet anders dan Alfred (Ryan van den Akker) met het feit dat zijn vader een mol is en geen eend. Hij doet altijd erg hatelijk, terwijl Alfred juist heel aardig tegen Dolf doet en vriendschap met hem probeert te sluiten.
Op een sneeuwachtige dag valt Dol voor Alfred’s ogen in een oude waterput. Als Alfred Dolf probeert te helpen, valt hij zelf ook in de put. Zelfs in de put blijft Dolf hatelijke grapjes maken naar Alfred. Ondertussen heeft de gemene kater Krabnagel het op beide voorzien. Omdat Alfred te laat uit school is, maakt Henk (Frits Lambrechts) zich ongerust en gaat hem zoeken.
Tijdens de zomervakantie doen Alfred en zijn vrienden mee aan de allereerste triatlon in Polderstad. Omdat Dolf zijn vleugel heeft gebroken kan hij niet meedoen. Maar Dolf wil niet dat Alfred gaat winnen en dus besluit hij zijn vriend Hannes een handje te helpen. Ze zijn niet de enige die koste wat het kost willen winnen.
Alfred en zijn vrienden krijgen een oproep om zich aan te melden bij de “Zeeverkenners” op het zeilschip “Zeewolf”. Dit schip staat onder leiding van kolonel Rang-Pang en kapitein Stoppel. Rang-Pang wil de jaarlijkse zeilrace winnen. Na vele zware trainingen krijgen Alfred en zijn vriendjes de kans om mee te doen aan deze zeilrace. Hun grootste rivaal is Groot Musland, waarvan een spion tussen de “Zeeverkenners” is. Door een vreemd toeval denkt Rang-Pang dat Alfred de spion is.
De vrienden van Alfred bevrijden hem uit zijn situatie. Nu moeten ze nog bewijzen dat Alfred niet de spion is.
Omdat Alfred zo groot is geworden hebben Henk en hij een nieuw huis gebouwd. Op het feestje ter ere van de nieuw woning krijgt Alfred van Ollie de Ooievaar een antieke fles cadeau. Wat Alfred en Ollie niet weten is in de fles een groot gevaar schuilt.
De koning stuurt twee bedienden uit om de antieke magische fles op te sporen. Om middernacht gaat de kurk eraf en Alfred weet van niets. De bedienden zijn te laat om Afred te waarschuwen voor de kwade geest…
Het circus is in het dorp en Alfred wil zich bij hen aansluiten. Hij denkt dat hij talent heeft.
Alfred gaat met Henk een potje schaken. Terwijl Henk hard nadenkt over zijn volgende zet, gaat Alfred op avontuur met de witte koningin.
De kroon van de witte koningin wordt gestolen door Dolf. Nu moet Alfred zorgen dat ze hem weer terug krijgt, anders raakt ze haar krachten kwijt.
De burgemeester heeft een nieuw vissersschip laten bouwen en deze wordt in de vaart genomen. Door het nieuwe schip zullen de haringen snel uitsterven en om dat te voorkomen gaat Alfred op zoek naar hulp.
Een zaagvis helpt Alfred met het saboteren van het nieuwe vissersschip.
Er wordt een nog beter vissersschip gebouwd door de burgemeester. Alfred probeert de haringen weer te helpen maar wordt door de grensbewaking tegen gehouden.
Op weg naar de zuidpool komen Alfred en Henk op een onbewoond eiland met een bijzondere vrucht. Ze ontmoeten er nieuwe vrienden die erg dol zijn op deze vrucht.
Op weg naar de zuidpool komen Alfred en Henk een wilde inktvis tegen en een ster die ze de weg wijst.
Op de zuidpool is Professor Paljas aan het proberen om met de walvissen te communiceren. Alfred en Henk raken in gevecht met een walvisvaarder, maar de uitvinding van de professor blijkt van nut.
Alfred woont in Groot-Waterland en kan niet begrijpen dat de dieren in Zonderwaterland helemaal geen water hebben. Groot-Waterland heeft genoeg, dus Alfred wil het land graag aan water helpen. Hij gaat eendenkroos verkopen om zo geld in te zamelen om een kanaal te kunnen graven naar Zonderwaterland.
