マナミとアヤカを拉致したキトーは、サラを連れてゴミ処理施設へくるようにシュウに連絡してきた。そこにはキトーの研究室だけでなく、実は核施設もあり、キトーはそれを利用してダイバー・シティ全域を消滅させてしまおうと考えていた。彼女達の救出と全てのケリをつけるためにシュウ達はキトーの元に向かい…。
