「ギャラリーフェイク」オーナーのフジタはニューヨークにいた。ニューヨークはかつてフジタがキュレーター（学芸員）を務めたメトロポリタン美術館がある街。ショッピングに浮かれる助手のサラとは対照的にフジタはどこか物憂げである。オークションの下見会で、二人はフジタのキュレーター時代の同僚マックスと出会う。そこに展示されているモネの「積み藁」はフジタとマックスの過去と因縁があった・・・。
エンパイヤ・ステート・ビル展望台。フジタとの出会いを思い返すサラと三田村。一年前、三田村が高田美術館館長に就任した際、彼女が公開した絵画、ゴッホの『幻のひまわり』。戦時中に行方不明となったその絵画には、無残な焼け焦げの痕があった。数日後、その絵画を売ってほしいという依頼を受けたフジタは三田村を訪ねる。そのクライアントがサラだった。
フジタとサラが乗ったニューヨークからの帰国便。偶然にもそれは、ラファエロの『マドンナ』(絵画)を運搬する便だった。クーリエは１２人。その中に、フジタと懇意のモレッティがいた。離陸後、何かの異変に気付いたフジタが『マドンナ』の置かれる貨物室へ行くと、そこには窃盗団と対峙するクーリエたちがいた。
突然、逮捕されるフジタ。罪状は詐欺容疑。デューラーの贋作を真作と偽り、五億で売りつけられたと、買い手が訴えたのだ。しかし、刑事の厳しい取調べに対しても、あくまでペースを崩さないフジタ。そこで、検察側が用意した証人。それは、何と三田村。彼女は、デューラーの真贋を判定すべく、選ばれたのだった。
ギャラリーフェイクを訪ねて来た男・知念護人。彼は国宝Ｇメンと呼ばれる国宝の判定を影で行っている人物。彼から、奈良の寺に眠る純金の黄金仏の伝説を聞いたフジタとサラは、その寺へ赴くこととなる。寺に辿りついた二人が見たものは、腐り、今にも崩れ落ちそうな不動明王。黄金仏探しもそっちのけで、フジタは修復に取り掛かる。
フジタと共にオープンしたての高級宝石店を訪れるサラ。その店の女性オーナー・翡翠(フェイツイ)とフジタは旧知の仲だった。翡翠の裏家業は泥棒。その腕は超一流。今回手に入れたのは、世界最大のブルーダイヤ・ホープ・ブリュー・ダイヤモンド。それは、高田美術館で行われている展示会の目玉だ。知らぬ間に偽物とすり替えていた翡翠は、三田村を救いたければ、ギャラリーフェイクの顧客名簿を渡せとフジタを脅すのだった。
レンブラント委員会のピーター・ラストマンが来日。レンブラント委員会とは、世に多く残されたレンブラント作品の真贋を鑑定する組織である。 日本の美術館関係者は、自身の美術館にある作品が贋作と鑑定されてはたまらないと、動揺。逆に、ラストマン自身は、過去に、尊敬する父親が、ある日本人の発言を受け、一度、贋作と評した作品の鑑定を覆した過去にとらわれ、己の鑑定眼、そして、レンブラント委員会の権威に確固たる自信を持ち、鑑定に臨む。それを手助けする三田村。 そんな中、フジタは、サラと共に知り合いの常盤が館長を務める田舎の美術館へ足を運ぶ。そこへやって来るラストマンと三田村。その美術館にもレンブラントの作品である『広つば帽の男』があった。
フジタに憧れを抱く女子中学生・友美。受験を目前に、ナーバスな時期、フジタを理想の父親と夢抱いていた。しかし、実際の父親は、腕時計オタクの冴えないバスの運転手・・・。執拗に父を毛嫌いしていた。 ある日、フジタを見かけ、そのまま跡をつける友美。辿りついた所はギャラリーフェイク。すると、そこで、展示されたアンティーク時計を熱心に見つめる父の姿を発見する。父が、自分には不釣合いな高級時計を買ったのではないかと焦る友美。しかも、父は、憧れのフジタと知り合いであった。 そんな中、向えた受験当日。友美のヤマは大はずれ。しかも、予定より５分時間が早まっての終了合図。抗議する生徒達を無視し、試験は終わってしまう。それを聞いた父は、自分の愛用する腕時計・キャリバー２０の正確さを盾に、学校側へ徹底抗戦する。
