時は慶長十九年・春。 桜舞う駿府城にて、甲賀忍者・風待将監と伊賀忍者・夜叉丸による凄まじい御前試合が繰り広げられていた。その頃、齢七十三歳の徳川家康は悩んでいた。徳川家三代目の跡継ぎとするのは暗愚の兄・竹千代か、聡明な弟・国千代か？混乱を極める世継ぎ問題に決着をつけるべく、甲賀卍谷衆頭領・甲賀弾正と、伊賀鍔隠れ衆頭領・お幻にそれぞれの精鋭十人対十人の忍法殺戮合戦の結果、どちらか生き残ったほうにそれを賭けるという厳命が下された！！ そして、非情な忍法闘争の幕が開けるのだった・・・
駿府城にて「不戦の約定」が解かれ、弾正とお幻が相打ちとなったその頃、甲賀と伊賀の国境にある土岐峠にて落ち合う二人の若き男女がいた。弾正の孫・甲賀弦之介と、お幻の孫・朧。かつてそれぞれの祖父と祖母がそうであったように、愛し合い、祝言を間近に控えていた二人は、「長き宿怨を断ち切り、両家に和睦を。」と誓い合う。しかし家康からの忍法闘争の命が記された人別帖が、伊賀組十人衆・雨夜陣五郎、蓑念鬼、小豆蝋斉、蛍火、朱絹たちの手に渡り、開戦が知られるところとなる・・・
伊賀鍔隠れの里に向かう弦之介一行。幸福な未来を夢見て、ささいな喜びに幸せをかみしめる朧。だがその裏では、伊賀十人衆が彼らを率いる薬師寺天膳の指揮のもと、いち早く甲賀殲滅のために動き出していた。そして星占いによって異変を予知し、いまだ戻らない弾正と将監の行方を案じて駿府へと急ぎの駕籠を飛ばしていた甲賀組十人衆のひとり、地虫十兵衛と、巻物を携え駿府から戻る風待将監を相手に、凄惨な忍法闘争が始まるのであった。
甲賀の地虫十兵衛と風待将監が伊賀の天膳たちによって討たれ、甲賀組に渡るはずの巻物は燃やされた。その晩、伊賀・お幻屋敷では、弦之介達を迎えての宴が催されていた。だが、朧以外に彼らを歓迎する者などいるはずもなく、殺意渦巻く周囲の空気に気づき、警戒しながらも、無邪気にはしゃぐ朧に心和む弦之介。その場を和ませるため、二人で祝言の日のためにと密かに練習していた『和睦の舞』を披露する。そして夜更け、その秘術を使って雨夜陣五郎は弦之介を、朱絹は丈助を討つべく動き出すが・・・
伊賀屋敷にて、供の丈助の姿が突然見えなくなったことを不審に思いながらも、朧を不安にさせまいと明るく振舞う弦之介。甲賀卍谷では頭領不在の留守を預かる十人衆の室賀豹馬、如月左衛門、霞刑部、陽炎たちが戻らない仲間たちの身を案じ集まっていた。中でも弦之介を密かに想う陽炎は、朧への嫉妬に身を焦がす。そこへ天膳率いる伊賀十人衆たちが卍谷に奇襲をかけようと迫っていた。だがそれに気づいた豹馬の指揮のもと、甲賀忍者達がそれを迎えうつが、圧倒的な伊賀十人衆たちの力の前に、多くの者達が犠牲となる。
兄・左衛門に命じられ伊賀へ偵察に向かっていた甲賀十人衆のひとり、お胡夷。だが卍谷襲撃から戻る天膳たちと出くわし、奮闘するも囚われの身となってしまう。伊賀の突然の襲撃に困惑する甲賀十人衆の面々。真実と弦之介の無事を確かめるべく左衛門、刑部の二人が様子を伺いに伊賀へ向かうことになり、その途中、弾正に奪われた巻物を探していて遅れをとった夜叉丸と遭遇する。天膳の声色を使って罠にかけようとする左衛門だが、夜叉丸から「不戦の約定」が解かれたという驚くべき事実を聞き・・・そしてその頃、伊賀鍔隠れの里では、いまだ戻らない愛しい夜叉丸を思い胸騒ぎに震える蛍火の姿があった。
伊賀屋敷の塩倉では、蝋斉が囚われた甲賀十人衆のひとり、お胡夷に人別帖に名のある他の甲賀忍者たちの秘密を聞き出すべく、尋問を始めていた。蝋斉の恐ろしい尋問に恐怖するお胡夷・・・だが、彼女の吸血能力により、逆に蝋斉は倒される。そこへ今度は陣五郎がやって来て、お胡夷の豊満な肉体の罠に欲情、のしかかるもまたもその吸血能力に捕らえられる。その頃夜叉丸に変化した左衛門は伊賀屋敷へ潜り込み、婚約者の蛍火でさえも欺くことに成功。弦之介の無事とお胡夷の居所を聞き出し、お胡夷救出に塩倉へ向かうが・・・
