若い医師が離島での医療活動に奮闘する。健助（吉岡秀隆）は、みずから志願して志木那島へ赴任。しかし、住民の医師不信により、診療所には誰も寄りつかない。ある日、島の漁師・原（時任三郎）の息子・剛洋（富岡涼）が激しい腹痛を訴え、原は本島へと船を出す。だが、一刻を争う病状だと悟った健助は、原の船に島の看護師・星野（柴咲コウ）とともに乗り込む。
“コトー”と島の子供に呼ばれるようになった健助（吉岡秀隆）。ある日、助産婦・つる子（千石規子）の目頭に高脂血症の人特有の黄色腫を見つける。コトーは、診療所へ来るよう提案するが、つる子はあっさり拒否。あきらめきれずにつる子の自宅へ押しかけると、本土からつる子を迎えにきた息子・誠（國村隼）と鉢合わせに。つる子は「2人とも帰れ」と息巻くが、その拍子に吐血してしまう。コトーは腹部の血管の腫れを確認。破裂する前に本土の病院へ運ぼうとするが、つる子は島を出たくないとごねる。
コトー（吉岡秀隆）がつる子（千石規子）を助けてから、診療所は島の人々であふれかえるように。そんな中、コトーは妊婦・ゆかり（桜井幸子）の足を触診。数日後、ゆかりが妊娠中毒症で運び込まれる。妊婦について知識の浅いコトーは、以前の恋人で大学病院に勤務中の咲（石田ゆり子）に相談。咲は、子供をあきらめ、母体を救うためにすぐ手術をするよう勧める。
コトー（吉岡秀隆）の診療所に、咲（石田ゆり子）の後輩・ゆき（木村佳乃）が現われる。彩佳（柴咲コウ）はコトーになれなれしくするゆきが気に入らない。そんな中、島にゴミ処理場建設を企てる代議士・芦田（竜雷太）が島出身の秘書・純一（井澤健）と来島、純一の実家を訪れる。その際、母・広子（白川和子）にけがを負わせるが、広子のことばに従い、手当てせずに放置してしまう。
代議士の芦田（竜雷太）が島にゴミ処理施設建設を訴える演説中に倒れた。芦田を診断したコトー（吉岡秀隆）に病名を聞いた娘のゆき（木村佳乃）は、今は父に病名を伏せたいと懇願。病名を教えてもらえない芦田は、命が長くないのではと思い込む。一方、芦田が倒れたと知った広子（白川和子）は、足のけがが完治していないにもかかわらず、病院を抜け出し、芦田のため神社へお札を取りに向かう。また、訳あって息子・竜一（神木隆之介）と離れて暮らす茉莉子（大塚寧々）のもとに、竜一が行方不明だという連絡が入る。
茉莉子（大塚寧々）の息子・竜一（神木隆之介）が島にやってきた。だが、茉莉子は竜一に会おうとせず、コトー（吉岡秀隆）が診療所で預かることに。気を利かせた原（時任三郎）は剛洋（富岡涼）に竜一と遊んでやるように言う。だが、剛洋が目を離したすきに竜一は道に迷ってしまう。捜しにいったコトーと剛洋は竜一を発見するが、竜一とともに、コトーもけがをしてしまう。
盆を迎え、東京で美容師として働くひとり娘・リカ（伊藤歩）の帰省を上機嫌で待ちわびる重雄（泉谷しげる）。だが、帰省したリカの大きなおなかを見て逆上。コトー（吉岡秀隆）におなかの中を調べるよう命令する。一方、幼なじみの彩佳（柴咲コウ）が事情を問うと、リカは結婚するつもりだった男性の子供を妊娠したが、ひと月前に男性がいなくなり、途方に暮れて島に戻ってきたと告白する。話を聞きヤケになった重雄は、台風が接近している海に船を出し、行方不明に。そしてリカも破水してしまう。
コトー（吉岡秀隆）のかつての恋人・咲（石田ゆり子）が来島した。コトーは、急な訪問に驚く一方、懐かしさも抱く。そんな中、島の老人・明夫（今福將雄）のがんが発覚する。明夫は顔も知らない医者ではなく、コトーに手術を依頼したいと懇願。悩んだすえ、コトーは助手に咲を指名し手術に臨む。しかし、切開した明夫の腹の中は、もはや手遅れの状態だった。
