Der neue Chef von Wayne-Powers, Derek Powers, hat die Forschungsabteilung der Gesellschaft dazu benutzt, Nervengas zu entwickeln, das bei den Opfern eine Genmutation verursacht. Powers beauftragt seinen Handlanger Mr. Fixx, die Disc wieder herbei zu schaffen, und ist somit für den Tod von Terry McGinnis Vater verantwortlich.
Bruce Wayne verlangt von Terry, mit seinen Beweisen zur Polizei zu gehen, aber der Junge hat andere Pläne und bricht in die Höhle ein, wo er sich das modifizierte Batsuite "ausleiht". Der neue Batman stattet Powers und Mr. Fixx einen Besuch ab. Mit der Unterstützung von Bruce Wayne verhindert er den Abtransport des Nervengases, aber während des Kampfes ist Powers dem Gas ausgesetzt und muß mit Radioaktivität behandelt werden, was seine Mutation zur Folge hat. Wayne bietet Terry einen Job als "Assistent" und als der neue Batman für ein neues Gotham an.
Terry steals the Batsuit to pursue his father's killer, a professional bodyguard named Mr. Fixx (George Takei), whose employer, Derek Powers (Sherman Howard), the current CEO of Wayne-Powers, is secretly using the company's resources to develop a biological weapon. Bruce Wayne, discovering the theft, deactivates the suit, but when seeing the now-helpless Terry being punched out reactivates it so he can continue pursuing Fixx, and in the end Wayne appears at Terry's house to hire him as a "special assistant."
Mientras se encontraba mudando sus cosas a la casa de su madre, Terry descubre por accidente el cd que le había dejado aquel hombre a su padre. Al investigarlo se da cuenta de que Derek Powers se encuentra produciendo y vendiendo un virus totalmente letal. Y que por tanto estaba detrás de la muerte de su padre (al tratar de recuperar el disco). Regresa inmediatamente a la mansión de Bruce Wayne para explicarle lo que sucede y para que haga algo pero este se rehúsa diciéndole que vaya a la policía. Sintiéndose frustrado decide robar el traje de Batman (el nuevo y último que usara Bruce) para investigar por su cuenta y detener a Derek Powers. Tan pronto como Bruce se da cuenta de que ha robado su traje le exige que lo regrese. Terry se niega ya que desea poner fin a todo. Luego de apelar al pasado de Bruce (la muerte de sus padres) para permitirle vengar la muerte del suyo, este le permite completar la misión. Al ver que ha cumplido exitosamente su misión y que Terry en realidad tiene las capacidades necesarias, Bruce aparece en su casa a la mañana siguiente para contratarlo como su asistente personal y permitir que sea Batman de ahora en adelante.
Bruce e Terry tornam-se aliados contra o implacável empresário Derek Powers, e Bruce concorda em treinar Terry como o novo Batman.
