Conan, Kogoro, Amuro, and Irohazushi chef Wakita arrive at an abandoned church, where a series of murders occur. The group gathers around the four written codes that are the key to solving the mystery, but they struggle to decipher them. Just then, they receive a call from Nagano police inspector Yamato, who is clearing snow from the tunnel. He tells them that they will arrive in about three hours...
柯南、小五郎、安室、“伊吕波寿司”的师傅胁田来到了废教堂，遭遇了公司职员和田以及银行职员川崎被杀害的事件。柯南一行人围绕着四张片假名暗号纸作为解决这一案件的关键，却怎么也找不到解读的线索。此时，正在清除隧道积雪的长野县大和警部打来了电话。听到“再过三个小时左右就去接你”这句话，不顾松了一口气的大家，西野说“在可能有犯人的地方等不了三个小时！”，小五郎对来了这里之后的抽签感到蹊跷，西野对小五郎的话感到很气愤，将自己关在了书房里。
虽然只叫五个同学就好了，但特地指定了四个人的人数。被叫来的柯南等人，开始思考“九”究竟有什么含义。据此，抽签的意义、留下来的暗号的解读方法，以及犯人都被确定了。
就在此时，藤出在书房外面说服西野，西野联系他说：“因为知道了犯人，所以请你一个人通过阁楼来书房。”藤出到达书房后，西野开始了“好像被藤出强行灌下了毒药”的演技。柯南等人也从阁楼里到达那里，开始揭穿至今为止在抽签上使用的骗术。
3시간 뒤에 나가노현경이 도착할 예정이라는 연락을 받고 기뻐한 것도 잠시, 니시노는 자신이 범인으로 의심받자 화를 내며 서재에 틀어박힌다. 친구들이 그가 나오도록 설득하는 동안 코고로 일행은 범인이 9명을 불러 모은 것에 어떠한 의미가 있으리라 보고 그 의도를 파악하려 한다. 한편, 후지데는 서재에 틀어박혀 있는 니시노에게 메일을 받고 몰래 서재에 들어가는데...
Nishino decide encerrarse en la sala de estudio hasta que llegue la policía. Mientras tanto, Amuro piensa que dado que el culpable invitó a nueve personas, debe haber algo relacionado con el número nueve.
La police va bientôt arriver pour secourir le groupe coincé dans l'église abandonnée, mais la situation est toujours extrêmement tendue. Le meurtrier de Wada et Kawasaki est toujours dans la nature et tout le groupe menace de sombrer dans la paranoïa. Nos enquêteurs doivent à tout prix déchiffrer le message caché derrière les grilles encodées s'ils veulent mettre un terme au massacre.
L'ispettore Yamato contatta Kogoro, dicendogli che entro tre ore arriveranno alla chiesa. Nishino decide di chiudersi nello studio aspettando l'arrivo della polizia, avendo paura di essere ucciso.
En Kogoro, en Conan, l'Amuro i en Wakita estan atrapats en una església abandonada on es va suïcidar un noi, juntament amb un grup d'amics del difunt. Mentre busquen missatges xifrats de l'individu misteriós que els ha reunit, dos dels amics són assassinats. Un dels que queden, sentint que la resta el volen inculpar, es tanca en una habitació. Mentrestant, els detectius intenten esbrinar què volen dir els missatges.
