In de eerste aflevering is het hele team druk bezig met een verbeten klopjacht op Daan de Vos. Maar Daan blijkt nog veel meer troeven achter de hand te hebben en het is maar de vraag of ze hem te pakken krijgen. En de kijker krijgt antwoord op de vraag of Wolfs nog in leven is...
Eva en Wolfs proberen als 'gewone' agenten op straat er het beste van te maken. Als ze te maken krijgen met de moord op een jonge kapster en haar vader dreigt wraak te nemen op de daders, moeten Mechels en haar team alle zeilen bijzetten om dat te voorkomen. De dreiging komt echter uit een heel andere hoek. Met gevaar voor eigen leven komen Wolfs en Eva op een school terecht en is de grote vraag of een ramp nog te vermijden is. En dan is er nog Daan de Vos die het treiteren van Eva en Wolfs tot een kunst maakt. Romeo heeft besloten kennis te maken met de COSA-kring, een groep vrijwilligers die een zedendelinquent begeleidt bij zijn terugkeer in de maatschappij.
Een hoge ambtenaar van de EU wordt door een kamermeisje van verkrachting beschuldigd. De man ontkent en beweert dat hij degene is die gebruikt wordt. Aan Wolfs en Eva de taak om uit te zoeken wat er werkelijk gebeurd is. Geen makkelijke opdracht, omdat niets is wat het lijkt en bewijzen niet voor op het oprapen liggen. Tegelijkertijd proberen Wolfs en Eva een vinger achter een criminele motorclub te krijgen die wel erg geïnteresseerd is in Wolfs' toerclubje. Ook Romeo, Esmee en Marion krijgen met geweld tegen vrouwen te maken. En ook daar blijkt de zaak niet zo makkelijk als eerst gedacht. Daan de Vos is van treiteren overgestapt op het uiten van dreigementen. Wolfs kan dat nog net hebben, maar als z'n dochter Fleur het moet ontgelden, is het genoeg geweest.
Omdat ze Daan de Vos onrechtmatig hebben aangehouden, krijgen Eva en Wolfs een andere functie. Ze zijn rechercheur af en moeten 'gewoon' in het politie-blauw de straat op. Daar krijgen ze te maken met een moord op een jonge coke dealer en een nieuw rechercheteam. Ondertussen komt Daan de Vos bij Mechels verhaal halen en dwingt af dat Wolfs en Eva niet langer contact met hem mogen hebben.
Er verdwijnt een jongetje op weg naar school. Als blijkt dat er een beruchte Belgische pedoseksueel zich aan zijn toezicht onttrokken heeft, gaan alle alarmbellen af.
Bij de ingang van het voormalige NATO-centrum in een grottenstelsel wordt het lijk van een oude man gevonden. Het lijkt om een eenvoudige roofmoord te gaan.
Wolfs jaagt achter ex-commando Gabriel aan. Na een wilde achtervolging door huizen en over daken loopt het uiteindelijk verkeerd voor hem af. Esmee en Romeo onderzoeken een aangifte van huiselijk geweld.
Wolfs heeft op het bureau verslag uitgebracht van zijn ontvoering. Het blijkt dat de Italiaanse medeplichtige een bekende maffiamoordenaar was.
Hoe hebben Wolfs en Eva de gruwelijk moord op Wolfs' dochter Fleur verwerkt? Eva is een jaar later weer aan het werk en krijgt met een drugsruzie te maken tussen Amsterdamse en lokale criminelen die een onschuldig jongetje bijna het leven kost. De zaak voert haar naar Amsterdam.
Een keurige student wordt dood aangetroffen. De wijze waarop het is gebeurd, wijst naar een net vrijgelaten crimineel die incasso's deed voor drugscriminelen. Zat de jongen in de drugswereld of heeft zijn dood met zijn scriptie te maken? Marion en Romeo ontfermen zich over een meisje dat betrapt werd op winkeldiefstal.
Tijdens een aandeelhoudersvergadering van een rijk familiebedrijf wordt er een moord aangekondigd. De volgende ochtend wordt een van de zonen dood in bed aangetroffen. Aan Wolfs en Eva de taak om uit te zoeken of het moord is en wat dan het motief is. Ook Romeo en Marion krijgen met vermeende rijkdom te maken als een erkend vluchteling aangifte komt doen van zijn gestolen lot waarop een groot geldbedrag gevallen is. Hij is niet de enige die aangifte komt doen.
