物理学者ハインツの殺害容疑で追われるエリスには、裏社会で巨額の賞金がかけられていた。 女賞金稼ぎのナディは、メキシコの田舎町でエリスを見つけるが、他の賞金稼ぎからエリスを守っているうちに、なりゆきでエリスとともに南の地を目指すことになる…。
エリスとナディは壊した機材を弁償するため、ダイナーで働くはめに。 店主のフリーダはナディが賞金稼ぎであることを知ると、つれない態度をとる。 いっぽう、エリスの後を追う賞金稼ぎが、二人がダイナーにいることを嗅ぎつけ…。
雨の中、山道で立ち往生してしまったエリスとナディは、近くの空き小屋に転がり込み、雨宿りをすることに。だが、二人にジープを盗まれたオカマの賞金稼ぎコンビが、二人の後を追って小屋の近くまで迫っていた…。
オカマコンビに追われ、修道院に逃げ込んだエリス＆ナディ。追い詰められた二人を救ったのは、年老いた修道院長と修道女たちだった。いっぽう情報局では、会計監査課のジョディが、密かにローゼンバーグの行動を内偵しはじめ…。
ジープの修理のため、とある山間の村に立ち寄ったエリス＆ナディ。村の娘・リタは、ナディに自分を町に連れて行ってくれと頼むが、ナディは取り合わない。行商人のホセは、そんなリタにとある相談をもちかける…。
町に到着したナディは、伊達男のマリアッチ、ミゲルと再会する。いきなりミゲルの顔面にパンチを見舞うナディ。ナディは少女時代、ミゲルに金を騙し取られたことがあったのだ。しかしミゲルはめげる様子もなく、ナディを再び酒場へ誘う。ミゲルの厚顔ぶりに呆れながらも、どこかミゲルのことが気になってしまうナディだが…。
野宿続きのエリスとナディは、ちょっと贅沢してホテルに泊まることに。二人はそこで、リカルドの帰りを待つリリオと出会う。妙になついてくるリリオの相手をする羽目になる二人。そのころリカルドは、なぜかL・Aの後を追っていた…。
マフィアの抗争に殺気立つ町で、ナディが流れ弾を食らって負傷してしまう。しかし、エリスの能力が発動したおかげで、無事に弾丸は摘出され、ナディは難を逃れる。その様子を見ていたサンチェスは、エリスをマフィアのボス・エンリケの屋敷に連れていき…。
追手から逃れようとするうち、うっかり廃坑に紛れ込んでしまったエリスとナディは、伝説の「銀の十字架」を探し続ける奇妙な少女・イリスと出会う。イリスからガソリンと水を分けてもらった二人は、お返しとばかりにイリスの発掘を手伝うが、賞金稼ぎが廃坑に現れて…。
街角でチンピラにからまれていた男・アントニオを救ったナディとエリスは、アントニオと妻のマルガリータが経営するタコス店に世話になることに。二人のラブラブっぷりに呆れながらも、暖かい眼差しを向けるナディだが、アントニオにはマルガリータに言えない秘密があった…。
南へ向かうエリスとナディは、ナターリアという女を魔女として崇める怪しげな村を通る破目に。そこでナディは、ナターリアがかつて世間を騒がせた超能力少女・ナスターシャであることに気づく。いっぽう、ナターリアはエリスに不思議な能力があることを知り…。
とある町に着いたナディとエリスは、妙な扮装を身にまとった刺客たちの襲撃を受ける。車を蜂の巣にされた二人は、運良くオルテガという青年の改造バンを見つけて乗り込むが、オルテガは妄想気味の武器オタクだった。エリスに気を惹かれたオルテガは、二人に協力を申し出るが…。
謎の追手の猛攻を逃れて、ようやく目指す地にたどりついたエリス＆ナディ。しかし、そこは荒れ果てたゴーストタウンだった。廃墟の真ん中にそびえる塔に、なぜか引きつけられるエリス。そこに特殊部隊の兵士たちが現れ、銃撃戦の中でエリスとナディははぐれてしまう。一人きりになったエリスの前に現れたのは…。
