「核爆弾による東京壊滅テロ」を阻止した藤丸（三浦春馬）だったが、人質になっていたあおい（藤井美菜）の変わり果てた姿を目の当たりにし、大きなショックを受ける。そんな藤丸の目の前に、突如、折原マヤ（吉瀬美智子）が！あおいの死にまたしてもマヤが絡んでいると思い込んだ藤丸は、その怒りをマヤにぶつけるのだが…。
そんな頃、音弥（佐藤健）と遥（川島海荷）に、テロリストの魔の手が忍び寄っていた。2人の異変に気付いた藤丸は…！？
一方、サード・アイでは、一連のテロが『魔弾の射手』と名乗るテロリスト集団による犯行だということ、そのテロリスト集団の中には、藤丸と互角かそれ以上のハッキング能力を持つ「ホーネット」という存在がいることを突き止める。彼らの狙いである“日本再起動計画”に、何らかの形でJ（成宮寛貴）が絡んでいると睨んだサード・アイはJを取り調べるのだが、彼がテロの全容を話す代わりに霧島（吉沢悠）へ突きつけた要求…。それは、藤丸との面会だった。
