かつて東京湾と呼ばれた海上に建設された「ヌーベルトキオシティ」。だがロボットを使った凶悪な犯罪も増えていた。そこへ颯爽と登場したのが噂のロボットヒーロー「マイトガイン」。正体不明のマイトガインは、旋風寺コンツェルンの若き総帥である旋風寺舞人が進める「勇者特急計画」に基づくロボットたちだった…！
パワーアップ改造を受けていた「ボンバーズ」が、ついに完成した。一方、アジアマフィアの首領、ホイ・コウ・ロウは、新型兵器をバイヤーに売りつけるために数百台のエレカが忽然と消えるという怪事件を起こす。だが、そのギミックを見てもバイヤーは決断せず、噂のマイトガインを倒して見せろと交渉してくるが…。
日本を正しき江戸時代に戻し支配しようと目論むショーグン・ミフネ。政府を降伏させるため、ミフネは鉄道網を切断すると宣言。手下の剣豪であるコジローに怪ロボットを与え、剣で鉄道を文字通り切断させ始めた。事件を聞いて現場に急行した舞人は、修学旅行の途中でネオ東海道新幹線に乗っていたサリーと再会するが…。
盗賊団「ピンクキャット」の女ボス、カトリーヌ・ビトンは「カムチャッカの黄色いダイヤ」を狙っていた。一方、サリーのことを考えていた舞人は、ヌーベルトキオ・ホテルでアルバイトをしていたサリーと出会う。同じく舞人のことを考えていたサリーだが、相手が旋風寺コンツェルンの若き総帥であることを知らされて…。
友人のジャスティス大統領にVIP用特別列車をプレゼントした舞人。そのニュースを見たホイは、自分のVIP用列車を断って旋風寺重工を選んだ大統領に腹を立て、大統領に敵意を抱く過激派に手を貸すことにする。その頃、大統領と再会した舞人は、大統領から過激派の活動が活発になったことを聞いて警戒を強めるが…。
ウォルフガングはマイトガインを倒すべく最適のパイロットを選出しようとしていた。そんな中、舞人はチンピラに絡まれていた男を助けようとするが、その男はチンピラをノックアウトして無言のまま立ち去ってしまう。その男、エースのジョーに注目したウォルフガングは彼を呼びとめ、パイロット候補としてスカウトするが…。
ミフネが怪事件を起こした。その事件を探ろうとする舞人だが、祖父の裕次郎が訪ねてきてネオウエノパークへと連れ出されてしまう。その先で、タコ焼き屋のバイトをしていたサリーがチンピラにインネンをつけられている場面に遭遇した舞人は、彼女を助ける。そこにミフネの放った飛行要塞が現れ、街を焼き始めて…。
納豆が大嫌なビトンは、人々を連れ去って強制的に納豆をキライになるように拷問したり、納豆工場を次々と襲撃して納豆を世界から消し去ろうとする。脱走してきた男から事件を知らされた舞人は、さっそく捜査を開始する。しかし納豆工場の警備をする中でビトンの怪ロボットに襲われてダメージを受けてしまい…。
正体不明の車両がネオ山手線と連結して、突然暴走を始めた。少しずつスピードを増す車両には爆弾がセットされており、ストップしても脱線しても爆発する。舞人は危険な車両から乗客を移動させるものの、時速45キロ以下にスピードが落ちても爆発してしまうらしい。一方、ホイはその様子をギャンブルの対象にしていて…。
サリーの弟、テツヤからマイトガインが最高だと言われて腹を立てたミフネは、日本人を正そうとネオ原宿に巨大なミフネ大仏を設置した。そして大仏を崇拝させるために、必ずご利益があるという守り札代わりの将軍バッヂを広めようと考える。ミフネ大仏に人々が殺到する中、大仏内部に何かが隠されていると推理した舞人は…。
ネオ新宿ステーションの建築現場でアルバイトをしていたサリーは、ビルから墜落しそうになる。それを救ったのは、ウォルフガングから新たなロボット「飛龍」を与えられたジョーだった。ビルが完成し、落成式にサリーや建築現場の人々が招待された。そこへジョーの飛龍が現れマイトガインに戦いを挑んでくるが…。
大女優メアリー・ファローの元マネージャーを助けた舞人と浜田は、メアリーの日記を託された。ビトンが奪取を目論んだ日記には、メアリーが発見したという世界一美しい宝物「サロスの指輪」のことが書かれていた。捜査を進めた舞人だが、駆けつけた宝石店襲撃現場でビトンの罠にかかり発信機を取りつけられてしまい…。
