広島県の尾道駅に、ひとりの少女が降り立った。名前は空町春。 女性初の宇宙漁師になるため、候補生の一員としてやってきたのだ。 ところが、一足先に尾道で訓練をつんでいた同じ候補生の村上波乃と薪真紀子の勘違いによって、いきなり宇宙漁へ出発するはめに。 訳も分からないまま、春を乗せたロケットが宇宙へ飛び立つ！
本物の宇宙漁に圧倒された春と波乃は、これから寝食を共にする女子寮へ向かう。 そこには春と同じ新人候補生の美剣真、櫻舞湖がいた。尾道市役所漁業課宇宙係の鳴海高子によると、半年後に正式な宇宙漁師になるためのテストを行うという。いよいよ本格的に女子部の訓練が始まる！ と思われたが、春と波乃の相性は最悪で……。
厳しい条件付きの実戦訓練をクリアしなければプールが使用できないことになってしまった。 現時点で攻守のバランスが良いのは春、波乃、真紀子の三人組だと舞湖は分析する。 だが、春と波乃は犬猿の仲。そこで春は、波乃と仲直りしようと行動を開始する。 その後をつけるのは、怪しい金髪の少女。彼女の正体はいったい……？
６人目の候補生、ルビー・安曇も加わって女子部はより賑やかに。 しかし波乃は、宇宙漁師を目指しているのに生魚が食べられないルビーを認めないと言いだす。 舞湖と真も、天才肌で自由奔放なルビーの言動に振り回されてばかり。見かねた春は、ルビーとみんなが仲良くなればと訓練水着で海水浴に行こうと提案する。
美剣真はウミネコからの脱出訓練で溺れてしまう。実は、水に対してトラウマがあったのだ。 落ち込む真を元気付けたのは、缶詰工場で働く緑川リカ。リカも宇宙漁師になりたかったが、人より力が弱いので断念したらしい。その告白を聞いた真はリカの想いも背負い、一人前の宇宙漁師を目指すために水を克服する特訓を始める！
訓練をつんで日々着々と成長していく女子部だったが、体力的に及ばない櫻舞湖だけはおくれをとっていた。それでも諦めたくないと、舞湖は無理をしてまで訓練を続けようとする。それには理由があった。自身が宇宙漁師を目指すことになった本当の目的である“秘密”の真相を突き止めるためだ。果たして“秘密”とは……？
ついに女子部が揃って宇宙漁へ出発することに。漁は三人一組で行う。Ａチームはリーダーに波乃、そして真と舞湖。Ｂチームは春とルビー、リーダーには薪真紀子が任命された。ところが、真紀子はリーダーを辞任したいと申し出る。傷つきたくないからすぐに逃げ出す、と鳴海に本心を見透かされた真紀子は何も反論できず……。
女子部の密着ドキュメンタリーを撮りたいとＴＶ局から依頼がきた。みんなの頑張りを知ってもらうには絶好のチャンスだ。くじ引きの結果、密着されるのは春と村上波乃に決定。しかし、お互いの相性は最悪なうえ、波乃は人前で自然に笑うのが大の苦手だった。この凸凹コンビで無事に撮影を終えることはできるのだろうか！？
女子部に夏休みが与えられた。とはいっても、短い期間。ホームシック気味のルビー・安曇はカリフォルニアへの帰郷が叶わず、頬をふくらませる。すると春が、因島の実家へ帰る波乃について行こうと言いだした。この時期は、お祭りに打上げ花火、カラオケ大会と大賑わいらしい。落ち込むルビーも誘って、みんなは船で因島へ！
漁の最中にアクシデントが発生。行方不明中の兄が頭をよぎったのか、ウミネコの残骸を発見した舞湖の単独行動が原因だった。今回の騒動は水産省に報告されるだろうと、狸穴はため息をつく。厳しい処分、あるいは女子部の解散もありえる……責任を感じた舞湖はみんなに書置きをのこす。『秋田に帰らせていただきます』と。
６年前に起きた事故の真相を確かめるため、真紀子はひとりで水産省へ。待っていたのは真紀子の父親で宇宙漁開発の立役者、薪新吾だった。一方その頃、尾道宇宙センターに緊急警報が鳴り響く。原因不明のトラブルで９９号イケスに風祭と鍵谷が取り残されたのだ。通信も途絶えてしまった今、救出に向かえるのは……。
女子部は水産省の厳しい目をかいくぐって９９号イケスへ向かうが、凶暴なドクロカジキによって行く手を阻まれてしまう。風祭と鍵谷を助けるためには、全員のフルパワーを集めて神激スプラッシュを放つしかない！ しかし、実践での経験はゼロだ……果たして、ドクロカジキを倒して全員無事に帰ることはできるのだろうか！？
