Der Ozeanograf Scott Emson will in dem Schutzgebiet der Coral Key Parks ein Abwehrmittel gegen Haie testen. Um dies zu realisieren, muss er ganz nah an die gefährlichen Haie heran. Da Flipper die Tiere provoziert, lässt er ihn kurzerhand einschließen. Doch dann, kurz vor einem Tauchgang des Teams von Emson, stellt sich heraus, dass die Tauchflaschen mit einem giftigen Gas statt mit Sauerstoff gefüllt sind. Gerade rechtzeitig können die Taucher den schrecklichen Fehler verhindern, nur Emson ist schon vorausgegangen und ahnt nichts von der Gefahr. Jetzt soll Flipper ihn suchen und warnen. Als er den Taucher findet, springt dieser gerade ins Wasser.