ついに天膳から「不戦の約定」が解かれたことを告げられ、驚愕の朧。その頃塩倉では、囚われのお胡夷が吸血能力で陣五郎を倒そうとしていたが、塩に溶ろけた陣五郎に逃げられてしまう。その能力に驚きつつも、脱出を試みるお胡夷。しかしそこに今度は念鬼が現れる。今度は罠をかける間もなかったお胡夷は、やむなく手近にあった小刀で念鬼に斬りつけるが、かなわず羽交い絞めにされる。それでも吸血能力でなんとかたちむかおうとするが。そして妹の身を案じ、塩倉へと急ぐ左衛門が駆けつけたとき・・・
左衛門、刑部により「不戦の約定」が解かれていたこと、祖父・弾正、十兵衛、将監、丈助、お胡夷の仲間たちが次々と討たれていたことを知るところとなった弦之介。そんな弦之介たちを帰すまいと、殺気立ち彼らを取り囲む伊賀忍者たち。だが底知れぬ弦之介の迫力に警戒する天膳は攻撃の指示をためらう。そこへ朧も駆けつけ、闘いをやめるよう嘆願するも、しびれを切らした念鬼の命によって下忍たちが突撃する。ついに発動する弦之介の恐るべき必殺術・・・！
弦之介は伊賀を去り、悲しみにくれる朧。天膳たちはお幻亡きいま我らを率いて闘うは朧の役目と恫喝し、迷った朧はかつてお幻に渡された「闇七夜の秘薬」で両目を塞いでしまう。そして駿府城。徳川家康、柳生宗矩、服部半蔵を前に、これまでの闘いを追い続けていた半蔵の息子・響八郎がその過程を報告する。
朧は自らその破幻の瞳を塞いでしまった。小四郎も命はとりとめたものの目をつぶされ、これからの闘いを懸念する天膳たちのもとへ、甲賀へ戻った弦之介から、奪われた人別帖が届けられる。弦之介からの「果たし状」とともに。それは「自分は戦いを好まない。大御所と服部半蔵のいる駿府へ赴いて、この度の開戦の真の理由を問いただしたい。人別帖に名のある甲賀組の残りの者は全て同行させる。追撃したくばそれもよし、いつでも攻めてこい。」という内容のものだった。それを追って、盲目となった朧を引き連れて伊賀十人衆一同も旅に出る。そして東海道関宿にて、ついに秘めてきた弦之介への熱い想いを爆発させる陽炎・・・
陽炎の毒を浴び、動揺した隙をつかれて蛍火、念鬼の奇襲を受けた弦之介。「闇七夜の秘薬」により、朧と同じく両目を塞がれてしまう。しかしながら同じ瞳術の使い手でありその師匠でもある豹馬によって、念鬼を返り討ちにする。逃げた蛍火を追う左衛門だが、蛍火の虫たちを使った術に攪乱され、見失う。しかし蛍火も、左衛門が放った苦無により負傷し、痛む足をひきずりながら仲間のもとへ向かっていた。そしてその頃、弦之介の術によって目をつぶされた小四郎は、そのときの恐怖に囚われ、闇の中でおびえるのだった。
大雨により橋が流れてしまった渓流を前に、傷ついた足で立ち往生せざるを得ない蛍火。そこへやってきた念鬼が、なんと弦之介、豹馬、陽炎の３人を討ちとったと語る。しかし夜叉丸の仇である左衛門はとり逃した、という言葉に蛍火は激昂し、念鬼を激しく責めたてる。――――が、念鬼の正体は、その左衛門自身だった！不意をつかれた上に負傷した体ながら、必死に戦う蛍火であったが・・・。天膳率いる伊賀の面々は、甲賀組が陸路をとったと想定し、その先回りをしようと海路をとって船に乗り込んだ。塩に溶ける体質の陣五郎は、海に落ちたらという恐怖でおびえる。
蛍火が非業な最後を迎え、甲賀、伊賀ともに残りは５人ずつとなった。天膳はいまだに闘う意志を見せない朧の決意を固めさせるべく、説得をするためにと朧を胴の間へ呼び出し、朱絹、陣五郎を遠ざけ、小四郎のみを見張りに、二人きりになる。そして身も心も我がものにするべく無理やりに手篭めにしようとする。朧の悲鳴に引き裂かれる思いで苦悩する小四郎。だが突然、天膳は何者かに背後から首を締め上げられ、絶命する。それは弦之介一行から離れ、一人別行動に出ていた刑部だった。異変に気づいた陣五郎、朱絹も駆けつけたが、そこには天膳の死体と、呆然とする朧と小四郎の姿のみ。刑部の仕業だと確信しながらも、海に対する恐怖とともに興奮した陣五郎は冷静さを失い、隙をつかれて刑部に捕らえられ、海に投げ込まれる。それを助けに朱絹は海に飛び込もうとするが、その背後にも刑部が迫り・・・
