As part of their course, each student is about to be paired with a member of the opposing sex for further training. Saki's classmate Ryou is interested on picking her, but when she realizes that he is not who was supposed to be, she turns him down and pairs up with Satoru instead. While talking to their friends, Saki realizes that their memories were altered so they recognize Ryou as a regular member of the group since childhood instead of Shun, whose name they can't manage to remember. Upon seeing Mamoru panicking about the situation, Saki, Satoru and Maria decide to leaving out of the subject and keep investigating by themselves, but soon after they are called for an audience with Satoru's grandmother Tomiko, who is revealed to be the head of the Ethics Committee, a fact that not even Satoru was aware of.
Dans le cadre de leur scolarité, chaque élève sera jumelé avec un partenaire du sexe opposé pour poursuivre sa formation. Le camarade de classe de Saki Ryou est intéressé à s'associer avec elle, mais comme Saki se rend compte qu'il n'est pas ce qu'elle croyait être, elle le rejette et s'associe avec Satoru à la place. Tout en parlant à leurs amis, Saki se rend compte que leurs souvenirs ont été modifiés afin qu'ils reconnaissent Ryou comme un membre régulier du groupe depuis l'enfance au lieu de Shun, dont ils n'arrivent pas à se souvenir. Mamoru se souvient de Reiko, qui a disparu peu de temps après que Saki a rejoint l'école, mais ne peut pas non plus se souvenir de son nom. Saki trouve un miroir dans une vieille caisse qui, une fois polie, révèle le nom Yoshimi.
Come parte del loro corso, ogni studente deve fare coppia con un membro del sesso opposto per ulteriori esercitazioni. Un compagno di classe di Saki, Ryou, è interessato a scegliere lei, ma quando la ragazza capisce che egli non è chi si suppone debba essere, rifiuta la proposta e fa coppia con Satoru.
冬。全人学級では、ひとつの恒例行事を迎えようとしていた。建前上は、“当番委員の振り分け”という名目の、日直をはじめとする様々な作業のペア分け。しかし、男女が互いに相手を指名することで成り立つ制度のため、実際は大人たちが管理する“公的な恋人選びの場”であった。
早季の相手は“ずっと同じ班だった”、良という男子になるともっぱらの噂だったが、当の早季は良の存在に違和感を覚えていた。やがて、あることをきっかけに、早季の疑念は確信へと変わる。覚も早季の話を聞くうちに記憶のすり替えがあったことに気づき、真理亜、守を加えた４人は、真実を確かめるため、良ではない誰か＝Ｘの家があったと思われる朽木の郷へと向かう。
朽木の郷は、まるで廃村であるかのように人の気配が無く、寂れ果てた場所だった。そして、奥に進むほど土地は荒れ、木々がねじ曲がった異様な光景に変わっていった。それでも前進を続けた４人は、次第に封印された記憶を蘇らせていき…!?
2인 1조로 당번을 정하는 행사에서 료의 고백을 받은 사키는 왠지 위화감을 느낀다. 이 이상한 기분의 정체를 알기 위해 사키는 료에게 과거에 관한 질문을 던지게 되는데...그리고 그 대답을 들은 사키는 자신과 친구들의 기억이 어느 한 사람의 존재를 지우기 위해서 조작되었다는 것을 깨닫게 된다.
瞬死後，所有人的記憶都被篡改了，二班的藉機良走入了大家的生活中。一場意外的夢，讓早季恢復了一點記憶，在與良的對峙中，早季更加確定了自己的記憶被篡改，於是，在早季和覺的提議下，大家確定去尋找記憶中的一班第五個人。之後，尋找無果的早季為了知道夢中無字墓碑的主人，拿出了那面寫有名字的鏡子。
