電話をかけているのは、2年前の事件に関与していたテロリスト・折原マヤ（吉瀬美智子）。その電話の相手は、現内閣総理大臣・九条彰彦（竜雷太）だった。
マヤからの電話を受けた九条は急遽、サードアイ（＝警察庁の秘密部隊）のメンバーに召集をかけるのだが、そこに霧島悟郎（吉沢悠）の姿はなく、指揮を取るのは新しくメンバーに加わった萩原太朗（髙嶋政宏）だった…。
一方、あのテロ事件以降、多くの仲間を失ったショックがいまだ癒えない高木藤丸（三浦春馬）は、浪人生としてひっそりと暮らしていた。ところが、そんな藤丸のバイト先が「オリハラマヤ」を名乗る謎の女殺し屋に襲われたことで、事態は一転。藤丸はバイト仲間の水沢響（黒川智花）と共に逃げるはめになってしまう。そして、九条音弥（佐藤健）と朝田あおい（藤井美菜）の目の前で、音弥の祖父である九条彰彦が何者かに狙撃されてしまい…！？
テロを追うサードアイは、「核爆弾」が飛行機に搭載されていることを突き止めるのだが、なんとその飛行機には、2年前のテロの首謀者・J（成宮寛貴）が搭乗していた。「核」によってハイジャックされた飛行機はすでに東京上空に到達し、核爆発による東京壊滅までのカウントダウンが始まった！
そんな中、萩原が下した決断とは、“ファルコン”こと高木藤丸の召集だった！