Een seriemoordenaar die zijn slachtoffers belaagt vanuit kuilen in het bos, heeft een nieuw slachtoffer gemaakt. Maar anders dan de eerste keren is er een getuige blijven leven. Wolfs en Eva maken verbeten jacht op de moordenaar, maar die heeft een verrassing voor hen in petto. Romeo beboet een vrouw met een ziek kind in haar auto. De vrouw reageert wel heel heftig op de boete. Marion wil uitzoeken wat er meer aan de hand is.
Oude spoken duiken op tijdens het hoger beroep van de familie van Jens Bols voor de ontvoering van Eva. Wolfs probeert Bols te traceren, maar die is nog niks van zijn streken verleerd en er vallen doden. Romeo en Marion krijgen te maken met een lerares die tijdens het joggen in een park is aangerand. Ze weigert echter aangifte te doen. Marion leert haar nieuwe buurman beter kennen, en dat is niet meteen een genoegen.
Een oude zaak wordt opnieuw opgerakeld als Eva en Wolfs te maken krijgen met een vermoorde jongen die achttien jaar eerder veroordeeld is voor de verkrachting en doodslag op een jong meisje. De rechercheurs die de verkrachting met de oude middelen onderzochten, dringen zich in het onderzoek op aan Wolfs en Eva. Ook Marion en Romeo krijgen met oude trauma's te maken als ze een diefstal in een verpleeghuis onderzoeken.
Een Bulgaars Roma-meisje wordt vermoord aangetroffen. Ze blijkt net voor haar dood bevallen te zijn. Eva en Wolfs, die weer aan het werk is, krijgen hulp van Interpol, een Bulgaarse rechercheur. Maar die blijkt er een eigen agenda op na te houden. Romeo en Marion krijgen met een merkwaardig hulpvaardige stalker te maken.
Wolfs infiltreert in de organisatie van de Amsterdamse crimineel Sjon. Eva, die niet overweg kan met haar nieuwe partner Peter Mooy, weet hem kwijt te raken.
Een jonge vrouw, moeder van twee kinderen, wordt dood aangetroffen in de zijtak van de Maas. Ze heeft een afscheidsbriefje achter gelaten en de politie concludeert dat ze zelfmoord gepleegd heeft. Maar haar moeder, burgemeester van een dorp in de buurt van Maastricht, kan dat niet geloven en haalt Wolfs en Eva erbij. Marion en Romeo doen onderzoek naar Marions buurmeisje. Is ze verdwenen en wat is er dan met haar gebeurd?Eva is gegijzeld door de Albanezen die door Bols zijn opgelicht. Die hopen dat Bols haar komt bevrijden. Maar Bols is slim genoeg om dat niet alleen te doen. Hij spant Wolfs voor zijn karretje. En dat belooft een bloedstollende laatste aflevering van seizoen 12 te worden. Deel 1 van de tweedelige seizoensfinale.
Een jonge vrouw, moeder van twee kinderen, wordt dood aangetroffen in de zijtak van de Maas. Ze heeft een afscheidsbriefje achter gelaten en de politie concludeert dat ze zelfmoord gepleegd heeft. Maar haar moeder, burgemeester van een dorp in de buurt van Maastricht, kan dat niet geloven en haalt Wolfs en Eva erbij. Marion en Romeo doen onderzoek naar Marions buurmeisje. Is ze verdwenen en wat is er dan met haar gebeurd?Eva is gegijzeld door de Albanezen die door Bols zijn opgelicht. Die hopen dat Bols haar komt bevrijden. Maar Bols is slim genoeg om dat niet alleen te doen. Hij spant Wolfs voor zijn karretje. En dat belooft een bloedstollende laatste aflevering van seizoen 12 te worden. Deel 2 van de tweedelige seizoensfinale.
Een vrouw komt aangifte doen van de ontvoering van haar kind door Maastrichtse drugshandelaren. Al gauw blijkt er veel meer achter de aangifte te zitten en zijn slachtoffer en daders niet meer uit elkaar te houden. Romeo en Marion krijgen met een vermissing te maken. Een alcoholistische vrouw is verdwenen nadat ze haar huis is uitgezet.
