Ｏ記跟蹤沛國軍火商到演唱會進行交易，期間沛國流亡公主與同黨企圖搶奪懷疑裝有軍火的手提箱，並發生槍戰，Ｏ記要求飛虎隊支援；碰巧現場有阿軒等飛虎隊成員被脅持做人質，范Sir要求阿軒等人裡應外合，救出所有人質。
要放走很可能跟化武交易有密切關係的Pat先生，何家寶很不甘心。不斷努力找證據，但上級還是命她護送Pat先生去機場回國。途中遇到一幫匪徒企圖劫走Pat先生，與飛虎隊展開激烈駁火，匪徒事敗逃走。
子樂死裡逃生，決定向曉欣表白，卻被當眾拒絕。國際反恐專家Andrew Scott來港與飛虎隊進行演練，少鋒和偉樺發現他正極力隱瞞自己與沛國之間的過去。恐怖組織瓦干布發動襲擊，拉扯出該國皇室與Andrew的秘密…
飛虎隊與恐怖分子展開槍戰，雙方猛烈駁火，范少鋒與小魚被夾攻，退到沒有掩護的升降機裡，最後被恐怖分子的火箭筒擊中，范少鋒不幸陣亡，小魚亦昏迷不醒，嘉軒被子樂及部分隊員質疑當時沒有及時開槍擊殺敵人。
張嘉軒和高子樂面對展Sir的高壓訓練，化干戈為玉帛，希望能帶領整隊兄弟留下來，不被趕出飛虎隊；張嘉軒表面上雖然像沒事人，但是警隊心理學家希望他能處理好內在陰影，這樣才會變得更強大。
阿樂和阿軒仍為飛虎隊受重創一事耿耿於懷，偉樺和俊飛分別勸解他們要堅強地面對；三大毒梟全軍覆沒，俊飛認為跟瓦干布有關，於是從販毒集團開始調查；博文召集警隊各部門精英加入Ｓ小隊，專責對付瓦干布。
家寶、嘉軒潛入財務公司主席羅智勇的辦公室，想在他的電腦中找地下錢莊與瓦干布的交易資料，不料羅智勇突然折返，兩人險些被發現，S小隊也只好提前結束行動。許森到醫藥公司面試，卻突然闖入了杜文彬的會議室…
俊飛和博文之間的關係仍然緊張，子樂出面試探，俊飛拒絕透露任何資訊。嘉軒和家寶潛入羅智勇家裡舉行的派對，家寶犧牲色相拖住羅智勇，嘉軒成功在他的電腦安裝病毒程式，以便追蹤交易詳情。但此時二人身分曝光…
時間倉卒，警方仍未查到瓦干布的位置，但成功癱瘓伺服器，把羅智勇匯入瓦干布的資金攔截下來；家寶和嘉軒一起喝酒後發生了一夜情，兩人強裝鎮定；羅智勇躲了起來，S小隊決定監視他在香港的情婦，希望能找出他。
Leo希望杜文彬可以幫他製造DH2，但不得要領。一不做二不休之下綁架了杜以盈，卻被高子樂目擊；高子樂到醫院探望小魚，小魚卻已不認得他；子樂回憶起自己到飛虎隊的首天，得到小魚的鼓勵的事。
S小隊繼續以O記名義調查以盈被綁架事件；Leo要求文彬到指定地方交出DH2，Leo得知文彬手中的DH2是假的，他脅迫文彬講出真正的DH2在哪裡；此時飛虎隊攻入瓦干布藏匿的地方，並成功救出文彬和以盈，不過卻讓Leo和Renee逃脫。
俊飛開槍打傷了Renee，此時飛虎隊趕到抓了Renee，Leo逃走，而俊飛逃離現場時被展博看到。被打了毒針的杜文彬住院幾日後康復出院。S小隊開始調查DH2究竟在不在杜文彬手上。嘉軒邀許森回家跟軒父母一起吃飯，不禁憶起往事。
沛國提出申請，要求把Renee引渡回國受審。曾在難民營與年幼的Renee有一面之緣的頌昕出面，希望能讓Renee打開心扉透露資訊，以便抓住真正幕後主腦。文彬的抗毒劑有了重大突破，卻在發佈會當天被另一間公司搶先公佈…
許森下班回家，發現有人跟蹤，原來是潔怡希望約他做訪問；Leo綁架了12名人質，威脅警方釋放Renee；趁著博文等人受到誤導而前往摩星嶺的石屋，Leo就前往醫院打算劫走Renee，同時阿寶亦受到指示準備把Renee轉移到別處…
高子樂辭職，想用自己的方法調查瓦干布事件，他當上杜以盈的保鏢；同時警方也沒有放棄追查製造和販賣化武的幕後黑手；董啟超與杜文彬在一慈善活動上相遇，兩人明爭暗鬥，董啟超就是要趁人多時好好教訓杜文彬。