殺したはずの天膳が現れ、驚愕の刑部。船上の闘いが始まり、それは乗り合わせた無関係の者たちまで巻き込んでしまう。天膳の馬鹿にしたような挑発にのり、さらに冷静さを失う刑部。伊賀と甲賀、お互いをなじり合う中、刑部の脳裏に浮かぶのは、幼い頃に味わった、地獄の苦しみの記憶であった。しかし「そんなものは本当の地獄ではない」とせせら笑う天膳。猛り狂う刑部だったが、自分が切り殺してしまった旅芸人の息子の姿に、自分の過去の姿を重ねて動揺し、そのわずかな隙をついた朱絹の攻撃を受けてしまう。
刑部は天膳に討たれた。陣五郎、刑部の名が消され、残るは四対四。駿府を目指し命を削る非情の旅は続く。そして時は半年前に遡る。平和だった日々を穏やかに過ごす甲賀卍谷の面々。そして朧との見合いのため、弦之介と弾正が伊賀鍔隠れの里へやって来る。
東海道は池鯉鮒の東、駒場近傍の原野をゆく弦之介一行。なぜか目の開いている弦之介と、陽炎、そして頭巾を被った男が二人。その頭上を巻物を抱えた朧の鷹が飛び去り、弦之介と陽炎はそれを追う。残る頭巾の男達の前に、待ち伏せた天膳が立ちはだかるが・・・一方、鷹を操り、追ってきた陽炎達から逃れた小四郎は、天膳と合流すべく彼を探していたが、その胸中は、船上で朧を手篭めにしようとした天膳に対し、不信・疑念にさいなまれていた。
弦之介達の前に立ち塞がる小四郎。弦之介の中にまだ迷いが捨て切れていないことを察していた豹馬は、陽炎に弦之介を連れて逃げるよう命じる。対峙する二人の盲目の忍者。瞳術を仕掛ける豹馬であったが、盲目の小四郎には無効であった。その隙をつかれ、小四郎の「吸息旋風かまいたち」が豹馬を襲う。その瞬間、豹馬の頭をよぎるのは、まだ幼い弦之介と出会った頃の記憶であった。
小四郎の術によって倒された豹馬であったが、立ち往生をしたことからそれがわからず、消えた敵の気配を探して混乱する小四郎。そこへ小四郎を呼ぶ朱絹の声が。聞けば朧は左衛門の手にかかりなぶり殺しにされ、自分はそのことを天膳と小四郎に告げるべく逃げおおせてきたという。怒りと哀しみに震え嘆く小四郎に、朱絹の声は「一緒に死のう」と囁く。そして柔らかな女の感触が小四郎を包むのであった。その頃、豹馬の瞳術により自らを斬って死んだ天膳の遺体に異変が起きていた。
左衛門と陽炎の手により討たれた小四郎の遺体を見つけ、嘆き悲しむ朧、朱絹。天膳の行方もわからず、途方にくれていたところへ、偶然にも、争忍の決着を焦り抜け参りしてきた阿福一行と出会う。朧、朱絹が竹千代方の命運をかけて選び出された伊賀忍者と知り、なんとしても死なせてなるものかと思った阿福は、自分たちと同行せよと命じる。迷いながらも、それぞれに考えることあり合流することに決めた朧と朱絹。その様子をひそかにうかがい知った左衛門と陽炎は示しを合わせ、まず左衛門が天膳に化けてその一行に合流し、朱絹をおびき出して討ち取り、また朧のもとへ戻り、天膳に手篭めにされ寝返ったという陽炎が後からそこへやって来て朧を討つ、という筋書きで潜入を図ることにした。そしてその筋書きどおりに、朱絹をおびき出すことに成功した左衛門だが・・・
