藤丸（三浦春馬）は、『魔弾の射手』によって人質に取られていた澤北（阿南敦子）の息子・陵太（安藤健悟）の居場所を突き止め、その身柄を無事確保することに成功する。しかし、陵太とともに救出された少年（神木隆之介）の存在に違和感を覚えた藤丸は、萩原（髙嶋政宏）の勧めもあり、少年と2人きりで話すことに。そこで浮かび上がった新事実…なんと、その少年こそが藤丸を苦しめ続けてきた「ホーネット」だったのだ！
藤丸は、ホーネットのパソコンを調べて掴んだある事実を握り、ホーネットに揺さぶりをかけるのだが…！？
一方、教授（津嘉山正種）と響（黒川智花）の待つ場所へと向かった音弥（佐藤健）は、待ち構えていた『魔弾の射手』の一味によって狙撃され、傷を負う。身柄をサードアイに保護された教授は、「日本再起動計画」の全容について語り始め…。
さらに、突然倒れたJ（成宮寛貴）は、意識が戻らず…！？
