En tidlig efterårsmorgen kaprer tre svært bevæbnede mænd en metrovogn med 15 gidsler. Philip Nørgaard, leder af PETs Terror Task Force, skal stå i spidsen for forhandlingerne om at få gidslerne fri. Nyheden spredes hurtigt i de danske medier, og alt imens TV-værten Naja Toft forsøger at blive klogere på situationen, kontaktes hun uventet af gidseltageren, 'Alfa' som tilbyder hende en direkte linje til gidslerne.
Naja, der er blevet fyret efter sit uautoriserede liveinterview, har startet en blog, og følgere i tusindvis strømmer til med penge til den landsdækkende indsamling, hun har startet for at skaffe den løsesum, som gidseltagerne kræver. Hos TTF plages Philip af flashbacks til sin egen tid som gidsel i Mellemøsten, og han frygter, at Ahmad, hans egen gidseltager dengang, står bag. Samtidig har han forfremmet Louise Falck, som nu står i spidsen for forhandlingerne, i forsøget på at få kontrol over situationen.
Efter den første gidsellikvidering er frustrationen hos befolkningen og pressen maksimal, og politikerne er i højeste beredskab. Philip tilskyndes at igangsætte en væbnet løsning med Aktionsstyrken men aktionen er risikabel, og beslutningen skaber splittelse i forhandlergruppen. Naja er genstand for en shitstorm på de sociale medier, hvor hun beskyldes for at være medansvarlig for Adels død, og hun må tage stilling til, om hendes involvering rent faktisk gavner situationen
På trods af den fejlslagne aktion bevæger TTF sig nærmere gidseltagernes identitet. Et projektil, som Aktionsstyrken blev beskudt med, viser sig at stamme fra en specialiseret riffeltype, som blev stjålet fra en kaserne et par år før. Louise bliver opmærksom på Philips flashbacks og begynder at stille spørgsmål. Lider han af PTSD? Naja får kolde fødder omkring sin rolle i indsamlingen, men overtales af Jonas, søn til gidslet Leon, til at fortsætte, og deres forhold bliver hurtigt mere end venskabeligt.
Et gidsel er blevet dræbt, et andet såret, og uroen spreder sig heftigt blandt gidslerne i metroen, hvor det diskuteres, om man skal gå til modværge. Hos TTF er fokus intensivt på at finde gidseltagernes identitet, og Philip og Louise mistænker, at væggen med billeder af Philip ikke blot handler om grundigt forarbejde. Naja skal interviewe endnu et gidsel, og TTF overvejer, om en alliance med Naja er deres vej til at løse situationen.
Bodil er blevet dræbt af gidseltagerne. Befolkningens frustration over situationen og politiets indsats vokser støt. Presset på Philip og Louise er enormt. TTFs efterforskning fører dem til kilder i det danske militær, og de er tæt på gennembrud i jagten på gidseltagernes identitet. Bidrag til Najas indsamling løber fortsat ind men hun plages af sin tvivl om Jonas - hvis han ikke er Leons søn, hvem er han så?
Philip stilles til regnskab hos sine overordnede. De forlanger en forklaring på hans personlige involvering i sagen og stifter tvivl ved hans status som leder af TTF. Men også Philip er chokeret over identiteten på gidseltagningens bagmand. Han må grave dybt i både minder og forbindelser for at forstå, hvordan tingene hænger sammen. Imens uroen breder sig i metroen, planlægger TTF en sidste aktion med Naja Toft i en uventet rolle.
Imens en TTF agent overleverer de indsamlede penge til en stråmand for gidseltagerne, bevæger Philip sig ned i metroen i håb om at få befriet de tre tilbageværende gidsler. Under jorden konfronteres Philip med den mand, han indædt troede var død, mens Naja uset slipper væk fra TTF og klargør til et sidste interview. Denne gang med Philip. Nu skal den sande historie frem, og det med hele verden som vidne.
Den netop hjemvendte syrienskriger, June al-Baqee, tages som gidsel af fire islamistiske terrorister, hvoraf flere formodes at være hjemvendte syrienskrigere, der – modsat June – kæmpede for ISIS i Syrien. Philip Nørgaard, der pt. er pa? orlov fra TTF, kender June fra tidligere og tror i modsætning til PET, at der ligger en større forbrydelse bag hendes forsvinden. Han beslutter at undersøge sagen på egen hånd.
