世界各國都發生了黑暗組織策動的暗殺事件，與此同時柯南一行人在水族館的雙輪式巨型摩天輪遇到一名受傷的神秘女子。她似乎失了憶，柯南等人決定要幫忙她找回記憶時，灰原發現那名女子有着異色瞳，擔心她的真實身分有可能是黑暗組織的第二號人物「蘭姆」。
另一方面，柯南原本要找尋機會向宿敵逼近，但那名女子在看着摩天輪時卻突然病發，並曝露了她是黑暗組織的一員。就在她被送入警察醫院戒護的不久後，FBI和公安認為時機成熟出動了。
FBI成員赤井調查得知日本警方手上的非官方臥底名單被盜。要是名單落入黑暗組織手裡，潛入組織的卧底公安．安室透與CIA成員水無怜奈的性命將受到威脅。柯南和赤井決定聯手追查這次事件，這時候，在旁的苦艾酒手機突然響起，在電話那頭下達命令的「那一位」竟然是…
Ein Organisationsmitglied möchte an sensible Daten von Spionen der Schwarzen Organisation herankommen, die im Hauptquartier der Polizei gelagert sind. Dabei kommt es zu einer rasanten Verfolgungsjagd, bei der Schüsse fallen.
Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvée par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth1.
En una noche oscura, la policía japonesa es atacada por un espía. Los archivos secretos de diferentes agencias de inteligencia de varios países, como el MI6 inglés, el BDN alemán, la CIA americana e incluso los del FBI, están a punto de ser robados. A su vez, Conan y sus amigos visitan un acuario en Tokio recién restaurado. Bajo la atracción principal, una noria, Conan encuentra a una mujer atractiva, sola y herida, cuyos ojos izquierdo y derecho son de diferente color.
Una NOC eterocromica viene incaricata dall'Organizzazione nera di fare irruzione nella pubblica sicurezza giapponese e accedere ai file segreti classificati su tutte le spie delle agenzie di intelligence che si sono infiltrate. Messa in fuga da Tooru Amuro dopo averli rubati, Shuichi Akai spara alla macchina facendola finire fuori strada. La donna sopravvive all'esplosione, ma soffre di amnesia e il suo cellulare è rotto. Il giorno dopo, Conan, Ai, Agasa e i Detective Boys si incontrano al Tōto Aquarium, un parco divertimenti rinnovato di recente. Sotto il fulcro del parco, un'enorme ruota panoramica, scoprono la donna ferita. Decidono quindi di starle vicino per aiutarla a recuperare la memoria. In agguato e armata, Vermouth sente tutto e contatta Gin per informarlo che è come previsto.