Als de schatkist van Groot-Waterland leeg is, komt de koning geld leven bij Alfred. Alfred heeft al een aardig bedrag bij elkaar gespaard om de dieren in Zonderwaterland te helpen. De koning belooft het geld snel terug te geven, maar doet dat dus helemaal niet. En dus brengt Alfred de koning een bezoekje....
Dolf keert terug uit het buitenland en begint een revolutionaire partij. De meesten onderschatten hem, maar langzaamaan begint de Kraaienpartij gevaarlijke tegenstanders op te sluiten.
Alfred, Ollie, Rangpang en jonkheer Poen zijn door Dolf opgesloten. Met hulp van Henk en Igor besluiten ze te vluchten naar Breed Rietland, nu het in Groot Waterland niet meer veilig is.
De koning is afgezet en gevlucht naar Breed Rietland. Alleen de vernietiging van Dolfs kapitaal zou zijn regime kunnen breken. Alfred en Rangpang keren in het geheim terug om dit te bewerkstelligen.
Met behulp van de families van Snuif de muis en Igor de mus slagen Alfred en Rangpang erin om Dolfs geld te stelen, vlak voordat hij een genocide tegen muizen en ratten beginnen kan, of een oorlog tegen de buurlanden.
Alfred en Professor Paljas maken een reis naar het Homoloyogebergte in de hoop om daar de verschrikkelijke sneeuwman te ontdekken. Het leefgebied van de sneeuwman wordt bedreigd omdat zakenlui, onder leiding van Rokodil, een skioord willen bouwen in het gebergte.
Alfred ontmoet de zwarte eendenfamilie Wana, die vluchtelingen zijn uit het Thuisland, waar de witte ganzen een segregationistisch beleid voeren. Lispel de kwal ontdekt echter dat Alfred illegale immigranten in huis verbergt.
Lispel verklikt de familie Wana bij Wannes, een oude vriend van Dolf. Deze gaat naar de politie. Alfred kan alleen voorkomen dat de familie Wana wordt teruggestuurd door zijn oude vriend de koning om hulp te vragen.
Alfred gaat met Kwa Wana terug naar Thuisland, maar Wannes volgt hen.
Alfred is met Winnie en Tom op vakantie op het eiland Aroba, dat elk jaar een stukje verplaatst. Alfred oppert aan ene Professor Tsjang het idee dat het eiland misschien op de rug van een enorme schildpad ligt. Maar dan wordt het eiland bedreigd door een tornado.
Alfred en Henk gaan naar een booreiland van de betonmaatschappij, waar om onbekende redenen de boor steeds kapot gaat. Pikkie, die op het eiland over de diamanten voor de boren gaat, wil mee op onderzoek als de diamant bij het boren verdwijnt. Het drietal gaat met een onderzeeër de diepte in.
Na het zinken van hun onderzeeër komen Alfred, Henk en Pikkie bij in Atlantis. Om hun rijk te beschermen saboteerden de dodo's van Atlantis de boor steeds.
Alfred heeft een droom waarin hij de held in een cowboyfilm is. Hij arresteert bandieten en rekent af met oude vijanden. Maar dan komt Dolf eraan om de stad over te nemen.
Professor Ramses, Winnies werkgever, is ernstig ziek. Het medicijn schijnt alleen te vinden te zijn in de piramide van Toet Kat Kammon, dus gaan Alfred en Paljas op onderzoek in de piramide.
Na ontsnapt te zijn aan alle vallen in de piramide gaan Alfred en Paljas langs bij een waarzegger die hen de oplossing brengt.
Winnie is hoteldebotel van de populaire popster Michael Duckson, tot Alfreds jaloezie. Als ze naar het concert gaan probeert Duckson Winnie zelfs te versieren.
Alfred, Henk en een geleerde gaan op reis naar Salam, wat om onbeduidende redenen al jaren in oorlog is met buurland Yil. Dolf heeft echter wapens aan boord van het schip gesmokkeld, zodat Alfred en zijn vrienden onderschept worden en in Yil worden opgepakt.