計画どおりに朱絹をおびき出し、討ち取った左衛門。しかしそこへ阿福の家来衆がやって来て、左衛門を取り囲む。その中には、復活した不死の忍者、天膳も潜んでおり、罠にかけられた左衛門は家来衆に刺され、絶命する。そうとは知らない陽炎は天膳達の待つ旅籠へやって来る。その美しさに魅了される男たち。そして欲望をかきたてられた天膳は、家来衆の疑いをはらうためにと陽炎を犯そうとする。自分の能力を知る左衛門であるならば、こんなことはするはずがない、この男は本物の天膳だということに気づいた陽炎は、自分を強引に組み伏せるこの男を必ず討つべしと決意する・・・。
操を奪われてまで討ち倒したはずの天膳が生き返り、阿福の家来衆により受けた負傷により身動きとれずに捕らえられた陽炎。陽炎を捕らえたということと、挑発する内容の立て札を使い弦之介をおびき出そうとする天膳。そして荒寺にて、半裸の陽炎を柱にくくりつけ、“伊賀責め”なる非情な拷問を続ける。陽炎の壮絶な悲鳴に耐えかね、「もうやめておくれ」と嘆願する朧だが、それを聞き入れるどころか、またも陽炎に見せ付けるべく、朧を手篭めにしようとする天膳。そこへ弦之介が現れる。対峙する弦之介と天膳・・・・
荒れ寺の境内にて、天膳を討ち倒し、朧と向き合う弦之介。甲賀の頭領として、死んでいった仲間たちのため、「わしはそなたを討たねばならぬ。そなたも剣をとれ。」と言い放つ弦之介に対し、自らの目を塞いだこと、「あなたとは闘えない、わたしを斬ってほしい」と告白する朧。そんな朧の想いを知り、やはり斬ることはできないと、苦悩葛藤に苛まれる弦之介。そこへ、意識を取り戻した陽炎が涙ながらに恨みをこめた言葉をぶつけ、甲賀のために、わたしのために朧を討ってくれとすがりつく。しかし朧を討てないと確信した弦之介は、陽炎を抱き上げ、朧に別れを告げ、その場を去ろうとする。
陽炎が哀しい最後を遂げ、天膳は朧の破幻の瞳の力により、遂にその長くも壮絶な人生に幕を閉じた。そしてお互いを強く想い合いながらも、ついに対峙する弦之介と朧。見守るのは服部半蔵、響八郎、阿福とその配下の者たち。朧はすでにその目を開き、天膳に受けた傷が痛々しい弦之介を、哀しくも、決意を秘めた瞳で見つめる。この非情な争忍の決着は、果たして！？
時は寛永、太平の世。“慈尊院村”で腕を磨く忍び達の中に交じる、異彩を放つ少年と少女。甲賀八郎、伊賀響――実の兄妹にして契りを結ぶことを宿命づけられた若き棟梁達――響はその事実を受け入れているようだが、八郎は…。
賊に襲われた徳川忠長は精鋭“甲賀五宝連”に救われる。が、そこに棟梁である八郎の姿はない。八郎は村を密かに出て行こうとしていた。八郎と響の、お互いの瞳術が交錯することで生じた“何か”が再び発現するのを恐れて…。
突如現れた“成尋衆”なる者達の一人、孔雀啄。その人智を超えた絶技に蹂躙されていく甲賀五宝連の面々。最後に残された老獪なる甲賀忍者、七斗鯨飲は一計を案じ、死中に活路を見出さんとする。
精鋭“伊賀五花撰”の面々までもが、成尋衆によって軽々と葬られていく。忠長のもとには首魁“成尋”が現れ、時空を超越した“金剛楼閣”なる空間へと忠長をいざなう。そこで忠長は、家光と過ごした幼き日の記憶を見せられ…。
村を襲撃する成尋衆。二人の“血”を守るため、八郎と響をかくまいつつ応戦する若き忍び達だが、歯が立つはずもなく…。危機に駆けつけた八郎と響、二人の感情が高ぶったとき、それは起こってしまう――“桜花”が――
時は過ぎ――転寝、才蔵、式部、七弦、滑婆、蓮、涙、現、そして響――新五宝連、新五花撰となった若き忍びたちは成尋衆の再来に備え、それぞれの思いを胸に修行に励む。だがしかし、そこに八郎の姿はない…。
成尋衆と家光とのつながりを疑った滑婆は江戸城へと潜入、そこで意外な人物と出会う。一方、謀反の罪で蟄居となった忠長と邂逅する八郎。そこで、成尋衆をとりまく事態が終息していないどころか、風雲急を告げていると知った八郎は――
突如現れた巨大城郭“叢雲”。涙と現は密かに偵察を試み、叢雲へと近づく。一方、忠長の依頼を拒んだ八郎は、忠長の手勢と一戦交えることとなる。そこへ馳せ参じる新五宝連の面々。再会を喜ぶ五宝連に、八郎は…。