「エルドラドはアマゾンにある」そう言い残し息絶えたペドロ。生前、世話になっていたラモスは、ペドロが残した翡翠の恐竜を持ち、フジタ、サラと共にアマゾンへ向う。同行したのは、ＴＶ番組のクルーと、考古学の権威・吉岡助教授。 ところが、着いてみると、そこは何の変哲もない村。期待を裏切られたＴＶクルーは怒り出してしまう。 しかし、村人は何かを隠していると睨んだラモスは、フジタにペドロの死体にはマヤ文字に似た奇妙な刺青が彫られ、驚くことに、心臓が抜かれていた事を語る。そして、深夜、村長を追い、ジャングルの奥地へ入っていくフジタ、ラモス、サラと吉岡は神殿を発見する。中に入る一同だったが、村人に見つかり、取り押さえられてしまう。
エメラルドを盗む際、しくじり、怪我を負った翡翠が逃げ込んだ部屋の住人・ヒロト。彼は翡翠のナイフにも動じず、ただ、穏やかに、時が過ぎるのを待つのだった。 後日、ヒロトを探し、再び、その地区へとやって来た翡翠。すると、ヒロトは数々の女のヒモとして生きていただらしのない青年ということを知る。しかし、彼の描く『幸福の王子』をモチーフにした絵に興味を持った翡翠は、自宅へと連れて帰る。 翡翠が、今、最も愛して止まないのは、クレオパトラという、蛇の形の腕輪に宝石が散りばめられたもの。しかし、その頃から痛み始める翡翠の目。気のせいと思う翡翠だったが、愛しい宝石たちを見つめる事が出来なくなったら・・・と恐怖を感じる。
ベトナムを訪れたフジタとサラは「川口京助が生きている」という情報を掴む。ベトナム戦争中、忽然とその消息を絶った伝説の戦場カメラマン・川口京助。ビジネスになりうる特ダネにフジタは高揚する。現地人・ホーの案内で、ある村を訪れた二人は、そこで家庭を持ち現地の生活に馴染みきった男と出会う。ホーは彼を川口京介だというが・・・。
インド洋上空、爆発し墜落した飛行機。その便にはサラが乗っていた。乗客乗員の生存は絶望的という報道に、現実を受け入れられないフジタ。日に日にやつれていく彼を心配した三田村は、ギャラリーフェイクを訪れ、他愛もない会話でフジタを励まそうとする。そんな中、開かれたチャリティーパーティー。それは毎年サラが主催していたものだった。サラの代わりにと出席したフジタだったが、そこで思わぬ行動に出るのだった。
日本海に面してそびえ立つ刑務所。冬、雪がちらつく中、そこを訪れたフジタは、ある熱い夏の思い出をふり返る。 それは、十数年前、フジタがまだ、美術大の学生だった頃、監視台に天井画を描く作業の手伝いの為、その刑務所を訪れ時のこと。フジタは、通称・ミケランジェロの辰と呼ばれる受刑者・下田のアシスタントとして、二人で作業を行った。作業が進むにつれ、次第に二人は打ち解けていくが、突然、発作に倒れる下田。 そんな中で、下田の罪状を聞かされたフジタは、下田の過去と、今、着々と仕上げられている天井画の菩薩像に隠された意外な関係を知るのだった。
パリへ買い付けにやって来ていたフジタ。留守番させておいたはずのサラも合流する。ギャラリーフェイクに届けられた絵画の裏に、古いラブレターがはさまれており、その届け先を調べる為にやって来たという。 しかし、手紙の届け先であるバーは既になく、今の主人に当時のマスターの居所を聞いたサラは、その男を訪ねることにする。 一方、パサージュにある雑貨屋で、一つの道化師の人形に目を止めたフジタ。購入しようとするが、女店主に売り物ではないと断られてしまう。 そして、思わぬところで、過去の人間関係が繋がっていくのだった。
15年前盗まれ、未だ未解決の美術品盗難事件。それから、盗まれたままになっている絵画・フェルメール作『合奏』。それが、闇取引で売買されるという情報を掴んだフジタと三田村は、ロンドンへと発つ。 その頃、同じ情報を掴んでいたスコットランドヤードのロジャー・ワーナーは、おとり捜査のため、変装し、闇ブローカーのダレムに会う準備をしていた。 既にダレムとアポを取っていたフジタだったが、三田村に同行させてほしいと頼まれ困惑。しかし、彼女の思いを汲み取り、二人でダレムの待つ屋敷へと向う。 屋敷でワーナーと同席するフジタ。ダレムは、高い値を提示した方に『合奏』を譲るという。フジタの裏の顔を知っていたワーナーは動揺するが、フジタからある提案を受け、両者間に協定を結ぶことにする。 ところが、ダレムの元へ、二組のうち、どちらかがおとり捜査官だという情報が入り、フジタたちはピンチに陥るのだった。