子樂利用以盈進去文彬的公司調查DH2；董先生想把許森挖角，但被婉拒，許森更利用潔怡去調查董先生；嘉軒和家寶跟蹤金先生，家寶卻遭金先生襲擊；金先生再跟文彬見面，但文彬再表明單憑自己難以造出金先生需要的東西。
杜文彬對抗毒劑研究進展緩慢很不滿，許森提出只要有過往的資料和數據，進展會大大加快。於是杜文彬帶許森前往P3實驗室，說起當年發生的事和已下落不明的蔡肇培。小魚病情突然惡化離世，令子樂大受打擊。
許森曝露出自己是董啟超私生子的身分，提出與他合作找出蔡肇培的下落，並利用杜文彬來做掩飾，成為兩人的替罪羊。蔡肇培在醫館接受治療期間被JJ派出的人找到，驚險之際張嘉軒出現，把他帶回警署…
許森趁機向張嘉軒套話，得知警方正在調查杜文彬的事。保安局在壓力下答應將蔡肇培移交給國際反恐組織，但俊飛並沒有按照慣例把他帶回總部。文彬趕去和金智海見面，嘉軒和家寶一直跟蹤，文彬發現後拚命甩掉他們…
高子樂發現杜以盈乘坐的車上有血跡，覺得可疑，卻在許森的舉報下，拿不到行車記錄儀的紀錄；嘉軒回憶起與許森一起長大的故事，許的神祕面紗慢慢揭開；Mike發現有人跟蹤他，跟蹤者還很快被滅口，一切矛頭指向Mike。
Mike涉嫌一宗謀殺案而被通緝，Mike向Don堅稱被陷害；博文問敏莉有否見過Mike，她稱沒有；素筠向敏莉表示自己患有漸凍症，希望她不要告訴博文；嘉軒和家寶調查許森的背景，發現收養他的濟群會有問題，於是再深入調查。
許森假意送李惠蘭和蔡肇培離開，途中惠蘭被殺手殺害，肇培大受打擊。在許森勸說下，蔡肇培終於答應製作DH2。杜文彬將股份轉給妹妹，使她成為裕天董事會主席。杜以盈請高子樂購買竊聽器來監聽杜文彬的一舉一動。
偉樺執意要證明俊飛清白，不僅令他與博文的友情出現裂痕，甚至與芷倩的夫妻關係也備受挑戰。董啟超和Alden Pat正要交易，S小隊突襲行動，Alden Pat被JJ槍殺，董啟超亦身受重傷。此時許森才向垂死的他道出一切…
董啟超的屍體被警方找到，S小隊審問JJ，她聲稱對工作的事毫不知情；潔怡發現JJ在許森家裡，立即質問他是否故意借自己來對付董啟超再跟JJ在一起；S小隊被要求解散，博文只爭取到兩星期的時間繼續調查化武的事情。
Mike跟蹤Taylor，險中他的圈套，幸好Don和博文先後趕至，大家才能化險為夷；博文得知妻子患了不治之症，為自己對她的忽略內疚不已；蔡肇培越研究DH2就越於心不安；Taylor得不到自己組織的信任，趕到醫院想對Mike下毒手。
Tyler自殺後，眾人發現他身上也有組織紋身；軒覺得森的出現不是巧合，決定去試探，之後終於證實森也有此紋身；Mike與文等人冰釋前嫌，並協助他們查案；盈不想再查文彬在背後做什麼，但意外發現樂跟軒瞞著她繼續調查。
許森知道嘉軒已經發現他的身分，於是假裝願意跟警方配合。許森和嘉軒被同樣想得到DH2的東歐黑幫頭目伊萬捉住，對他們嚴刑逼供。後來他們找到機會負傷逃走，伊萬等人窮追不捨，兩人無路可逃一起跳進大海。
許森用最後一口氣把嘉軒推到岸邊，卻從此下落不明。蔡肇培成功研製出DH2，掙扎著到底什麼才是正確的決定。JJ指責George和組織無心搜救許森，二人爭執之際警方出現，JJ被捕，George成功逃走。此時特工金先生即將抵港…
杜文彬在蔡肇培幫助下取得DH2去交易，金智海驗貨後同意讓筱玥離開，但要求文彬留下協助量產DH2，筱玥與文彬拚命逃跑，警方亦同時來到；金智海帶著DH2離開的途中，車子出問題發生相撞，隨後趕到的嘉軒發現車內的DH2洩漏…
(大結局)警方收到消息，人跡罕至的藍州，有可疑人士在島上活動，S小隊趕到藍州，發現許森就在島上做實驗；雙方展開了激烈的搏鬥…半年後，一眾人士又來到浩園，在已犧牲的警察面前，大家誓言要繼續保護香港這個深愛的城市。