森と湖に囲まれた山荘。そこでは、若き物理学博士ハインツ・シュナイダーと、検体であるエリスが暮らしていた。成長とともに自我の芽生えていくエリスにとまどうハインツに、それとなく示唆を与えるローゼンバーグ。やがて、エリスとハインツはお互いに、研究者と検体の立場を越えた感情を抱くようになる。だが、それはローゼンバーグの仕組んだ悲劇の幕開けでもあった…。
政界との癒着が暴かれ、失脚するローゼンバーグ。あっけない幕切れに疑問を抱きながらも、ブルーアイズはエリスの回収を指示する。いっぽう、エリスの出生にまつわる真実を知ってしまったナディは、エリスにそのことを話すべきかどうか躊躇するが、そこにリカルドとリリオが現れ…。
ブルーアイズとの契約を破棄して、自らの意思でエリスと行動をともにすることにしたナディ。だが、ブルーアイズに銀行口座を凍結されてしまい、手持ちの金が底をついてしまう。手っ取り早く現金を稼ぐため、やむなくバイトを始めるナディとエリスだが、そこにL・Aが現れ…。
しょせん急場のバイトも身につかず、ナディは手っ取り早く賞金稼ぎで金を稼ぐことにし、賞金首のゲレーロを追うことにする。だが、ローゼンバーグの失脚によってクライアントを失ったリカルドも、同じターゲットを狙っていることを知り…。
ささいな行き違いから、エリスの機嫌を損ねてしまうナディ。しっくりこない雰囲気のまま、二人は謎めいた老人がたった一人で切り盛りする宿にたどりつき、そこで一夜を過ごすことになる。ところが、リカルドたちがまるで後を追ってきたかのようにその宿を訪れ…。
ひょんなことから夫婦と勘違いされ、高級レストランでのディナーを楽しむ羽目になったナディとリカルド。いつもの軽口をたたきながらも満更でもなさそうなナディの様子に、エリスはなんとなく面白くない。いっぽう、エリスの回収を企むブルーアイズ一派はナディたちの動向を把握し、レストランを監視していた…。
警官に言いがかりをつけられ、留置場に放り込まれてしまったナディ。エリスはナディを助けに警察署に乗り込もうとするが、リカルドは冷静になれとエリスを説得する。しかし、警察官の背後ではL・Aが糸を引いており…。
エリスの強行確保に今ひとつ踏み切れないブルーアイズ。彼女が故意に作戦を引き延ばしているのではと疑う議長は、ナディを排除してエリスを確保するよう最後通告を与える。やむなくライフルを抱いて、ナディ狙撃をもくろむブルーアイズだが…。
謎めいた老人から、魔女の村にまつわる伝説を聞くナディは、その村こそウィニャイマルカに違いないと確信し、エリスとともにその村に向かうことにする。いっぽう、機が熟したことを悟ったローゼンバーグは、恋人を残し現地に旅立つのだった…。
エリスの発動に巻き込まれ、負傷してしまったナディに、ブルーアイズは秘められた魔女の秘密とローゼンバーグの目的を話す。過去の確執を超え、互いの真意を確かめ合うナディとブルーアイズだったが、エリスはナディをこれ以上巻き込むことを恐れ、ひとり姿を消してしまう…。
ついに姿を現したローゼンバーグに、傷ついたナディは抵抗することができない。ナディの危機を救ったのはリカルドだった。リカルドはローゼンバーグを撃とうとするが、エリスのために真実を知りたいナディはリカルドを止める。その場を逃れたローゼンバーグは、L・Aにリカルドを倒すよう命じ…。
最後の決着は二人だけでつけようと誓いあったエリスとナディは、ついにウィニャイマルカに辿りつく。しかし、待ち構えていたローゼンバーグの罠にはまり、エリスは覚醒を始めてしまう。意識が薄れていく中、エリスがナディに頼んだこととは…。
全てが終わり、残された人々はそれぞれの生き方を見出し、新しい生活を始めていた。それぞれの旅を終えて、自分たちの居場所を見出した人々。でも、何かが足りない。それに気づいたとき、人はまた新たな世界を求めて旅立つのだった…。