女優・秋吉雅子から、滞納している代金を取り立ててくるよう命じられたサラ。秋吉を追い回すうち、変態的調香師として有名なジャンポール香本に見初められてしまう。 次の舞台で演じる楊貴妃になる為、香本の元へ通いつめていた秋吉はおもしろくない。そこで、香本の家からガジン香炉という美術品を盗み出し、それを滞納金の代わりに引き取るようフジタにせまる。しかし、断られた為、フジタに香炉を潰させ、修復を強要するのだった。 その頃、香本の指導のもと、着々とその体から良い香を放ち始めるサラ。しかし、香本には何か狙いがあるとよんでいたフジタは、香炉の修復にある細工を仕掛けるのだった。
久し振りに祖母の墓参りをするため、地方都市を訪れたフジタ。そこで従弟の清治に公民館での「お宝鑑定会」への出演を頼まれ、渋々引き受けることに。贋作や摸作の数々に辟易するフジタだったが、ある老人が江戸時代のからくり人形「蟹の盃」を持ってきたため、目の色を変える。 「この蟹を身近に置く者は、なぜか心臓を患うという言い伝えがある」という老人の言葉を気にしつつも、500万円でその人形を買ったフジタ。だがそれ以来、夜中に謎の鈴の音を聞くようになり…。
フジタの旧友であるトレジャーハンター・ラモスは、かつての恋人・マリアンのいる古地図屋をふらりと訪ねる。その時店内では、マリアンの父である店主が、急病で倒れているところだった。翌日から、マリアンを助けて店を切り盛りしはじめるラモス。彼の陽気な性格も手伝って、店は繁盛しはじめる。マリアンとの生活も幸せそのもので、このまま地図屋を続けるのも悪くないと思いはじめたその時、ラモスは店内で興味深い古地図を発見。それはマリアンの父が「宝」だと言い残していたものだった。トレジャーハンターの血が騒いだラモスは、フジタを呼び寄せ、地図を修復させるが…。
日本のお宝を守る国宝Ｇメン・知念護人。彼は、岩手県の山中にある寺で国宝級の弥勒菩薩を調べている最中、誤って菩薩の指を折ってしまった。なんとか応急処置をしてその場を乗り切る知念だったが、このままにしておけば国宝Ｇメンをクビになることは必至。そこで、フジタに菩薩の完全修復をお願いすることに。 法外なギャラを知念に約束させ、岩手の寺を訪れるフジタ。だが菩薩は、京都にあるこの寺の本山に向けて出発したところだった。フジタは知念とともに、菩薩を乗せたトラックを追うことになるが…。
日本人宇宙飛行士・関根潤を乗せたスペースシャトルが、今まさに打ち上げられようとしていた。コクピット内の関根の脳裏には、学生時代のフジタとの思い出がよぎっていた。 美術大学の同級生だったフジタと関根。フジタも認めるほどの水彩画の腕を持つ関根だったが、卒業後は家業の画廊を継ぐのだという。そんな関根は、実は天文学者になりたかったという夢をフジタに語る。そして、後にフジタとある約束を交わすことに。 関根が宇宙に飛び立った頃、フジタは三田村の代役で、世界的映画監督・バッソーに京都を案内することになったが…。
露店で気に入った腕時計を見つけたサラは、なんと300万も払ってその時計を購入。その腕時計を見て何やらおどろきの表情を見せるフジタは、その時計を売った主・計（はかる）の店「千手堂」にサラを連れて訪れる。フジタの良くないウワサを耳にしている計は、はじめからフジタを敵視した態度。しかし、幻の懐中時計を復元したいと考えていたフジタは、計に近づくために一計を案じ…。
かつては鉄鋼で栄えたが現在は寂れている地方都市・釜江市が、ロシアのエルミタージュ美術館と手を組んで美術展を開催することに。エルミタージュからは「エルミタージュの女帝」と呼ばれる学芸部長・エカテリーナが総責任者として派遣される。彼女には今回の美術展以外に、エルミタージュの日本別館を作る計画を推進するという目的があった。釜江市長はその別館の館長に高名な教授を任命したいと考えていたが、エカテリーナは旧知の仲であるフジタが館長候補だと言い始め…。
