Nach Shirleys Tod beschließt Lelouch die gesamte Welt von dem Geass zu befreien und schwört sich sämtliche Geass-Nutzer zu eliminieren. Dank Jeremiahs Informationen kann er den Kult ausfindig machen und greift sie mit äußerster Härte an.
Rolo admits to causing Shirley's death; rather than blame Rolo, Lelouch blames the existence of Geass itself. In retaliation, he mounts an assault on the Geass Directorate, slaughtering every man, woman, and child within the stronghold. V.V. pilots the Siegfried in an effort to stop the Black Knights, but is defeated by both Lelouch and Cornelia. He escapes to the Thought Elevator, where Charles awaits, and when Lelouch follows he is transported to the Sword of Akasha. Meanwhile, Kallen and Nunnally discuss Lelouch. They are interupted by Suzaku, who, despite having been told that Shirley's death was a suicide, decides to interrogate Kallen using Refrain, in order to confirm his suspicion that Lelouch has become Zero again.
Bien que bouleversé par la mort de Shirley, Lelouch continue de jouer le jeu face à Rollo. Mais sa haine de l'Ordre du Geass est arrivé à l'extrême-limite : désormais, il ne pourra être en paix qu'une fois cet ennemi détruit. Avec l'aide de Rollo et Jeremaih, il tente alors de localiser le centre d'expérimentation.
Pendant ce temps, dans la Zone 11, tout le monde pleure Shirley, et Suzaku devient persuadé qu'elle ne s'est pas suicidée, mais que Lelouch l'a tuée...
A questo punto Zero, che era dapprima deciso a portare sotto il suo controllo il Culto, adesso sceglie di distruggerlo completamente, nonostante i suoi membri siano semplicemente scienziati e non militari, nella convinzione che il Geass non faccia altro che portare sofferenza agli uomini. Sfruttando le informazioni fornite da Rolo e da Jeremiah, l'ordine dei cavalieri attacca la base segreta del Culto, massacrando tutti coloro che erano sul luogo (incluso il generale Patre, colui che si era occupato di trasformare Lord Jeremiah nell'ibrido umano-macchina); a questo punto entra in scena V.V. pilotando il Sigfried, e Zero decide di far sì che la bomba piazzata sul Knightmare di Rolo esploda distruggendo anche il suo avversario, ma all'ultimo istante interviene Cornelia, fino a poco prima prigioniera in quel luogo, che attacca il Giga Fortress, facendo perdere a Rolo la presa sul nemico. Frattanto, Suzaku, turbato dalla morte di Shirley, decide di utilizzare una droga per costringere Kallen a rivelargli la vera identità di Zero, convinto che sia lui l'assassino della ragazza. Distrutto il Sigfried, Zero si appresta a dare il colpo di grazia a V.V., ma improvvisamente egli viene risucchiato da un portale e si ritrova in uno strano luogo, una sorta di tempio (chiamato la spada di Akasha), dove è suo padre l'imperatore ad accoglierlo.
シャーリーが死んだ。ギアスによって運命を翻弄され続けた彼女は、ギアスの為に命を落とした。ルルーシュはその仇を討つ為にギアス嚮団の壊滅を決意。ロロとジェレミアから得た情報からその中華連邦にある本拠地を突き止め突入する。対するは嚮主V.V.！ C.C.と同じく不老不死の力を持つ謎の少年との激闘が始まる！
Após uma perda trágica, Lelouch decide erradicar o Culto de Geass, destruir a organização e eliminar Rolo.
Lelouch, furioso por la muerte de Shirley, culpa del geass, decide destruir a V.V. y al culto. Con la ayuda de Jeremiah, Rolo, C.C. y un escuadrón de los Caballeros Negros, mascara a los investigadores y destruye todo a su paso. La situación cambia cuando V.V. se presenta en batalla con el Siegfried. Cornelia, que se encontraba en el lugar, logra destruir el blindaje del Knightmare y posibilita su destrucción. En el segundo final es salvada por Jeremiah. Lelouch persigue a V.V. que cayó nuevamente en las instalaciones. Llega a donde estaba y cae dentro del mundo de C.
命運多次被geass改變了的夏麗, 因為Geass慘死. 在她死後傷心欲絕的魯路修, 發誓要剷平那個研究Geass的團體---Geass教團有了羅洛和Orange提供的情報, 魯路修找到了教團總部的所在, 帶領著黑騎士團衝進去,在門口等待的是教團的少年領導, 和CC同樣擁有不死能力的VV, 帝國皇帝的哥哥。
