その日、アオイ＝カズヤは、リミッターとなるべくウエスト・ゼネティックスに降り立っていた。その目の前に突然、武器を手に戦う女生徒達が現れる。 それは、パンドラの公式模擬戦の最中なのだったが、その中の一人、サテライザー＝エル＝ブリジットの姿に、カズヤは死んだ姉の姿を重ねてしまい、思わず抱きつくのだったが───
模擬戦中にサテライザーに抱きついた為、彼女を学年1位から転落させてしまったカズヤは、責任を感じ謝ろうとする。 周囲が制止する中、“接触禁止の女王”と呼ばれるサテライザーの手を握ってしまうカズヤだったが、噂とは裏腹に彼女は顔を真っ赤にして固まってしまうのだった。しかしそこに、ガネッサが挑発に現れ───
サテライザーの事が忘れられないカズヤは、食堂で出会ったものの逃げてしまった彼女を追いかけ、屋上にいるのを発見する。そしてやっと言葉を交わし、彼女の優しさに触れたカズヤは、自分をリミッターにしてくれ、と彼女に申し込むのだった。しかし、そこに「リミッター食い」と噂される3年生のカンナヅキ＝ミヤビが現れて───
カズヤのフリージング能力によって、ミヤビとの戦いにも、勝利したサテライザー。それは、3年生全体を敵に回してしまう事に。そして、3年生7位のイングリッド・バーンシュタインに、全力で罰する事を宣言されてしまう。その事を聞いたカズヤは、再び、リミッターになる事を申し出るのだったが、断られてしまい───
カズヤに触られても大丈夫だと気付いたサテライザーは、洗礼をしない事を条件にカズヤをリミッターとして受け入れ、カズヤも逸れに同意するのだった。そしてその日の夕方、カズヤは“初部屋入り”を行う為に女子寮に向かっていると、道に迷っていたチベットからの編入生ラナ＝リンチェンと出会うのだったが───
オードリー達のリンチを受け気を失ったカズヤが翌朝、病室で目を覚ますと、自分に覆いかぶさって眠るサテライザーがいた。二人の距離は確実に縮まっていたのだった。一方、カズヤを助けたラナは、カズヤの優しさとその能力に、彼を“運命の殿方”と心に決めていた。そしてカズヤにアタックを始めるのだったが───
3年生に騙され、サテライザーに勝負を挑んだラナだったが、カズヤの登場で誤解は解かれるに至る。けれどそこに3年生達が現れ、サテラ VS アーネット、ラナ VS クレオの死闘が始まってしまう。そして、3年生のハイエンドスキルに地に伏してしまったサテラの脳裏には、幼い頃の忌わしい記憶が呼び覚まされるのだった───
3年生の制裁行為もひとまず収まったそんな折、学園では、年に一度のプロムの開催が控えていた。ラナの横槍はあったものの、カズヤと一緒に舞踏会で踊る約束を取り付け喜ぶサテラだったが、アティアから、美人コンテストのパンドラ・クイーンでの勝負を持ちかけられ、売り言葉に買い言葉で勝負を受けてしまい……
その日、カズヤはイーストゼネティックスで姉の英痕を持つキャシーと会っていた。しかし彼女は、実はイーストでのサテラの暴走事件が原因で、既に引退を決意していたのだった…。そして帰路、サテラも英痕を持つ一人だと教わり複雑な気持ちになるカズヤ。と、その時、後にしたイーストに4体のノヴァが現れたと報告が───！
現れたノヴァは、イーストゼネティックスのパンドラ達をその体内に取り込み消失。その後、ウエストゼネティックスを取り囲むように出現してしまう。対して、学内の全パンドラで、迎撃体制を整えるウエスト。そんな中、サテラはカズヤが姉の面影を自分に重ねていたのだと知ってしまい、独りで戦うと言い出してしまう───
ノヴァ化したパンドラ達は、ウエストゼネティックスの中央、レベンスボルン・ヌクレオチドの最下層に収められた聖母マリアの聖骸を目指して侵攻していた。そしてその中の一体、ノヴァ化したキャシーが、3年生達の攻撃をかいくぐり、聖骸のある部屋の前に辿り着いてしまう。しかしそこには、招集されたサテラ達の姿が───！
ノヴァ化したキャシーの放つビームに、死を覚悟したサテラ。しかしそのサテラを救ったのは、自らを盾にしたガネッサだった。自分を救い力尽きたガネッサの最後の言葉に、初めて仲間というものを感じ、そして、この戦いで守るべきものが何かを知ったサテラは、自らノヴァ化しつつ、再びキャシーに挑んで行く───！
はじけちゃう! ドキドキトラブル♥フリージングVol.1
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アラスカの上空を飛ぶ飛行機の機内に鳴り響く救援要請を知らせるアラート音。行き先も知らされず飛行機に乗せられていたサテラ、カズヤ、ラナの三人は、そのまま救援要請が発信された場所へと向かう。そこには「異次元体ノヴァ」の姿があった。木々をなぎ倒し、前進を続けるノヴァ。その先に存在するシュバリエの石油保留地を守るため、サテラたちに防衛任務が下る。
