現実世界と錬金術世界、別々の世界に引き裂かれてしまったエルリック兄弟。兄・エドワード（エド）は、第二次世界大戦に突入する直前、西暦1923年のドイツ・ミュンヘンに飛ばされていた。得意の錬金術を封じられてしまったエドは、アルフォンス・ハイデリヒという、弟によく似た若者の力を借りて、科学技術の粋を結集したロケット工学の力で、故郷である元の世界へ帰ろうと試みていた。そんな中、エドは理想郷“シャンバラ”を追い求めて暗躍する人々と遭遇する。一方、錬金術世界・アメストリスに身を置くエルリック兄弟の弟・アルフォンス（アル）は、兄の行方を追って旅を続けていた…。
Edward Elric, the Fullmetal Alchemist, is on the other side of the gate. He has befriended someone who resembles his brother, Al, and has met a gypsy resembling Rose. He finds out that the Germans are planning on opening the gate, and attack the other side, which is Ed and Al's home. Although Al has learned a lot, he cannot stop all of them, and Ed cannot use Alchemy while in the other side. Ed tries to stop them, and Al just tries to be able to talk to his brother again, who everyone else thinks is gone.
Edward Elric, el Alquimista de Acero, está en el otro lado de la puesta. Ha hecho amistad con alguien que se parece a su hermano, Al, y ha conocida a una gitana parecida a Rose. Encuentra que los Alemanes están planeando abrir la puerta y atacar el otro lado, en el cual está la casa de Ed y Al. A pesar de que Al ha aprendido mucho, no puede pararlos a todos, y Ed no puede usar la Alquimia mientras esté en el otro lado. Ed intenta pararlos mientra Al intenta establecer contacto con su hermano, el cual todo el mundo piensa que se ha ido
Zwei Jahre später: Nachdem Edward sein Leben in der Welt der Alchemie geopfert hatte, um seinem Bruder Alphonse dessen normalen Körper zurückzugeben, lebt er nun – seiner alchemistischen Kräfte beraubt – im München des Jahres 1923. Doch obwohl er dort viele Freunde hat, will er nichts sehnlicher als nach Ametris zurückzukehren. Währenddessen such auch Al nach einer Möglichkeit seinen älteren Bruder wiederzusehen. Unglücklicherweise möchten auch andere das Thor zwischen den Welten öffnen. Mitglieder der von Dietlinde Eckart geführten Thule-Gesellschaft planen, die Pforte zum sagehaften Reich Shamballa zu durchstoßen, um sich Geheimnisse und Kräfte anzueignen, die sie für den Aufstieg der Nazis nutzen wollen. Das Schicksal beider Welten steht auf dem Spiel, und nur Ed und Al können sie retten.
Munich, Allemagne, 1923. Deux ans se sont écoulés depuis qu'Edward Elric s'est fait aspirer de son monde au nôtre en laissant derrière lui son pays, ses amis et son jeune frère Alphonse…
