Der berühmte Störtebeker-Schädel wurde aus dem Museum für Hamburgische Geschichte gestohlen. Auf der Flucht vor der Polizei stürmt der Dieb mitten in die Eröffnungsfeier des neuen Kontorcafés von Sophies und Emmas Eltern. Doch als kurz darauf die Polizei erscheint, ist der Dieb wie vom Erdboden verschwunden. Anstatt im 100. Pfefferkörner-Fall zu ermitteln, streiten sich die Pfefferkörner, weil Sophie Themba nicht zur Eröffnung eingeladen hat. Sie ist eifersüchtig auf Alisa, aber das gibt sie natürlich nicht zu. Zwischen den Pfefferkörnern kommt es zum Eklat. Emma bleibt nichts anderes übrig, als alleine zu ermitteln. Unterdessen geraten ihre Eltern unter den Verdacht, alles aus Publicity-Gründen selbst inszeniert zu haben. Am nächsten Tag entdecken Sophie und Emma das Unglaubliche: Der Dieb hat den Störtebeker-Schädel auf seiner Flucht unbemerkt in ihrer Küche versteckt. Plötzlich bekommt Sophie eins über den Kopf gebraten. Als Emma ihr mit Hannes zur Hilfe eilt, ist Störtebekers Kopf das zweite Mal verschwunden. Werden die Pfefferkörner ihn wiederfinden?