ロンドンのサラの別荘で、サラとともに休暇を過ごすことにしたフジタ。ロンドン市内で買い物中、フジタはサザビーズ本社に勤める旧友・チャーリーと出会う。チャーリーは、往年の大女優、ジャネット・ヒューストンの遺産一掃セールを明日から開催するという。興味を持ったフジタは、セールに出向くことに。一方サラは、フジタが自分を「ただの秘書だ」と強調してチャーリーに紹介したことを気にして、落ち込んでいた。だが、チャーリーに頼まれ、サラはセールでモデルをすることになり…。
サラを自分の母親代わりである叔母・メアリーに会わせ、さらに彼女にプロポーズしたチャーリー。一方フジタは、不正で横流しされていたダーウィンの植物標本の捜査を開始していた。植物標本の出所についてチャーリーに相談したフジタは、彼とサラを伴って、横流しの打ち合わせが行われているというカジノへと向かう。そこにいたのは、なんとメアリー。植物の研究所に勤める彼女が、横流しの張本人だったのだ。 ショックで姿を消してしまうサラ。チャーリーは彼女を探しに出る。そしてフジタは、別ルートで横流しされた標本を探し始めるが…。
夜の裏通り。突然降り出した雨の中、傘を持たないフジタは、とあるバーで雨宿りをすることに。そこはカウンターだけの店で、店内にはマスターとひとりの女性客の姿しかなかった。店内のゴッホの絵の模写が気になったフジタは、汚れたその絵の修復を、アイリッシュウイスキー１杯で引き受けることに。すると、その絵に縁があるらしい女性客が、フジタとマスターに話しかけてくるのだった。一方、店の外では、何人かの刑事たちが今にも店内に乗りこもうと身構えていたが…。
三田村に連れられて、突然ギャラリーフェイクに現れた少女・エリザベータ。彼女はなんと、フジタの娘だという。仕方なくエリザベータを自分のアパートに連れて帰るフジタ。だがその夜、アパートに数人の暴漢が乱入。エリザベータを連れ去ってしまう。 エリザベータが残したある包みを手にしたフジタは、彼女をさらったダヴァロスを訪ねるべく、イタリア・フィレンツェへと向かう。フィレンツェの名士・ダヴァロスは、世界中の「モナリザ」を集めていたが…。
この世にもう１枚のモナリザが存在して、さらにそのカギをエリザベータが握っているかもしれないとカルロスに語るフジタ。そして、エリザベータがダヴァロスの屋敷に捕らえられていると確信した２人は、気球で屋敷に近づく。だが、あと一歩でエリザベータを助け出せるというところでダヴァロスと部下たちの発砲を受け、退散することに。 フジタの打った次の手、それは、ダヴァロスが追い求めていた「ヴァザーリの手記」とエリザベータを交換するというものだったが…。
近頃、とある市の美術館が、洋画家・佐伯祐三の未発表作品を17点も入手したらしい。17点の作品の真贋を鑑定したのは、美術界の大御所・船村元太郎をはじめとした審査委員会だという。そのニュースを知ったフジタは、後日、船村の文化功労賞受賞記念のパーティーを訪れる。そこでフジタは、船村に反対して佐伯作品を贋作だと主張した地味が、船村の手回しで美術館の館長をクビにさせられていたという話を耳にする。 かつての恩師である地味の元を訪ねるフジタ。その直後、佐伯作品が贋作だということが判明し…。
ゲイバーで春奴という新人と出会うフジタとサラ。春奴は、自分でデザインした服を着て店に出ているという。彼女（彼）は、自ら作った服を人に見てもらいたくて、その店でバイトをしているのだ。実は春奴の正体は、一流服飾ブランドである「キクシマ・ブランド」の次男坊・春雄だった。創業者である父の死去に伴い、店を辞めさせられ、菊島家に呼び戻された春雄。経営を任された長男・秋雄が、キクシマ・ブランドの古くさい経営方針を踏襲すると聞き、反発する春雄だったが、秋雄は一切の口出しを許してくれない。そんな時、春雄は祖母・ハルが趣味で集めた「古裂」に注目するが…。
古代より残された壁画群である「岩絵」を持ってくるという依頼を受け、サハラ砂漠にやって来たフジタ。パートナーのラモス、以前ガイドをしてくれたイクサの未亡人であるアッサラマ、彼女の叔父・ムハマドとともに岩絵のある場所へと向かう。だがその途中、突然アッサラマとムハマドがフジタとラモスに銃を向けた。なんでも、フジタがガイド料を振り込まなかったせいでイクサは殺されたというのだ。イクサの無念を晴らすというアッサラマとムハマドは、フジタたちを砂漠の真ん中に置き去りにして去ってしまうが…。
