Nachdem Bacillus sich Geega einverleibt hat, ist er wieder auf der Suche nach Birdy um sie zu fressen... Währenddessen verkracht sich Birdy mit seinen Partner Tute, was ihr bald sehr leid tun wird...
Bacillus tries to locate and eliminate Birdy, while she, Tsutomu and Tute argue over the constant separate lives that they were trying to hide from the public. Tute gets wounded by Bacillus before he gave Birdy an Elemental Destructor capsule bomb to kill Bacillus and eliminate the threat of him killing an Earth-born civilian in Japan. Birdy mourns Tute's death when he can't heal his wounds from Bacillus' attack.
普通の生活を送りたいつとむは、「自分の許可なくバーディーにならない」という条件を出す。それを承知するテュートだが、バーディーは面白くない。テュートから調査報告すらもふてくされてきちんと聞こうとしない。一方、交通事故で重傷だったはずの小夜香は、事故の後遺症もなく、むしろ以前よりも元気で快活な少女になっていた。そんな小夜香を少しづつ意識し始めるつとむ。
そんな中、つとむの学校にある人物が訪れる。それはつとむの中のバーディーのにおいをかぎつけてやって来た、バチルスだった…。バチルスは小夜香と、そして偶然学校に来ていたテュートをも巻き込み、なりふり構わない攻撃を仕掛けて来る。
