Iga, der U-Boot Kommandant der Blue Six, schickt seine Leute, Mayumi Kino und Sidra Dedson, los, um Hayami einen alten Weggefährten auf die Blue Six zurückzuholen. Kino kann sich aber davon überzeugen, dass Hayami momentan eher einem Herumtreiber und Tunichtgut gleicht, der kategorisch ablehnt an Bord der Blue Six zurückzukehren. Enttäuscht machen sich Sidra und Kino auf den Rückweg zu den Docks. Plötzlich tauchen jedoch riesige Roboter aus dem Meer auf und greifen die Docks an. Sidra und Kino werden von der Blue Six abgeschnitten und von den Robotern eingekreist, bis Hayami auftaucht und sie rettet. Die Gefahr ist jedoch noch nicht vorüber noch lauert ein Musuka, ein genetisch veränderter und mit einem riesigen Waffenarsenal ausgerüsteter Wal auf die Blue Six...
Humanity is plagued with attacks by a race of sea mutants dedicated to eradicating mankind. Our last hope is the Blue Submarine No. 6 and her crew, made up of the best personnel available as they fight for the fate of all mankind.
近未来。地球環境が劣悪を極めた中に設立された、海上超国家組織「青」。各国は協力して自国の潜水艦を「青」へ派遣させることになった。日本の自衛隊から「青」へ向かった潜水艦も6号艦となっていた。だがそんな折、海洋開発のリーダーである天才科学者ゾーンダイクが海洋テロ結社を築き、人類せん滅を宣言した。
La humanidad está plagada de ataques por una raza de mutantes marinos dedicados a erradicar a la humanidad. Nuestra última esperanza es el Blue Submarine No. 6 y su tripulación, formada por el mejor personal disponible mientras luchan por el destino de toda la humanidad.
L'humanité est constamment assaillie par une race terrifiante de mutants marins avec un seul but: éradiquer tous les humains. Le dernier espoir de l'humanité réside dans le sous-marin bleu n° 6 et son équipage dévoué - qui se sont unis pour lutter pour la survie de l'homme.
