新宿の公園で元警視庁刑事・香川の遺体が発見される。捜査一課の兎沢実（谷原章介）は、上司の海藤啓吾（宅麻伸）や協力を申し出た特殊班の坂上陶子（TAO）らと元同僚の敵討ちを誓い、捜査を開始。一方、被害者が元刑事だったことから、警察組織の信頼を揺るがす事態を危惧した公安部の曽野耕平（高嶋政伸）も部下の志水達也（原田泰造）に真相を探らせる。そんな中、兎沢は香川がある文書を作っていたことを知る。
香川が遺したメモリーカードは、国家を揺るがすほどの、ある重大事件の報告書であった。全文書の解読を急ぐ兎沢たち刑事部と、それを消し去ろうと暗躍する志水・曽野たち公安部。そんな対立の中で、再会した志水の冷酷な姿にショックを受けた兎沢であったが、どこかでまだ、かつての上司を信じようとしていた。しかし、坂上の調査によって志水が自分の娘の死に関わっていたことを知らされ、愕然とする。
志水は内田副総監（田中健）と村岡晴彦（嶋田久作）の調査を開始。村岡の正体、そして事件の真相に気付いた曽野は、刑事部より先に手を打つよう志水に指示する。同じころ、兎沢や海藤も村岡を殺人事件の容疑者と疑い、坂上の潜入捜査により内田との繋がりも明らかとなった。しかし、副総監である内田には迂闊に手を出せない。一方、国家の安全という大義のもと、曽野・志水たち公安部は驚くべき強硬手段に出る。
志水は村岡を連れ出し、刑事部に逮捕されないよう隔離する。しかし、兎沢たちも内田副総監と村岡との繋がりを示す確固たる証拠を発見、村岡の逮捕へ乗り出そうとしていた。その最中、公安の妨害から兎沢は警察内の監察チームに捕らえられてしまう。そして、坂上の活躍により解放された兎沢を待っていたものは、志水にまつわる衝撃的な真実だった。すべてが暴かれた今、兎沢と志水、それぞれの決着とは…。