| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S25E01 | コナンと海老蔵 歌舞伎十八番ミステリー（前編） |
January 9, 2016
YTV (JP)
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50 | |
| S25E02 | コナンと海老蔵 歌舞伎十八番ミステリー（後編） |
January 16, 2016
YTV (JP)
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50 | |
| S25E03 | 腹話術師の錯覚（前編） |
January 30, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S25E04 | 腹話術師の錯覚（後編） |
February 6, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S25E05 | かまいたちの宿（前編） |
February 13, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S25E06 | かまいたちの宿（後編） |
February 20, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S25E07 | 県警の黒い闇（前編） |
February 27, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S25E08 | 県警の黒い闇（中編） |
March 5, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S25E09 | 県警の黒い闇（後編） |
March 12, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S25E10 | 安室に忍び寄る影 |
April 16, 2016
YTV (JP)
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| S25E11 | ブログ女優の密室事件（前編） |
April 23, 2016
YTV (JP)
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| S25E12 | ブログ女優の密室事件（後編） |
April 30, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S25E13 | 残念でやさしい宇宙人 |
May 7, 2016
YTV (JP)
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| S25E14 | 消えたフィアンセ |
May 14, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S25E15 | 小五郎、怒りの大追跡（前編） |
May 21, 2016
YTV (JP)
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| S25E16 | 小五郎、怒りの大追跡（後編） |
May 28, 2016
YTV (JP)
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| S25E17 | 待合室の7人 |
June 4, 2016
YTV (JP)
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| S25E18 | 曇柄寺が隠す秘密 |
June 11, 2016
YTV (JP)
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| S25E19 | 容疑者は熱愛カップル（前編） |
June 18, 2016
YTV (JP)
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| S25E20 | 容疑者は熱愛カップル（後編） |
June 25, 2016
YTV (JP)
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| S25E21 | 少年探偵団の雨宿り |
July 9, 2016
YTV (JP)
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| S25E22 | 潮入り公園逆転事件 |
July 16, 2016
YTV (JP)
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| S25E23 | 美女とウソと秘密 |
July 23, 2016
YTV (JP)
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| S25E24 | 死ぬほど美味いラーメン2（前編） |
July 30, 2016
YTV (JP)
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| S25E25 | 死ぬほど美味いラーメン2（後編） |
August 6, 2016
YTV (JP)
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| S25E26 | 不思議な少年 |
August 13, 2016
YTV (JP)
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| S25E27 | ゾンビが囲む別荘（前編） |
September 3, 2016
YTV (JP)
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| S25E28 | ゾンビが囲む別荘（中編） |
September 10, 2016
YTV (JP)
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| S25E29 | ゾンビが囲む別荘（後編） |
September 17, 2016
YTV (JP)
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| S25E30 | 名探偵に弱点あり |
September 24, 2016
YTV (JP)
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| S25E31 | 二度死んだ男（前編） |
October 1, 2016
YTV (JP)
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| S25E32 | 二度死んだ男（後編） |
October 8, 2016
YTV (JP)
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| S25E33 | 仲の悪いガールズバンド（前編） |
October 15, 2016
YTV (JP)
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| S25E34 | 仲の悪いガールズバンド（後編） |
October 22, 2016
YTV (JP)
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| S25E35 | ふんわり気球で怪事件 |
November 5, 2016
YTV (JP)
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| S25E36 | 天狗の声が聞こえる |
November 12, 2016
YTV (JP)
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| S25E37 | 最後の贈り物 |
November 19, 2016
YTV (JP)
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| S25E38 | 雨のバス停 |
November 26, 2016
YTV (JP)
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| S25E39 | ドライブデートの別れ道 |
December 10, 2016
YTV (JP)
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| S25E40 | 探偵団はヤブの中（前編） |
December 17, 2016
YTV (JP)
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| S25E41 |
探偵団はヤブの中（後編）
season finale
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December 24, 2016
YTV (JP)
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| S25E42 | 絶体絶命暗闇のコナン（前編） |
January 7, 2017
YTV (JP)
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| S25E43 | 絶体絶命暗闇のコナン（後編） |