ヌーベルアメリカの観光地ウエスタンランドで銀行強盗が発生。瞬く間に事件を解決した舞人たちは、久々に羽を伸ばすためウエスタンランドに寄り道することにした。偶然立ち寄ったバーでサリーにそっくりの勤労少女“リリー”と出逢う舞人。そこにジョーが現れた。彼はネオグランドキャニオンでの決闘を舞人に申し込み…。
ヒガシ組とニシ組の抗争が絶えないマンナカシティ。ボンバーズは捕らえようとするが、ホイの手下に邪魔され取り逃がしてしまう。両方の組に武器を売りつけようとしていたホイは、マイトガインを足止めするべくジョーを雇う。ヤクザたちが戦闘ロボットでケンカをしているとの報告を受けた舞人は現場に急行するが…。
CGのロボット同士を戦わせるCGバトル選手権チャンピオンカーニバル。それが修理中のトライボンバーと重なって気分が晴れない舞人だが、ホーンボンバーを紹介され、明るさを取り戻す。その頃、客の入らない大江戸ランドに苛立つミフネは、原因がCGバトルにあると聞かされ、逆にそれを利用することを思いつき…。
マイトガインをコピーした戦闘ロボット「ブラックガイン」を完成させたホイは、舞人たちをおびき出した。現場に到着した舞人たちは、ホイに破壊された鉄橋からサリーたちを乗せた新幹線を救うべく救助活動を開始。そこへ現れたブラックガインは、驚いたことにガインの手助けをし、悪事を強制するホイに反抗するが…。
ようやくボンバーズの修理が完了した。しかもただの修理ではなく、ホーンボンバーとの合体で「バトルボンバー」が誕生するという。その頃、三人までに減ってしまった部下からロボットと部下のどちらが大切なのか問い詰められたウォルフガングは、部下よりロボットを選んでしまう。そして彼らにも見限られてしまい…。
アスランカ文明の秘法である若返りの秘薬を手に入れるため、秘薬の材料を強奪していくビトン。次にビトンが狙う霊鳥ホーは、世界で一組のつがいしか残っていない最重要保護獣だった。怪ロボットで出現したビトンは駆けつけた舞人らと再び戦闘を開始。戦闘中にホーを捕獲し、それが結果的に人質を取る形となってしまい…。
ミフネの部下に追われていたトレーラーが事故を起こした。そこに居合わせた舞人は、トレーラー内のポッドから少年を保護した。「清丸」と名乗ったその少年は、目を覚ますなり横柄な態度で自分を城へ帰せと大暴れ。その立ち居振る舞いは、清丸の主張を証明するかのような殿様ぶりだった。その少年の正体は実は…。 視聴する
両親の命日に、舞人は墓参りに出かけた。舞人の両親、旭とルリ子は列車事故で命を落としていたのだ。そして計画の次の段階、マイトカイザーと大列車フォートレスの建造が順調であることを確認した舞人は、勇者特急隊の勇姿を、亡き両親の遺影に見せるためにビデオ上映を始める。そこへ謎のスパイが侵入するが…。
「巨悪」の忠実な僕「エグゼブ」は、ウォルフガングにも接触した。そして莫大な製作資金を提示し、データ収集用メカを作らせる。だが悪事に使われると気づいたウォルフガングは、製作途中で契約の破棄を申し入れる。邪悪な正体を現したエグゼブの手下は、今度はウォルフガングの部下を人質に取ることで脅迫するが…。
人気沸騰のロックバンドでボーカルを担当するパープルに、マイトガインのパイロットではないかとの噂が立っていた。しかし当のパープルは肯定も否定もなく、次に行うマイトガインとのジョイントコンサートにくればわかると答えるばかり。その真意を探るため、舞人たちもファンに変装してライブに参加することにするが…。
ジョーをかくまったサリーは、ジョーに舞人との戦いをやめて欲しいと頼んだ。しかしジョーは、父が悪に殺されて以来正義を信じなくなったことだけを告げて立ち去ってしまう。その頃、飛龍を上回る戦闘ロボットを開発していたエグゼブは、ジョーのパイロットとしての腕をマイトガインとの対決で試そうと考えるが…。