Alfred en zijn vrienden ontsnappen, samen met de prins van Salam, die verliefd is op de prinses van Yil en haar heeft laten ontvoeren. De liefde is wederzijds en de koning van Salam ziet hier weinig kwaad in, maar de koning van Yil is lang niet zo toegeeflijk.
Winnie zal op de kinderen van Ollie passen, maar heeft het te druk en dus gaat Alfred alvast naar Ollie’s huis. Alfred weet de drukke kinderen bezig te houden met het verhaal van Hans en Grietje. Daardoor valt Alfred zelf ook in slaap en droomt van een angstaanjagende heks.
De koning van het Land van de Piramides wil een stuwdam laten bouwen. Hierdoor dreigen de piramides van Professor Ramses' volk onder water te komen. Professor Paljas biedt aan om plannen te maken voor zonne-energie, maar Rokodil en Hannibal, die de stuwdam zouden maken, zijn hier niet blij mee en huren Dolf om Paljas' tekeningen te stelen.
Op het eiland Sinatra braakt een vulkaan vele vlammen uit, maar geen lava of rook. Ook van hitte is geen sprake. Alfred, Paljas en kapitein Stoppel gaan op reis naar het eiland om de zaak te bestuderen.
In de vulkaan blijkt een buitenaardse draak gevangen te zitten. De regering van Sinatra helpt om de draak te bevrijden, maar Dolf koopt de draak voor een pretpark van Rokodil. De draak voelt zich verraden, maar Alfred en Paljas laten het er niet bij zitten.
De koning heeft diep in zijn hart nog steeds een hekel aan politiek en wil een ceremoniële functie. Hij laat presidentsverkiezingen organiseren. Ollie schrijft zich in, maar Dolf ook.
Om stemmen te winnen laat Dolf dijken saboteren, waarna hij veel geld en steun biedt aan de getroffen gebieden. Lispel is echter getuige en wil Dolf chanteren. Wannes krijgt last van zijn geweten.
Het Land van Twee is verdeeld in het rijke noorden en het arme zuiden. Het zuiden wordt geteisterd door een geheimzinnige ziekte, de Mozons, die snelle veroudering veroorzaakt. Een waarzegger vertelt Alfred dat hij gedroomd heeft van een clown op de maan, die hulp kan bieden.
De clown op de maan vertelt dat de Mozons uit de ruimte komen, maar dat men hen kan vernietigen met zijn toverviool. Om de Mozons voorgoed weg te krijgen moet de rijkdom van het Land van Twee echter eerlijker verdeeld worden.
Als Alfred de Mozons vernietigd heeft houdt de koning van het Land van Twee zich niet aan de afspraak en laat hij Alfred opsluiten. Alfred dwingt de koning eerlijk te zijn door alle kinderen te laten verdwijnen.
Professor Paljas heeft een duikboot ontworpen, maar wordt het met zijn zakenpartner, een fanatieke golfer, niet eens over de naam. Ze besluiten het geschil te beslissen met een partijtje golf, maar Paljas is geblesseerd, zodat Alfred moet invallen.
Paljas krijgt bericht van een ontdekkingsreiziger, omdat hij het einde van de regenboog ontdekt zou hebben. Pikkie wil ook mee op reis, gefascineerd door het idee van een pot met goud. De jungle blijkt echter een gevaarlijke plaats.
Omdat koningin Nora beseft dat Alfred en zijn vrienden geen kwaad in de zin hebben mogen zij de pot met goud aanschouwen. Pikkie kan zich niet beheersen en steelt de pot. Onderweg naar huis wordt Pikkie op zijn beurt bestolen door Dolf, die naar Murena vlucht.
Professor Paljas maakt zich zorgen over de zure regen en wil daarom een milieuvriendelijke brandstof ontwikkelen. Rokodil en Hannibal zien hun belangen in de oliemaatschappij in gevaar en huren Dolf om de tekeningen te stelen.