January 14, 2017
YTV (JP)
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| S25E44 | 千葉のUFO難事件（前編） |
January 28, 2017
YTV (JP)
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| S25E45 | 千葉のUFO難事件（前編） |
February 4, 2017
YTV (JP)
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| S25E46 | 姻届のパスワード（前編） |
February 11, 2017
YTV (JP)
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| S25E47 | 姻届のパスワード（後編） |
February 18, 2017
YTV (JP)
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| S25E48 | 恋の地獄めぐりツアー（別府編） |
March 4, 2017
YTV (JP)
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| S25E49 | 恋の地獄めぐりツアー（大分編） |
March 11, 2017
YTV (JP)
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| S25E50 | サクラ組の思い出（蘭GIRL編） |
March 18, 2017
YTV (JP)
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| S25E51 | サクラ組の思い出（新一BOY編） |
March 25, 2017
YTV (JP)
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| S25E52 | 消えた黒帯の謎 |
April 15, 2017
YTV (JP)
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| S25E53 | セレブ夫婦の秘密 |
April 22, 2017
YTV (JP)
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| S25E54 | 米花町二転三転ミステリー（前編） |
April 29, 2017
YTV (JP)
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| S25E55 | 米花町二転三転ミステリー（後編） |
May 6, 2017
YTV (JP)
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| S25E56 | 暗闇の山岳ルート |
May 13, 2017
YTV (JP)
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| S25E57 | 防犯システムの落とし穴 |
May 20, 2017
YTV (JP)
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| S25E58 | 17年前と同じ現場（前編） |
June 3, 2017
YTV (JP)
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| S25E59 | 17年前と同じ現場（後編） |
June 10, 2017
YTV (JP)
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| S25E60 | 霊魂探偵殺害事件（前編） |
June 17, 2017
YTV (JP)
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| S25E61 | 霊魂探偵殺害事件（後編） |
June 24, 2017
YTV (JP)
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| S25E62 | 口の悪い九官鳥 |
July 8, 2017
YTV (JP)
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| S25E63 | 裏切りのステージ（前編） |
July 15, 2017
YTV (JP)
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| S25E64 | 裏切りのステージ（後編） |
July 22, 2017
YTV (JP)
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| S25E65 | 汽笛の聞こえる古書店 |
July 29, 2017
YTV (JP)
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| S25E66 | 断崖に消えたコナン（前編） |
August 5, 2017
YTV (JP)
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| S25E67 | 断崖に消えたコナン（後編） |
August 12, 2017
YTV (JP)
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| S25E68 | ノブナガ四五〇事件 |
September 2, 2017
YTV (JP)
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| S25E69 | コナンと平次の鵺伝説（鳴声編） |
September 9, 2017
YTV (JP)
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| S25E70 | コナンと平次の鵺伝説（爪跡編） |
September 16, 2017
YTV (JP)
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| S25E71 | コナンと平次の鵺伝説（解決編） |
September 23, 2017
YTV (JP)
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| S25E72 | 不思議な予知仏像 |
September 30, 2017
YTV (JP)
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| S25E73 | 機械じかけの目撃者 |
October 7, 2017
YTV (JP)
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| S25E74 | 交差する運命の二人 |
October 14, 2017
YTV (JP)
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| S25E75 | 試着室の死角（前編） |
October 28, 2017
YTV (JP)
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| S25E76 | 試着室の死角（後編） |
November 4, 2017
YTV (JP)
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| S25E77 | 探偵団と幽霊館 |
November 11, 2017
YTV (JP)
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| S25E78 | さざ波の魔法使い(前編) |
November 18, 2017
YTV (JP)
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| S25E79 | さざ波の魔法使い(後編) |
November 25, 2017
YTV (JP)
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| S25E80 | 絵本から飛び出す爆弾魔(前編) |
December 2, 2017
YTV (JP)
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| S25E81 | 絵本から飛び出す爆弾魔(後編) |
December 9, 2017
YTV (JP)
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| S25E82 | 謎解きは喫茶ポアロで(前編) |
December 16, 2017
YTV (JP)
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| S25E83 |
謎解きは喫茶ポアロで(後編)
season finale
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December 23, 2017
YTV (JP)
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