Nel momento in cui i Meganoidi decidono di distruggere la Terra scagliandole contro il pianeta Marte, Haran Banjo decide di partire per il pianeta rosso e affrontare una volta per tutte il potente Don Zauker.
Nel lungo e pericoloso viaggio verso Marte, Banjo viene accompagnato da tutti i suoi quattro compagni ognuno al comando di uno dei missili spaziali situati sotto le profondità del mare, ma durante il tragitto verranno tutti colpiti dal nemico e saranno costretti a ritirarsi lasciando da solo il loro leader.
Durante il combattimento finale contro il Megaborg di Don Zauker, in un momento in cui sembra tutto perduto, il pilota del Daitarn 3 sarà incoraggiato da una persona speciale, suo padre, che tenterà di farsi perdonare dal figlio per aver creato quelle terribili macchine. Ma Banjo non abbandona l'odio profondo che nutre per suo padre e riesce a vincere anche l'ultima battaglia solo con le proprie forze. Tornato vittorioso sulla Terra il nostro eroe si chiude misteriosamente nella sua stanza senza voler vedere nessuno, mentre i suoi assistenti abbandonano la villa in cui hanno coraggiosamente tenuto testa ai malvagi meganodi.
La villa di Banjo sfuma sotto la pioggia, mentre Garrison sale su un autobus diretto chissà dove...
Un finale un po' inquietante, commovente ed emozionante per una serie che è diventata leggenda.
火星に巨大な推進装置を取りつけ、地球を目指して移動を開始したメガノイド。それを阻止すべく5機のマサアロケットで出撃した万丈たちは、コマンダー・ダルシア率いるドアンの一団と戦闘を繰り広げる。そして火星に到達した万丈は、ドン・ザウサーと雌雄を決することに！