島に記者・巽（津田寛治）が現われた。巽は住民にコトー（吉岡秀隆）の島での医師生活を聞いて回り、コトーが昔、女子高生を見殺しにしたという記事のコピーを住民に配布。住民はコトーに不信感を募らせる。コトーは、星野（小林薫）のはからいで事情を説明することに。そんな中、会場に向かった巽と、それを阻止しようとする子供たちが土砂崩れに遭遇し負傷する。
コトー（吉岡秀隆）は、記者・巽（津田寛治）に続き、信一（斉藤大貴）の手術も成功させた。島に安堵感が広がる中、信一の父・山下（納屋真大）だけは、信一よりも巽を優先したコトーを許せない。重雄（泉谷しげる）は、山下が信一の苦しむ姿を思い出し苦悩するのを見かね、コトーに島を出て行くよう言い渡す。そんな中、コトーは東京から患者の手術依頼の電話を受ける。
かつて勤めていた大学病院から、担当していた患者の執刀を依頼されたコトー（吉岡秀隆）。だが、その患者は悪性の胃がんを患い、手術成功の可能性が極めて低い。咲（石田ゆり子）は、大学病院の医師らが手術に失敗したときの罪をかぶせようとしているのだとコトーに告げる。一方、コトーを島に呼んだことに責任を感じる星野（小林薫）は胃の痛みを訴える。
離島医療の現状を描くドラマの続編。志木那島診療所の看護師・彩佳（柴咲コウ）は、理学療法士学校の下見という口実で、東京の総合病院へ検診を受けにいく。帰路、フェリーで村長（坂本長利）が乗客とのいざこざで意識不明の重体に。彩佳は動揺するが、無線で医師・コトー（吉岡秀隆）の指示を受け処置を試みる。
彩佳（柴咲コウ）の病気を知ったコトー（吉岡秀隆）は、島で彩佳の病気を治そうと決意し、東京の病院から彩佳の資料を取り寄せた。コトーに治療方法を説明された彩佳には、島を出るか残るかで迷いが生じる。そんな中、新しい看護師・ミナ（蒼井優）が往診に行った直後、島民・左千夫（石橋蓮司）の家から火の手が上がる。
島で健康診断を行うことになった。採血の際、島民はミナ（蒼井優）の技術を疑問視し、コトー（吉岡秀隆）の方ばかりに並ぶ。そんな中、ひな（尾崎千瑛）だけはミナに採血をしてもらう。だが翌朝、ひなの腕にあざができ、口からは出血が。ひなの母・小百合（神野三鈴）は採血が悪かったことを理由に、ミナを責める。
島の豊漁祭が近づく。2年前の祭りの際、不注意で妻・昌代（朝加真由美）の病気に気付けなかった正一（小林薫）は落ち込む。重雄（泉谷しげる）は慰めようとするが、悲観的な正一にいら立ちケンカに。二人は、昌代の回復の見込みを聞くためコトー（吉岡秀隆）の元へ。一方、多額の借金を抱えた原（時任三郎）は悩んでいた。
夏休みを利用して、再会を果たした剛利（時任三郎）と剛洋（富岡涼）。剛利は剛洋にツライ現状を隠していたが、茉莉子（大塚寧々）が剛利の職場に所在を問い合わせたことで、多額の借金が発覚してしまう。重雄（泉谷しげる）をはじめ、かつての漁師仲間が剛利を助けようとするが、海を捨てた負い目のある剛利は意地になり、仲間に暴言を吐く。また、剛洋も進学校の授業についていけず苦悩。が、必死に働く父親を前に悩みを打ち明けることはできなかった。
原（時任三郎）は働くために本土へ戻った。剛洋（富岡涼）は、学費のことで父に苦労をかけていると知り、学校をやめて島に戻りたいとコトー（吉岡秀隆）に語る。一方、島では、家族が負担できない学費を島で補う奨学金制度を設けようという動きが。そんな中、剛洋の友人・邦夫（春山幹介）が命の危険を伴う腸閉塞で倒れる。
体調不良を訴えるゆかり（桜井幸子）に悪性腫瘍が見つかった。コトー（吉岡秀隆）はゆかりと、夫の坂野（大森南朋）を呼び、そのことを伝える。島の設備は限られていたが、ゆかりはコトーに手術の執刀を依頼。後日、コトーらは入念に準備をして手術に臨む。だが、コトーは開腹部を見て、手を止めてしまう。
原（時任三郎）は、剛洋（富岡涼）が東京で彩佳（柴咲コウ）に会ったと聞いた。彩佳の病気のことを知った原は、コトー（吉岡秀隆）に相談。だが、コトーは彩佳の気持ちを考えて、星野（小林薫）には黙っていてほしいと伝える。そんな中、コトーの力強い励ましの言葉を胸に、ゆかり（桜井幸子）は抗がん剤治療を開始する。