ジョーとの決戦で舞人は重傷を負ってしまった。その頃、ジョーは舞人との戦いで得たはずの勝利に釈然としないものを感じていた。その想いを抱えたままボンバーズと鉢合わせしたジョーは、舞人の仇討ちに燃えるボンバーズと交戦状態に入る。それを知り、現場に向かう舞人。そこへ完成したドリル特急が駆けつけて…。
電気に代わる次世代エネルギーとして注目される特殊な鉱石エレメントX。それが日本に輸送されると知ったパープルは、奪取の障害となる勇者特急隊の戦力を分断するため、リオデジャネイロに囮の怪ロボットを出現させる。そしてリオデジャネイロ襲撃の報告が入った舞人は、ドリル特急で単身現場への出撃を決断するが…。
ヌーベル奥多摩発電所が突然停止した。急行した舞人とガインは謎の赤い霧に遭遇する。霧がマイトウイングのコンピュータを狂わせたことから単身調査に向かった舞人は、そこで赤い霧を発生させているミフネの怪メカを発見する。一方、ジョーはエグゼブに新たな戦闘ロボット「轟龍」を与えられてテストを行っていたが…。
マイトカイザーと轟龍がついに戦い始めた。その頃、小惑星ドガンデスが地球の引力圏に掴まって落下の兆しを見せていた。地球に落下すれば人類滅亡もあり得る。舞人は浜田の知らせで指令室に一時撤退。そこで舞人は、ドガンデスの破壊にグレートマイトガインの全パワーを乗せた超電導砲の一撃が必要だとを知らされるが…。
世界サミットが日本で開催されることとなった。出席する首脳たちを人質に取る作戦を考案するミフネは、各国首脳を乗せた列車を強奪してしまう。その事件を犯行声明で知った舞人は、連れ去られた首脳の救出作戦を開始。だがその間にもミフネは首脳たちを脅し、日本の指導者が自分であることを認めさせようとしていて…。
日々の激務で少し疲れた様子の舞人に青木やいずみたちは、彼の16歳の誕生日に休暇をプレゼントした。快く送り出された舞人は、父との思い出の川原に出かける。そこでアイスキャンディー売りのアルバイトをしていたサリーと偶然出会った舞人は、サリーと休日を過ごそうと考え、彼女のアルバイトを手伝い始めるが…。
パープルに組織を乗っ取られたホイは一文なしのまま冷たい世間に放り出された。ホイを支えようとする部下のチンジャだが、人間不信に陥ってしまったホイはラーメン屋台を手伝いもせずに酒に溺れてしまう。偶然その屋台にきたサリーとテツヤは、そのラーメンがまずかったために不敏に思い、屋台の手伝いを申し出て…。
漫画の新人賞募集締め切りが近いこともあり、浜田は原稿執筆に追われていた。浜田の夢がマンガ家になることだと知っていた舞人は応援を約束する。締め切りギリギリで原稿を完成させた浜田は出版社に直接持ち込もうと急いでいた。その途中、アパッチ兄弟の乗る怪ロボットの攻撃に浜田は巻き込まれてしまい…。
勇者特急計画最後のロボット「マイトガンナー」が完成した。その一方で、自分の開発したロボットがジョーに与えられると知り、憤慨するウォルフガング。そんな中、伝説の暗殺者として名高いユリウスを街で偶然見かけたウォルフガングは、彼と手を組めば打倒マイトガインも夢ではないと考え、早速仕事を依頼するが…。
ビトンは、ねずみ小僧の時代劇をヒントに、自分も感謝されようと思いついた。しかしもともと慈愛の精神のないビトンは、銀行から硬貨を強奪してバラまいてしまう。その行為に人々は感謝するどころか一層非難する。非難される理由が分からないビトンは、今度は困っている人を作り、親切を押しつけようと考えるが…。
襲撃現場に急行したマイトガインはパープルが放った特殊電波で超AIを狂わされてしまった。正気を失いマイトカイザーに襲いかかるマイトガイン。特殊電波を発するパープルのギターの弦が切れたためその場は収拾するが、浜田の分析で事態の重要性を認識させられた一同はガインらの超AIを停止せざるを得なくなるが…。
父の形見の懐中時計から小型チップを発見したジョーは、ウォルフガングに分析を依頼した。ウォルフガングによれば、それは10年前にTR社が発表した画期的なオペレーティングチップだった。ジョーから宍戸博士が自分の父であること、すでに悪の組織に殺されたことを聞いたウォルフガングはTR社の調査を開始して…。