Philips jagt efter June har ledt dem begge ombord på Sverigesfærgen i Øresund. Da June på opportunistisk vis formår at undslippe gidseltagerne og gemme sig, må de nu i panik gennemsøge færgen, inden den når land. I mellemtiden lykkes det Philip at varsle færgens Kaptajn, som aktiverer terroralarmen. Snart går det op for PET og Forsvarets Efterretningstjeneste, at en højspændt og tilsyneladende islamistisk terroraktion er i gang. Politiets antiterror-enhed TTF aktiveres, men denne gang uden Philip til at lede den.
Gidseltagerne har kapret færgen og taget passagerer og besætning som gidsler. Mens skibet ligger stille midt i Øresund forsøger TTF fra deres position ved Kronborg at få et overblik over situationen. Forhandlings- og angrebsstrategier vurderes og angribernes motiv efterforskes. På færgen er det stadig ikke lykkes gidseltagerne at finde June, og de må nu tage andre midler i brug for at lokke hende frem af sit skjul. Men også Philip leder efter June.
Med Philip indespærret i færgens fryserum bruger gidseltagerne barske metoder for at få fat i Junes mobiltelefon, som viser sig at være objektet for deres kidnapning og kapring. På land forsøger efterforskerne SP og Simon hastigt at komme nærmere gidseltagernes identiteter, motiv og mulige sammensvorne, alt imens TTF med regeringen i ryggen lægger an til et væbnet overraskelsesangreb, der skal få alle gidslerne løsladt og situationen lukket ned én gang for alle.
TTF og Aktionsstyrkens fejlslagne angreb på færgen har krævet dødsofre og skaber frustrationer på land. På færgen gør Hassans død Rami hævntørstig, og han er opsat på at udføre Fatwaen mod June med det samme - men Yusuf stopper ham. De skal bruge June i live! Kun ordrer direkte fra deres mystiske leder ”A”, kan ændre planen. Et billede sendt til dem af ”A” afslører Philips tilknytning til TTF, og det står nu klart for gidseltagerne, hvem deres fange i fryserummet i virkeligheden er.
Mahdis jihad-video med den brutale henrettelse af June og Philip cirkulerer på internettet til stor sorg for deres familier og kollegaer i TTF. Gidseltagernes leder ”A”, der viser sig at være russisk diplomat og agent, er kommet på sporet af Junes mobiltelefon og den kompromitterende video. Med målet for deres aktion tæt inden for rækkevidde, fremsætter gidseltagerne langt om længe deres krav og flugtplan overfor et synligt presset TTF, der er ved at løbe tør for muligheder!.
Nyheden om, at Philip og June er i live, vækker nyt håb hos TTF, og snart kommer SP og Simon på sporet af Junes mobil, hvilket bliver startskuddet til et hæsblæsende kapløb med russerne om at nå først frem til telefonen. I forlængelse af den indgåede aftale om, at gidslerne skal udveksles i lufthavnen, hvor et fly står klar til gidseltagerne, sejler færgen nu mod Kastrup. På bildækket har Philip og June dog en anden plan, og de kæmper mod tiden for at få gidslerne løsladt fra lastbilens minerede container, inden færgen når land.
Med de overlevende gidsler reddet ud af færgen, er det værst tænkelige scenarie blevet afværget. Men June er sluppet væk og har taget Rami som gidsel i en fabriksbygning på havneområdet. Philip forsøger at forhandle med June, men hun vil kun lægge sine våben på én betingelse: videoen på Junes mobiltelefon skal offentliggøres, så sandheden om krigsforbrydelserne i Syrien kan komme for dagens lys.
I dokumentaren Bag Om Gidseltagningen fortæller hovedforfatteren, instruktørerne og skuespillerne om tilblivelsen af serien, deres tanker om terror, mediernes rolle og meget mere. Skuespillerne sætter ord på deres karakterer, og fortæller om deres forberedelser til serien, ligesom vi får et unikt indblik i selve optagelserne.
