ミステリー作家に憧れ、自作の小説を細々と投稿している伊崎耀（伊藤健太郎）。そんな彼の前に謎の男・黒川秋峰（GACKT）が現われ、一風変わった企画小説の執筆を依頼する。それは物語の主人公である「標的」を、完璧な暗殺方法によって殺害するという内容の犯罪小説だったが、後日、伊崎の小説と同じ方法で命を落とす人間が現われて……。“暗殺コンサルタント”として生きることになった伊崎がたどる、数奇な運命とは――。
“実在する人物の暗殺の筋書き”を書かされていたと知った伊崎は、罪の意識にさいなまれながらも、次なる犠牲者が出ることを防ごうと奔走する。そんな伊崎の前に再び姿を現わした黒川は、暗殺をなりわいとする秘密組織“カンパニー”の存在を明かし、その一員として仕事を続けるかどうか、伊崎に決断を迫る。同じ頃、捜査一課の菅野正人（一ノ瀬颯）は、相次いで起きた事故死についてかすかな違和感を抱き、独自に捜査を開始する。
悩んだ末に“暗殺コンサルタント”としてカンパニーで働くことを決意した伊崎。以来、生活は一変し、表向きは外資系企業のエリート社員として振る舞いながら、裏ではマネジャーの水畑早紀（木村文乃）から受け取った資料をもとに、完全犯罪のシナリオを練る日々が続く。一方で伊崎は、意外なきっかけから経理の斎藤良美（桜井日奈子）と交際することに。さらに高校のクラス会に出席した伊崎は、思わぬ人物との再会を果たす。