ハロウィンがやってきた。パーティーが控えていたため、仕事を瞬く間に完了させる舞人。だがそこへ、何者かが街中に巨大植物を繁殖させたとの知らせが入る。出動した舞人は人々の救出活動を開始。その中で、植物が実はカボチャだったことが判明。更に本格的に実をつければシティに深刻なダメージを与えると知らされて…。
浜田は青戸工場で働く少女、内藤ルンナから積極的にアタックを受ける。半ば彼女に流されつつも、まんざらでもない浜田。その一方でルンナは苦悩を抱えていた。実はルンナは世を忍ぶ仮の姿でしかなく、本当の彼女は「胡蝶」と呼ばれるミフネ配下のくノ一だった。マイトガインの本拠地を探す任務を命じられていた胡蝶は…。
度重なる敗北と大江戸ランドの入場者数激減で、ミフネの組織は風前の灯。そこでミフネは、大江戸ランドを独立国家にすることを思いつく。そのための国民を確保しようと、入場無料キャンペーンでお客を集めようとした。舞人たちもやってきて園内の茶屋でアルバイトをしていたサリーと会う。そこにミフネが現れて…。
勇者特急隊の特別番組が放送されることになった。それに舞人自身が出演することになった。放送を見ていたビトンは、マイトガインのパイロットが舞人であることを暴露しようと番組に電話をかける。勇者特急隊のメカが紹介される中、なかなか繋がらない電話に腹を立てたビトンは怪ロボットで放送局を襲撃して…。
ミフネは大江戸ランドを再建するべく「ひょうたん湖」の埋蔵金を手に入れようとしていた。だが探索に使用した潜水艦が首長竜に見間違われてしまったことで、ひょうたん湖の恐竜の噂がアッという間に広がってしまう。その様子をテレビで見ていたビトンは、クリスマスのディナーには恐竜が一番だと早速行動を開始するが…。
舞人は、ジョーの「貴様より先に倒さなければならない敵がいる。そいつはお前にとっても敵なのだ」という言葉を気にかけていた。そこへいずみからジョーの父親は宍戸博士という科学者で何者かに葬られたらしいと報告がもたらされる。舞人は自分の両親を暗殺した相手とジョーの父親を殺した相手が同じであると推理して…。
裕次郎の誘いでスキー旅行に連れ出された舞人たち。旅館で仲居のバイトをしていたサリーを加え楽しい一時を過ごす一同だったが、付近に怪ロボット「ライジン」と「ジンライ」が出現したことで早速現場へと向かった。グレートマイトガインで怪ロボットを撃破しようと考える舞人だが、合体阻止光線で妨害されてしまい…。
レストランで父の退院祝いをしていた吉永一家と出会った舞人は、サリーのアルバイトの理由が父の入院費用の工面だったと知る。その頃、ジョーは単身TR社へと潜入していた。セキュリティに引っかかり、捕まりそうになった所をウォルフガングにかくまわれたジョーは、そこで「ブラック・ノワール」の存在を知らされて…。
洗礼ロボの出現は脅威だった。だが、対抗策も倒せた理由も解らず成す術がない…。エグゼブを調べるうちにTR社に辿りついた舞人だったが、ろくな調査をしないうちに裕次郎にクリスマス・パーティーへ連れ出されてしまう。華やかに着飾り、サリーとダンスを楽しむ舞人。そんな中、旋風寺邸に轟龍が突如飛来する！
全世界がブラック・ノワールに制圧されていった。グレートマイトガインで出撃した舞人は、ジョーから両親を殺した相手がエグゼブであることを知らされ、改めて正義のためにエグゼブたちを倒そうと決意する。勇者特急隊が総力を挙げて対抗するものの、魔のオーラに護られた敵の洗礼ロボは傷つけることすらできず…。
日本を除くすべての国がブラック・ノワールの手に落ちた。敵はネオ津軽海峡とネオ鹿児島湾の南北二派で侵攻を開始し、勇者特急隊はネオ鹿児島での決戦に挑む。浜田は打開策を見つけようと必死にデータ解析を進め、人間なら誰しもが持つ「イノセントウェーブ」が魔のオーラに対抗する唯一の手段であることを発見するが…。
ヌーベルトキオシティに浮上したブラック・ノワールの要塞。ウォルフガングからもたらされたイノセントウェーブ増幅装置をグレートマイトガインに搭載し、すでに轟龍で戦っていたジョーと合流する。エグゼブを父の仇と狙う轟龍で特攻し、エグゼブを葬り去るジョー。ついに舞人はブラック・ノワールと対峙して…。