世界各国のゼネティックスからEパンドラ研究所に集められた選りすぐりのパンドラたち。Eパンドラ研究所ではオリジナル・パンドラとEパンドラの比較データを測定するため、双方が一対一で戦う模擬戦が行われていた。模擬戦の結果は厳しく、オリジナルとの実力差に愕然とするEパンドラたち。そしてEパンドラの中で最も強いアミリアとエリザベスの模擬戦が始まり、アミリアはボルトウェポンを具現化する。
オリジナル・パンドラのデータをインストールした自己増殖型ナノマシン「マークIV」。Eパンドラに投与することで聖痕を活性化し、その能力をオリジナル・パンドラと同等まで引き上げることを可能とするものだが、これまでの実験での成功例はなく、前回の実験で被験者となり生死の境を彷徨ったアミリアは、大原に投与の中止を求める。しかし、自ら志願したジーナに「マークIV」の投与が決定する。
「マークIV」の投与によるEパンドラ強化実験の成功を告げるシュバリエ。しかしその裏では被験者であったジーナのノヴァ化が始まっていた。ノヴァ化を止める手立てはなく、やがて完全にノヴァ化し、暴走を始めるジーナ。どうにかしてジーナを止めようとするアミリアの前でジーナはわずかに正気を取り戻し、何かを伝えようとするが、そこへテンペストの鳳雛、シャルル・ボナパルトが現れる。
Eパンドラ計画に疑問を感じたエリザベスは、これ以上の犠牲者が出ることのないように、研究所での顛末を記したレポートをメイブリー家へと送る。しかしシュバリエに報告され、エリザベスは極秘情報を外部に漏らしたことを反逆行為として拘束されてしまう。一方、怪我の治療のためにウエスト＝ゼネティックスへ送還されることになったサテラとカズヤは、日本ではなくバリ島へ向かおうとしていた。
サテラの姉のバイオレットが支配人を勤めるホテルへとやってきたサテラとカズヤ。サテラはエリザベス同様に、Eパンドラこれ以上の犠牲者を出すまいとエル＝ブリジット家への口添えをバイオレットに頼む。しかし、そこで偶然にも弟であるルイスと再会を果たしたサテラは体を強張らせる。そして過去に何事もなかったかのように笑顔で話しかけてくるルイスに対して戦慄するのだった。
弟であるルイスとの間に確執を抱えるサテラ。しかし、カズヤのサテラを慕う真っ直ぐな気持ちによって、サテラは過去を乗り越えて、一歩を踏み出す覚悟を決める。一方、ルイスへの想いを募らせるホーリーは、サテラに対して敵意をぶつける。その想いに気づくことのないルイスは、サテラに執着し、また昔のように自分の人形になれとサテラに命じる。交差するそれぞれ強い想いが海岸に渦巻く。
Eパンドラ計画を推進するマーク・スペンサーは、ジーナに続く、第2、第3の成功例を作るため、Eパンドラの補充をし、再び「マークIV」の投与実験を行うことを大原に告げる。そして次の被験者に選ばれたのはラトルだった。せめて被験者を自分にして欲しいと大原に掛け合うアミリアだったが検討の余地はなかった。アミリアは拷問によって正気を失ったままのエリザベスに仲間のために戦い続けることを誓う。
Eパンドラの暴動を鎮圧すべく、アミリアの前にユリアが立ちはだかる。間一髪のところで助けに入ったサテラだったが、自らマークIVを投与したアミリアの体は徐々にノヴァ化を始めていた。一刻の猶予も許されない事態のなか、加勢したキャシーがユリアの相手を買って出る。しかし先を急ぐアミリアたちの前にユリア同様に暴動の鎮圧に動いていたシャルルが姿を現す。
キャシーとユリア、エリザベスとシャルルの戦いが激化する一方、先を急ぐアミリアたちの前にシフォンが姿を現す。武装解除し投降するように呼びかけるシフォンに応じることなく、アミリアを先に行かせようとするサテラとラナだったが、行く手を阻むシフォンと戦闘になってしまう。そしてサテラとラナは怪物と呼ばれるシフォンの圧倒的な戦闘能力を身を持って味わうことになるのだった。
ラボにたどり着いたアミリアは、目の前に広がる光景に愕然とする。大原に裏切られたことを知り、怒りをあらわにするアミリアだったが、聖痕とのシンクロを無効化するバリアによって為す術なく倒れてしまう。それをきっかけにラボ内で異変が起こり始め、アミリアはその姿を巨大なノヴァへと変える。一直線にフォトン・ジェネレーターへと向かうノヴァを止めるべく、シフォンは隠していた能力を発現させる。
凄まじい攻撃力でノヴァを圧倒するシフォン。その力はパンドラ個人が持ち得る力の限界を優に超えるものだった。しかしノヴァから放たれた強烈なビーム攻撃を防ぐために力を使い過ぎたことから、シフォンの皮膚は音を立てて硬化していく。そこへノヴァの中に残るアミリアの意識がシフォンの中へと流れ込んでくる。やり場のない悲しみと怒りに葛藤するアミリアに対し、シフォンは彼女への願いを口にする。
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