叢雲の守りは予想以上に堅く、敵勢をなんとかかいくぐり離脱する涙と現。傷ついた体を川で洗い流し、秘密の約束を交わす二人。涙と現の命がけの情報をもとに、才蔵は自らの眼を叢雲へ飛ばす。そこで眼が捉えた信じられぬ光景とは――
成尋の目的は織田上総介信長の復活、乱世の再来…そう聞いた滑婆は、かつて経験した凄惨な戦火での出来事を思い出す――悲嘆の念とともに。一方、叢雲討伐に乗り出した紀州藩は砲撃を開始せんとする。が、その時――
転寝が立てた叢雲爆破作戦の決行前、式部の命綱“犀防具”が不具合を起こす。犀防具の修繕中、成尋の手の者に強襲を掛けられ、洞窟に閉じ込められる式部と蓮。そこで、独り歩んできた自らの道を吐露する式部。
叢雲爆破作戦の実行中、足を撃たれてしまう七弦。廃屋に隠れ、涙に手当てを受ける七弦だが、傷は浅くない。熱にうなされながら、七弦は夢を見る。遠い昔の、優しかった母との旅路の夢を。
才蔵と行動を共にする現。才蔵の眼と現の幻術、二つの忍法を組み合わせ、敵襲を葬っていく二人。現の幻術を目の当たりにした才蔵だが、彼は知らない――現が“なぜ”地獄を見せられるようになったのかを――
作戦遂行を孔雀によって阻まれる才蔵達。逆転の一手、その機会を伺う才蔵だが…。一方、作戦の最中、再び相見える八郎と成尋。苦戦を強いられる八郎の危機に響が駆けつけた時、二人に向かって放たれる叢雲の砲弾――
叢雲は消失した。平穏を得たはずの面々だが、成尋衆が滅した保証はなく、どこか落ち着かない様子。眼を覚ました響は、八郎がすでにどこかへ出立したことを知り、寂しげに笑う。が、ある晩、響の部屋に八郎が密かに戻ってきて――
捕らわれた響。ついに姿を現した機動城郭となった叢雲。新五宝連の集結を待たずに叢雲へ侵入せんとする新五花撰達に、転寝はあるものを渡す。叢雲の機動停止に苦心する滑婆の前に皮膚坊が現れ、合力を申し出るが…。
響が捕らわれの身であることを成尋衆の一人、夜叉至から聞かされる八郎。一方、涙は現にある事実を打ち明ける。今だからこそ告げたいのだ、と言う涙。彼女の幼少期の経験が、今でなくては、そう思わせたのだった…。
皮膚坊の説得により、忠長の謀反への決心は再び揺らぐ。そんな忠長に成尋が告げる痛恨の事実…。一方、成尋衆の一人、涅哩底王に苦戦を強いられる八郎達。絶体絶命の状況で聞こえてくるこの駆動音は――
一人、叢雲へと招き入れられる八郎。残る者達はどこかにあるはずの侵入口を必死に探す。その最中、夜叉の術に掛けられてしまった才蔵は、絶望に満ちた過去を無理やりに思い出させられながら、自らの腹に刀を突き立てる…。
自らを“朧”だと信じ込んでいる響は、八郎を“弦之介”だと認識、愛憎を持って迫りゆく。一方、叢雲へ侵入した現達だが、罠によって式部の身動きが取れなくなってしまう。なんとか式部を救おうとする蓮だが――
響の眼を覚まさせるべく、一計を案じる八郎。一方、叢雲内部を進む涙と現は、涅哩底王と遭遇する。転寝の一撃によって力を失ったはずの涅哩底王が余裕の表情で言う。お前達の相手は後ろにいる、と…。
儀式の完成のため、八郎と響の血を欲する成尋。死闘の末、涙と現の命を賭した忍法、そして響の瞳術で成尋の本懐は潰えた、はずだった。成尋は死なず、余裕の笑みを浮かべる。と、成尋の血が掛かった髑髏にある変化が見え――
ついに甦った信長。しかし、復活は完全ではなく、獣のごとき獰猛さで八郎達に襲い掛かる。滑婆の放った炸薬が契機となったのか、ふいに足を止める信長。燃え盛る炎の中、混濁した意識の中で声色が変わり始め…。
成尋を葬るべく桜花を使う八郎と響。しかしそれは思わぬ大惨事を生む。転寝の幻に、桜花の“まことの姿”について語られた八郎と響だったが、響は桜花を捨てることを選ぶ。果たして桜花は、まこと潰えたのか――
