At a Neo UN development base, Yukie is being tested to pilot the Fafner Mark Nicht, however Idun, who has taken human form, assimilates Yukie and destroys the development facility. Kazuki, Maya, and Canon are unable to bring Kenji back to the Alvis base, following Mamoru's death. Soushi, still in the Siegfried System, faces his past. Kazuki, assisted by Tsubaki, tries to save Soushi. However, Idun suddenly attacks the island and attempts to assimilate the entire base. Though Maya, Michio, and Canon intercept, they are easily defeated. Michio then activates the self-destruction sequence and attempts to ejects, but he is captured and dies in the blast. Also, Soushi disappears, along with the Siegfried System, infuriating Kazuki.
スカラベ型の攻撃によって、フェストゥムが基地に張り巡らせた触根。そこに捕らえられたままのジークフリード・システムを助けるため、一騎はファフナーとの同化を促進する薬剤を投与する。乙姫と協力して、総士を救助しようとする一騎。しかしその時、イドゥンが駆るファフナー・マークニヒトが竜宮島を襲い…。
En una base de desarrollo de Neo ONU, Yukie está siendo probado para pilotar el Fafner Mark Nicht, sin embargo Idun, que ha tomado forma humana, asimila a Yukie y destruye la instalación de desarrollo. Kazuki, Maya y Canon no pueden llevar a Kenji de regreso a la base de Alvis, luego de la muerte de Mamoru. Soushi, todavía en el Sistema Siegfried, se enfrenta a su pasado. Kazuki, asistido por Tsubaki, intenta salvar a Soushi. Sin embargo, Idun ataca repentinamente la isla e intenta asimilar toda la base. Aunque Maya, Michio y Canon interceptan, son fácilmente derrotados. Michio luego activa la secuencia de autodestrucción e intenta expulsarlo, pero es capturado y muere en la explosión. Además, Soushi desaparece, junto con el Sistema Siegfried, enfureciendo a Kazuki.