深みのある青色を出すことができる「アズライト」という日本画で使用する顔料を探している男・富岡と出会うフジタ。富岡は人間国宝・榊原南山にアズライトを納入する会社に勤めているのだが、現在アズライトが不足しているため困っているという。アズライトのある場所を知っているフジタは、ある条件を富岡に約束させ、サラとともに深い山へと入っていくことに。 フジタの父・藤田東胡は、かつて贋作の罪を摘発され、画壇から追放された。そして、南山とも因縁があるらしかったが…。
突然、警察に連れていかれるフジタ。爆死させられた会社社長の現場に残された爆発物の破片に、フジタの指紋が残っていたのだ。その爆発物は、ギャラリーフェイクにあったアンティーク・オルゴールだと確認するフジタ。 その頃サラは、以前店でオルゴールを買った男・卓也と再会していた。オルゴールが故障して困っているという卓也に、千手堂の計を紹介するサラ。卓也はオルゴールを直してくれたお礼にと、サラと計を自分のオルゴールコレクションが並ぶ自宅へと招待するが…。
高知県をトラックで行くフジタは、故郷の赤岡町に行きたいという男・矢野を乗せてあげる。赤岡町といえば、「絵金祭り」が開催される場所。幕末の絵師・弘瀬金蔵（通称・絵金）の描いた屏風絵を商店街の軒先に展示するという夏祭りだ。道中、フジタは矢野をつけ狙うヤクザらしい男の存在に気づく。実は矢野もヤクザで、ある組の若頭を殺したために追われる身となっているのだ。 フジタの機転で、なんとか追手から逃れた矢野は、赤岡のそばの漁村・うつぼ崎にいるかつての恋人・カヨの元を訪ねるが…。
ヒンドゥー教の僧侶・シンハにヒンドゥーの神像を入手したいと依頼を受けるフジタは、オークションに出席するべくロンドンへ向かうことに。フジタはロンドン行きの機内で宝石泥棒のフェイツィと再会。彼女もオークションで神像を競り落とそうとしていることを知る。 オークションに出品されている神像の中で、抜きん出て優れているのが「シヴァ神像」と「パールヴァティ神像」。フェイツィの狙いがパールヴァティ神像だと推理したフジタは、彼女との競合を避け、シヴァを競り落とすことに成功する。だが、インドのシンハに神像を届ける道中、フェイツィが率いる盗賊団に襲われ、神像を奪われてしまうことに…。
絵画の修復家になりたいという女性・辻堂ルナがギャラリーフェイクにやって来た。ニューヨーク大学の美術品修復科で学んだという彼女は、フジタの元でアルバイトをしたいという。ちょうど修復をしなければならない仕事がたまっていたフジタは、彼女を雇うことにする。 その後、ルナは日本の絵画修復家の草分的存在である辻堂尚之の娘であることが判明。父を亡くしたばかりの彼女が、フジタの元で修復を学びたいのには、何やら理由があるらしい。その後も、ルナはフジタの厳しい指導に耐えながらも、修復を手伝い続けるが…。
ハワイにバカンスにやって来たフジタとサラは、旧知の画家・カポーノと再会。彼の邸宅に招かれることに。するとそこには三田村の姿が。談笑するフジタ、三田村、カポーノを尻目に、話に入っていけないサラは、ひとりつまらない様子。そして翌日、３人はゴルフに出かけてしまったため、サラはひとりで青空市へと向かうことに。そこで彼女は、古い万華鏡を購入する。 フジタと三田村の見立てでは、サラが買ったのは万華鏡の発明者・ブリュースターのものらしい。ところが、詳しく調べたいという三田村の申し出を、サラは拒否。そこで三田村は、万華鏡を借りることと今後フジタにちょっかいを出さないということを賭けて、翌日開催されるハーフマラソンで勝負しようと言いはじめ…。
メトロポリタン美術館で、展覧会の出資をしてくれそうな富豪を集めてパーティが開かれた。その当日、フジタは元同僚のパーカーの依頼で、日本画修復のための糊を持ってメトロポリタン美術館を訪れていた。館内の展示品を見て回っていたフジタは、パーティを抜け出していた資本家のリチャードソンに出会う。彼は、ルーベンスの絵画をこよなく愛していた息子を、亡くしたばかりだという。
