弁蔵（松山ケンイチ）と宗次（早乙女太一）が「壱師」を立ち上げ半年がたった。賭博に明け暮れる毎日を送る弁蔵は、若い衆に絡まれている蔵蔵（大森南朋）という男を助けて意気投合する。一方、江戸の町では新たな火盗改の頭が次々と盗賊一味を捕らえて名を上げていた。ある日、弁蔵と宗次は吉原で花魁になったおこん（菜々緒）と再会し、「10人の遊女を助けてほしい」と依頼される。その陰には甚三郎（成宮寛貴）の姿があり……
弁蔵と宗次の前に鬼蜘蛛の羽織を着ている謎の男・政吉（北村有起哉）が現われる。政吉は伝説の盗人・音無甚内が隠した“七仏の謎”を解くために寺から仏像を盗んでいた。その仏像には7枚の絵図面が隠されており、すべてそろうと大仕事の秘密が明かされるという。政吉とお銀（芦名星）が7つ目の仏像を盗むため寺に侵入すると、その前に甚三郎が現われ、匕首の刃を政吉に突き付け……。
大仕事の手掛かりを見つけるため、“七仏の謎”の最後に記されているヒントを手掛かりに大坂へ向かう弁蔵とお銀。大坂で夜坂の頭を務めていた鉄治郎（橋本じゅん）に再会するが「ここで盗みをやろうというやつは、わしが容赦せん」と目を付けられてしまう。そんな中、弁蔵は絵図面が大坂牢屋敷を示していると狙いを定める。そして、その牢屋に10年捕らわれている男が“七仏の謎”を解く鍵を握っているという噂を耳にして……。
江戸城御金蔵に狙いが定まった壱師は叶屋（田口浩正）から絵図面を手に入れる。しかし、叶屋が持ってきた絵図面には蔵の印がなかった。謎解きに行き詰まった弁蔵と宗次の前に蔵蔵が現われる。蔵蔵は2人に仲間に入れてほしいと頭を下げ、自分なら江戸城御金蔵の謎を解けると交換条件を突きつける。甚三郎とつながっている蔵蔵を信用できない弁蔵と宗次は、見極めるまで牢に入れるのだが……。
幽霊蔵から運び出した徳川の隠し金三万両とともに、蔵人に捕らえられた弁蔵。宗次は蔵人の隠し蔵に弁蔵がいるとにらみ、お銀と助けに行く。予想通り、蔵には捕らえられた弁蔵がいたが、弁蔵にはある秘策があった。蔵人を罠にはめる計画を進める壱師に、甚三郎の魔の手が忍び寄り、悲劇が起こる。過酷な運命に巻き込まれるふたがしら。弁蔵、宗次のそれぞれの信念を懸けた壮絶な戦いが始まる……。