ミナ（蒼井優）の夫・知明（忍成修吾）が島を訪れた。その夜、茉莉子（大塚寧々）は体中あざだらけのミナを発見。ミナを診察したコトー（吉岡秀隆）は、知明にやられたと推測。コトーが聞くと、ミナは今まで何度も暴力を受けていたことを告白する。だが翌日、コトーは知明に「ミナには妄想癖（もうそうへき）がある」と告げられる。
正一（小林薫）は、コトー（吉岡秀隆）が彩佳（柴咲コウ）の病気を隠していたことに激怒した。後日、正一は彩佳を訪問。が、彩佳は正一を見ているとやるせなくなり、「放っておいて」と冷たく突き放す。一方、コトーは原（時任三郎）に、彩佳を東京に行かせたことと、正一に事実を隠していたことをずっと後悔していたと告げる。
彩佳（柴咲コウ）の手術が目前に迫っていた。コトー（吉岡秀隆）は彩佳の主治医・鳴海（堺雅人）から「会わせたい人がいる」と東京に呼び出される。そして手術当日、島民たちが心配する中、正一（小林薫）は昌代（朝加真由美）を連れて彩佳の元へ駆け付ける。
退職願を残して島を離れた五島健助（吉岡秀隆）は、以前勤務していた大学病院からの手術の執刀依頼に応えるべく東京へと向かう。 そして、胃がんを発症しているかつての担当患者の困難な手術に挑む。 その手術で、健助の後輩である三上新一（山崎樹範）が助手を務めることになった。患者の手術前の細胞診の結果をわざと誤って健助に伝える三上。手術開始後に発覚したその事態にも、健助は気を取り直し冷静に対処し、見事成功に導いた。 手術後、先端医療からはずれたあなたがまさかこれほどのオペを・・・、と語りかける三上に対し、大学病院で働くことはすばらしいことだが、“そうでない場所”でも、医師として学ぶことは沢山ある、と健助は話す。 その後、北海道の離島の診療所に赴任した三上だったが、なかなか島に溶け込むことができずにいた。 そんなある夜・・・。
五島健助（吉岡秀隆）の後輩、三上（山崎樹範）はコトーの言葉により自分もへき地医療に携わるべく北海道の離島へと赴任した。 町外れにある古い診療所で、看護師の北見康代（キムラ緑子）の助けを借りつつ医療に取り組む三上。しかし、島民たちの命を一人で預かることへの重圧もあり、なかなか島に溶け込むことが出来ずに苦しんでいた。志木那島に着任当時の健助は一体どうだったのだろうか？と思いをはせる三上。 その頃、健助は志木那島で日々の診察に追われていた。そんなある日、健助に三上からの手紙が届いた。大学病院ではない場所でも、医師として学ぶことはたくさんある、という健助の言葉の意味が知りたくてたった一人で島に赴任してきたことを告げ、自分の現在の苦しい現状と、志木那島への着任当時の健助の気持ちを尋ねる三上。 そんな三上に対して健助は・・・。
志木那島にコトー（吉岡秀隆）がやって来て１年が経った。彩佳（柴咲コウ）、和田（筧利夫）と共にやっている診療所も順調、彩佳の両親、正一（小林薫）と昌代（朝加真由美）は重雄（泉谷しげる）も巻き込み、コトーと彩佳の結婚を考え始めたりもしている。そんな中、島に新任の教師・小沢（光石研）が赴任。剛洋（富岡涼）は小沢の一人娘・ひな（尾﨑千瑛）に一目ぼれしてしまう。そんな中、島は豊漁祭の日を迎え、診療所は多くの急患を抱えることに。やっとのことですべての診療を終え家に帰った彩佳は、母・昌代が倒れているのを見つける。
豊漁祭の日、コトー（吉岡秀隆）の元に運ばれた昌代（朝加真由美）は一命は取り止めたものの、重い後遺症が残った。彩佳（柴咲コウ）は、コトーに負担がかかると本土の病院へ転院させることを考え始める。正一（小林薫）は妻の異変に気付かなかった自分を責めて・・・。一方、剛洋（富岡涼）の医者になりたいという夢をかなえてやりたい父・剛利（時任三郎）は・・・。