ホーネット（神木隆之介）の口からついに明らかになった真の黒幕・スパイダーの存在。あおい（藤井美菜）の命を奪い、何度となく自分を窮地に追い込んできたスパイダーに対し、藤丸（三浦春馬）は憤りを隠せない。
今度はテレビ局の放送システムをジャックした『魔弾の射手』は、九条総理（竜雷太）の体制批判と若者への喚起を促し、ついに「日本再起動計画」をスタートさせる。さらにスパイダーは、サードアイのメインシステムにも侵入。攻撃を受けたサードアイ本部は…！？
そんな中、響（黒川智花）とともにサードアイを抜け出した藤丸の携帯電話に、スパイダーからの着信が―。「一緒に遊ぼうよ」という意味深な挑発を受けた藤丸は、スパイダーの居場所を突き止めるべくハッキングを開始。ついに、スパイダーの居場所を特定する！
