西暦2058年、人類は太陽系から43光年も離れたイプザーロン系にまで開拓の手をひろげていた。新たに入植が開始されたイプザーロン系第３惑星クレアドを訪れた宇宙考古学者クレークは、驚くべき物を発見する。それは知的生命体が残したと思われる遺跡であった。クレークは軍司令に入植の一時中断を訴えるが、聞き入れられることはなかった。
異星人からの接触は唐突に始まった。クレアド衛星軌道上の第１ステーションが、謎の機動兵器に攻撃されたのである。迎撃した地球軍の機動兵器“ラウンド・バーニアン”は、その圧倒的な戦力の前に敗北してしまう。
やがて、侵攻は地上にまで及んできた。入植者の子どもであるロディ・シャッフルとフレッドの兄弟は、学校でこの非常事態を知らされる。民間人はシャトルで第２ステーションヘ避難することになり、ロディたちは転校生の少女ぺンチ・イライザとともに宇宙港へ向かう。だが、そこにも異星人の機動兵器“ARV”ウグが襲ってきた！
ロディたちは何とか最後のシャトルに乗ることができたが、そこヘ敵が迫る。地球軍のラウンド・バーニアンの活躍で無事飛び立ったものの、ロディたちは両親と離れ離れになってしまった。先行きを不安に思うフレッドやペンチ。そして、そのシャトルにはクレーク博士と助手のケイト・ハザウェイが乗り合わせていた。あの謎の遺跡とともに……。
